Siglo XVI

1504	19 de diciembre: Konrad Stein de Jena, canónigo de Erfurt, dona la capilla de María Magdalena frente al molino de barriles cerca del hospital para alojar a los peregrinos.
1506	Con la finalización de las obras de la bóveda de la nave, las obras de la iglesia de San Miguel quedan prácticamente terminadas, a excepción de la construcción de la torre.
1509	30 de julio: se menciona la posada "vor dem Lobderthore", predecesora del "Roter Hirsch" ("Zum Roten Hirsch").
1511	La orden del monasterio de San Miguel enumera un total de 16 altares en la iglesia de San Miguel.
1518	Un monje extranjero repara el órgano de la iglesia de la ciudad.
1521	15 de junio: Thomas Müntzer escribe al juez y consejero de la ciudad de Jena Michael Ganßau, lo que indica que Müntzer influyó en el movimiento temprano de la Reforma en Jena . 24/25 de diciembre: Martin Reinhart, predicador en la iglesia de la ciudad, sirve la comunión en ambas formas a tres ciudadanos en Navidad, lo que puede considerarse el primer indicio de que la Reforma está en marcha.
1522	4/5 de marzo: Martín Lutero pasa la noche en la posada "Schwarzer Bär" como Junker Jörg en su viaje del castillo de Wartburg a Wittenberg. Agosto: Reinhart y sus seguidores invaden el monasterio dominico. Siguen otras acciones violentas contra los monasterios de Jena.
1523	La Reforma en Jena se caracteriza por el movimiento radical representado por Andreas Karlstadt, que trabajó como pastor en Orlamünde , especialmente por su alumno Reinhart. Michael Buchführer, que trabaja en Jena en 1523/24 , imprime escritos de Karlstadt y sus seguidores, saltándose la censura .
1524	20 de agosto: el consejo confisca los bienes de los monjes carmelitas y los transfiere al ayuntamiento. 22 de agosto : Lutero predica en San Miguel contra Karlstadt y sus seguidores y luego discute con Karlstadt en el "Oso Negro". Septiembre/octubre: Karlstadt y Reinhart son expulsados del país. Anton Musa, recién nombrado predicador en Jena , continúa la Reforma en el espíritu de Lutero.
1525	30 de abril: Campesinos insurrectos y gente del pueblo saquean los señoríos cercanos a Drackendorf y Lobeda. 3 de mayo: El monasterio carmelita de Jena es asaltado, robado y parcialmente destruido, seguido pocos días después por el de los dominicos. Ambos monasterios permanecen cerrados tras el fin de la sublevación. El convento cisterciense, que se libra de los insurgentes, sirve de refugio a las pocas monjas que quedan hasta la muerte de la última de ellas en 1564, pero ya no se le permite aceptar nuevas monjas. 22 de junio: Durante la campaña punitiva del príncipe elector Johann contra los campesinos rebeldes, se dice que veinte rebeldes de Jena y alrededores son ejecutados a espada en el mercado de Jena. Diciembre: el consejo de la ciudad y el monasterio de San Miguel concluyen un acuerdo por el que el nombramiento de párrocos y la organización externa de la atención pastoral pasan a ser competencia de la ciudad.
1526	Comienza la creación de un "fondo común" para pagar al clero y financiar en general el nuevo sistema eclesiástico y escolar, así como el cuidado de los pobres. Posteriormente, se le asignan partes de los ingresos anteriores del monasterio o de las propiedades vendidas del monasterio.
1527	Las visitas a la iglesia ordenadas por el soberano imponen finalmente la Reforma en los pueblos de los alrededores de Jena. 17 de agosto: Anton Musa es nombrado oficialmente párroco de Jena, cargo que ocupa hasta 1536. Al mismo tiempo, es nombrado superintendente de Jena, Bürgel y Eisenberg.
A partir de 1529	Se reorganiza el sistema escolar y la escuela se instala en la antigua casa de las monjas, detrás de la iglesia de la ciudad. Se documenta por primera vez una escuela de niñas, en la que se imparten conocimientos elementales de escritura, religión y "artesanía femenina".
1534	Comienza la construcción de la "Fürstenkeller". La enorme bodega abovedada se utiliza inicialmente para almacenar el vino al que tienen derecho los soberanos en concepto de impuesto. 24 de mayo: tiene lugar la primera cacería pública de aves en el Landfeste.
1535	25 de julio: debido a la peste que asola Wittenberg, la Universidad de Wittenberg se traslada a Jena durante tres cuartos de año y se instala en el antiguo monasterio dominico vacío.
1536	26 de enero: tres anabaptistas de la zona de Orlamünde son ejecutados en la fortaleza. Mayo: en el pueblo de Löbstedt se rompen barriles de cerveza fabricada ilegalmente para asegurar los privilegios de la ciudad en la fabricación y servicio de cerveza ("guerras de la cerveza").
1540	El elector Johann Friedrich promulga una nueva ordenanza municipal que, además de disposiciones generales sobre el gobierno de la ciudad, contiene numerosas ordenanzas de carácter civil, policial y penal.
1542	Según el registro fiscal turco, Jena cuenta con unos 4.300 habitantes.
1546	17 de diciembre: en la Guerra de Esmalcalda, Jena rinde homenaje al duquealbertino Moritz, uno de los opositores del príncipe elector Johann Friedrich,por temor a un ataque .
1547	19 de mayo: Como consecuencia de su derrota en la Guerra de Esmalcalda, Johann Friedrich pierdesu dignidad electoral y alrededor de dos tercios de su territorio, incluida la ciudad universitaria de Wittenberg, en la "Capitulación de Wittenberg". 24 de junio: De camino a su cautiverio imperial, Juan Federico se reúne con su hijo mayor cerca de Jena para discutir los siguientes pasos para asegurar el dominio Ernestino. Esto incluye la fundación de una nueva universidad para la ciudad perdida de Wittenberg. 10 de julio: los soberanos Ernestinos encargan aPhilipp Melanchthon que redacte un dictamen sobre la fundación de una nueva universidad estatal. Se pronuncia a favor de Jena.
Hacia 1548	Se termina el Burgkeller, un edificio representativo de estilo renacentista situado en el extremo oriental de la Johannisstraße, justo al lado de la iglesia municipal de San Miguel. A veces llamada "Ratskeller", la posada se convierte después de 1815 en uno de los lugares favoritos de la(s) fraternidad(es) y es destruida en 1945.
1548	19 de marzo: en Jena, se abre una "escuela de gramática académica" en el complejo de edificios del antiguo monasterio dominico como etapa preliminar de una nueva universidad. El primer rector es el retórico y poeta Johann Stigel. Junto a él, enseña en la nueva institución educativa el teólogo y filósofo Victorin Strigel, alumno de Melanchthon al igual que Stigel . 19 de junio: se publican los primeros estatutos del Akademisches Gymnasium de Jena.
1549	Septiembre: Tras un almacenamiento temporal en Weimar, la mayor parte de la biblioteca privada de los Ernestinos se traslada a Jenabajo la dirección del bibliotecario Anton Heuglin y constituye la primera piedra de la biblioteca universitaria como "Bibliotheca electoralis". Uno de sus títulos más valiosos es el "Jenaer Liederhandschrift", una colección de himnos del alto alemán medio escritos en el primer tercio del siglo XIV en el norte de Alemania central o septentrional.
1552	24 de septiembre: el antiguo príncipe elector Johann Friedrich, liberado del cautiverio imperial , rinde homenaje en Jena. La historiografía Ernestina no tarda en trasladar el lugar del encuentro de Johann Friedrich con los representantes de la ciudadanía de Jena a la fuente del Pennickenbach ("Fürstenbrunnen"), creando así un monumento conmemorativo de la historia de la dinastía y de la Reforma para los siglos venideros.
1553	30 de noviembre: Después de que los Ernestinos decidieran hacer imprimir las obras del reformador en Jena bajo la dirección de Georg Rörer, confidente de Lutero , en competencia con la edición de Wittenberg, se instala una imprenta en el antiguo monasterio carmelita y se concede el privilegio de impresióna Christian Rödinger.
1554	22 de julio: se coloca la primera piedra de un matadero municipal del gremio de carniceros de Jena en Löbdergraben. 16 de agosto: el soberano concede un privilegio para el funcionamiento de la farmacia municipal. Otoño: El nombramiento de Basilius Monner (derecho) y Johann Schröter (medicina) pone la primera piedra para una facultad de derecho y otra de medicina en el instituto de Jena.
1555	Se publica el primer volumen de la edición de Lutero de Jena; en 1558 ya se dispone de ocho volúmenes en alemán y cuatro en latín.
1556	27 de agosto: finaliza en gran parte la construcción de la torre de la iglesia de San Miguel con la adición de la aguja.
1557	El impresor de la edición de Lutero de Jena , Christian Rödinger, publica la "Magnifikat octo tonorum" de Johann Walter, la primera música impresa en Jena. La ciudad sigue siendo uno de los principales centros de impresión musical del mundo germanohablante hasta finales del siglo XVII. 27 de abril: el nombramiento deMatthias Flacius Illyricus, famoso por sus rudos ataques a sus oponentes , como profesor de Teología en el Liceo de Jena consolida su reputación como lugar de "luteranismo estricto (puro)". 15 (31) de agosto: el emperador Fernando I firma los privilegios para la Universidad de Jena.
1558	2 de febrero: se inaugura la Universidad de Jena con un acto ceremonial en presencia de los duques Ernestinos. El primer rector es el médico Johann Schröter. Schröter instala una segunda farmacia en su casa de Löbdergasse ("Schroetersburg").
1561	La Universidad adquiere la "finca Rosenhain" en Johannisgasse. Se crea el "complejo Rosen" entre Johannisgasse y Fürstengraben como segundo emplazamiento universitario junto al antiguo monasterio dominico, que vuelve a consagrarse como "Collegium Jenense". Philipp von Herden, uno de los ciudadanos más ricos de Jena, aparece documentado como propietario de la posada "Zur Sonne" en la plaza del mercado. 10 de diciembre: la destitución de Matthias Flacius y sus seguidores y su posterior expulsión del país marca el final de las feroces disputas teológicas en la universidad. Éstas habían alcanzado su punto culminante en 1559/60 con el encarcelamiento temporal de Victorin Strigel, principal oponente deFlacius.
1564	La capilla del hospital de San Nicolás se convierte en hospital de estudiantes (demolido en 1784). 14 de abril: La ciudad y la universidad llegan a un acuerdo sobre la planta. Sólo las casas de los profesores que ellos mismos ocupan están libres de impuestos. En general, la mayoría de los privilegios de los ciudadanos académicos permanecen intactos.
1565	Se funda una comunidad musical de ciudadanos y estudiantes, la "Societas musicalis", conocida desde 1595 como "Collegium musicum".
1566	1 de septiembre: el Tribunal de Justicia, la corte suprema de los Ernestinos, se traslada a su nueva sede en Jena y se reúne aquí por primera vez. El "Jenaer Schöppenstuhl" existe también como comité de expertos jurídicos, formado por miembros de la Facultad de Derecho de la universidad. El privilegio de asesorar a la Facultad de Derecho fue concedido a la Universidad en la carta fundacional imperial de 1558.
1569	7 de marzo: el consistorio de Ernestina, como autoridad espiritual del Estado, se traslada a Jena, donde permanece hasta 1612.
1570	21 de mayo: Se concede un privilegio soberano a la taberna universitaria "Zur Rosen" para el servicio libre de impuestos de vino y cerveza ("Rosenprivileg") a los miembros de la universidad.
1571	Se coloca en la iglesia de San Miguella lápida de bronce de Martín Lutero, probablemente fundida en 1548/49 según un diseño de Lukas Cranach el Viejo. Se publicala primera vista de la ciudad de Jena, un grabado en cobre de Johann Mellinger (rector de la escuela latina de Jena desde 1569).
1586	Se crea un jardín botánico en el Collegium Jenense para la instrucción de los estudiantes de medicina (el segundo jardín botánico científico más antiguo de Alemania).
1587	Otoño: con el nombramiento de Wolfgang Heider como catedrático de Dialéctica y Ética (más tarde Moral y Política), la filosofía se convierte en una disciplina académica independiente en la Universidad de Jena.
1590	27 de agosto: se conserva un reglamento gremial para panaderos, que sustituye a disposiciones de principios de los siglos XV y XVI que no han sobrevivido. Enumera 23 panaderías de Jena.
1594	La iglesia del monasterio dominico, devastada en 1525, es restaurada como colegiata (iglesia universitaria). El escultor y maestro de obras Nikolaus Theiner (el Viejo)de Lobeda diseña la tumba renacentista para Andreas y Katharina Schrot en el cementerio de San Juan.
1596	Se construye la "Haus im Sack" como residencia de curtidores y casa de artesanos en Oberlauengasse.