Siglo XIII

después de 1200	Se construye el segundo predecesor románico de San Miguel, cuya finalización puede fecharse en el segundo cuarto del siglo XIII.
1216	Se menciona a los miembros de una familia noble que lleva el nombre del pueblo de Wöllnitz.
1218	Se menciona por primera vez en un documento el pueblo de Löbstedt.
1223	29 de septiembre: se menciona por primera vez el pueblo de Lichtenhain.
Entre 1225 y 1240	En un documento sin fecha, que se ha transmitido en una copia posterior, se habla de "cives" (ciudadanos) de Jena, lo que demuestra que la aldea fue elevada a la categoría de ciudad.
1227	Se menciona Kunitz por primera vez.
1228	28 de noviembre: la iglesia de San Pedro en Lobeda es nombrada iglesia parroquial con distrito parroquial propio. Se le asignan como filiales las capillas de Ammerbach (primera mención de la ciudad), Jägersdorf, Schlöben y (Schön-)Gleina, así como Kirchberg.
1235	Zwätzen figura como sede del comendador del distrito de la Orden Teutónica de la Bailía de Turingia y Sajonia.
Hacia 1237	La escultura de madera de San Miguel, patrón de la iglesia y de la ciudad de Jena, es realizada por un tallista del taller de la catedral de Bamberg.
1252	20 de marzo: la mención de un vicario (clérigo asistente) que trabaja en Jena evidencia la existencia de una parroquia de Jena.
1254	15 de julio: se documenta la existencia de un maestro de escuela municipal. La escuela se encuentra en el sótano de la torre oeste de la iglesia municipal. Cambia varias veces de ubicación en los años siguientes.
1255	13 de mayo: se menciona por primera vez en un documento el pueblo de Münchenroda.
1257	1 de junio: Wenigenjena ("parvo geine") se menciona por primera vez en un documento. 31 de octubre: se registra la primera mención definitiva de Burgau (en el Saale).
1259	14 de julio: el pueblo de Maua aparece por primera vez en un documento. 24 de julio: Ziegenhain se menciona por primera vez en un documento. 24 de julio: se menciona por primera vez el nombre de los artesanos de JenaAlbus y Martinus Pistor (panaderos).
antes de 1274	Los señores de la ciudad de Lobdeburgo transfieren el cargo de maestro de ceca a un representante de los ciudadanos de Jena.
1275	24 de septiembre: primera indicación de la existencia de un consejo municipal formado por ocho "consules Genenses".
1278	Un acto jurídico documentado sugiere que el derecho franco prevalece en el dominio de los Lodeburgo.
1279	El castillo "Wind(t)berg" se menciona en documentos como sede de los burgraves de Kirchberg. Con este castillo, probablemente construido poco después de 1200, los dos castillos de Kirchberg y el castillo de Greifberg, los Hausberg contaban con cuatro castillos en el siglo XIII.
1280	29 de septiembre: se menciona por primera vez en un documento el pueblo de Drackendorf.
1282	31 de diciembre: se menciona porprimera vez el nombrede un sacerdote de Jena (Ridgerus = Rüdiger).
1284	25 de julio: Lobeda aparece por primera vez en documentos como ciudad ("civitas").
1286	Fundación del monasterio dominico, situado en el extremo noroeste de la ciudad.
1288	La copia más antigua que se conserva del sello de la ciudad se adjunta a un documento de este año.
1298	Se menciona la fábrica de papel a la entrada del valle del Mühltal (como "Nasenmühle").
Entre 1290 y 1300	Los Wettin adquieren un barrio de Jena por matrimonio de la línea Lobdeburg de Arnshaugk.