Antes de 1200

finales del siglo vii / principios del viii	Los hallazgos de huesos humanos demuestran que los alrededores de la actual iglesia de San Miguel se utilizaban como cementerio.
Entre 780 y 802	Isserstedt se menciona en una lista de donaciones al monasterio de Fulda como el primer asentamiento perteneciente a la ciudad actual.
entre 896 y 899	El topónimo "Iani" se menciona en un registro de diezmos del monasterio de Hersfeld. El topónimo, que puede derivar de raíces indoeuropeas/germánicas (aproximadamente: "zona en el cruce del río"), se refiere con toda probabilidad a la actual Jena, situada en un vado del Saale y a la que llegan rutas de transporte desde la zona de Erfurt.
937	20 de diciembre: se menciona el castillo real "Chirihberg" ("Kirchberg") en la colina local al este de Jena. La iglesia homónima es la primera mención de un lugar de culto en la zona de Jena.
974	20 de junio: el emperador Otón II se aloja en Kirchberg, lo que sugiere la existencia de un palacio real o imperial.
antes de 1100	Se construye el primer predecesor de San Miguel como una pequeña iglesia románica de salón.
hacia 1100	Comienza la construcción de un segundo castillo en el Hausberg (Kirchberg II), propiedad de los margraves Wettin de Meissen. La torre del homenaje, un vestigio estructural conservado conocido como "Fuchsturm", es una de las "siete maravillas" de Jena.
1145	15 de agosto: el nombramiento de un Folmarus de Gene ("Volmar von Jena") como testigo en un documento del arzobispo de Maguncia representa una segunda mención de Jena.
1149	30 de noviembre: se menciona por primera vez a la noble familia de los Burgraves de Kirchberg como administradores de la propiedad imperial en Kirchberg.
Hacia 1150	Comienza la construcción de las partes más antiguas de la iglesia románica de San Juan (en el posterior suburbio de Leutra).
1156	Se menciona por primera vez a la familia noble de los Greif(en)berger, extinguida en 1257. Un castillo en el Hausberg, en su extremo occidental, constituye el centro de sus dominios. Se menciona por primera vez el pueblo de Lobeda (incierto).
1158	1 de enero: Jenzig ("montem genzege") y Gleissberg ("montem Glizberch") aparecenen un documento de Federico Barbarroja.
1166	La mención documental de los hermanos Hartmann y Otto von Lobdeburg (Lofdeburch) indica la existencia del castillo de Lobdeburg como nueva sede solariega de la familia noble (los "Lobdeburgers") llegada al Saale medio desde Franconia. (También es posible una mención anterior en torno a 1150). La dinastía tuvo una influencia decisiva en la historia de Jena en los 150 años siguientes.
Entre 1175 y 1200	Se conservan cinco bracteatos acuñados en Jena por los señores de Lobdeburgo, lo que identifica a los Lobdeburgo como señores de Jena.
1182	16 de septiembre: se menciona Zwätzen (primer topónimo) como lugar situado entre Dornburgo y Jena. El uso de Jena como punto de referencia indica una posición destacada en comparación con otros asentamientos. El documento contiene la primera prueba fiable de la viticultura cerca de Jena.
1185	El margrave Otto de Meissen concede al monasterio de Altzelle el diezmo de un viñedo en el Jenzig.
Hacia 1200	El área de asentamiento de Jena se (re)construye según un plan de cimentación. Se crea un sistema regular de calles longitudinales y transversales, que aún hoy puede seguirse parcialmente en el centro de la ciudad. Los señores de Lobdeburgo fueron la fuerza motriz y organizadora. A partir de mediados del siglo XIII, la ciudad emergente se divide entre varias sublíneas de los Lobdeburgo, finalmente (1290) según los cuatro distritos de la ciudad.