Siglo XVII

1606	En Unterlauengasse se construye la "Platanenhaus" como vivienda y casa artesanal de un curtidor.
1610	23 de diciembre: por primera vez, la universidad emite un mandato contra el llamado pennalismo. La subordinación de los estudiantes de primer curso a los de mayor edad, impuesta mediante procedimientos humillantes, y la lucha de las autoridades universitarias y estatales contra ella es un rasgo definitorio de la historia universitaria del siglo XVII.
1613	29/30 de mayo: el "diluvio de Turingia", una tormenta extremadamente estacionaria acompañada de fuertes lluvias, causa graves daños en Jena y sus alrededores.
1616	Johann Gerhard, uno de los más importantes representantes de la ortodoxia luterana, se convierte en profesor de la Facultad de Teología de la Universidad de Jena y determina su desarrollo hasta su muerte en 1637.
1619	Wilhelm Kreußler, fundador de una dinastía ampliamente ramificada de maestros de esgrima que caracteriza la esgrima estudiantil en Alemania hasta principios del siglo XIX, llega a Jena como maestro de esgrima.
1620	2 de marzo: el duque de Weimar se alinea abiertamente con el Elector Palatino, que es elegido rey de Bohemia, sumiendo así a su país en el inicio de la Guerra de los Treinta Años.
1621	Se conservan trozos de kreuzer de una moneda de propina acuñada por los duques de Weimar en Burgau. 1623 Las monedas de cobre de calidad inferior son desacreditadas en todo el país.
1623	Aparece impresala "Colección Großmann", una composición del Salmo 116 de la Biblia por 16 compositores conocidos de Alemania central, iniciada y financiada porel aristócrata de Jena Burckhard Großmann.
1625	Los duques de Weimar ordenan reparar las murallas de la ciudad y trasladan soldados a Jena.
1626	Otoño: la peste hace estragos en Jena.
1628	El pedagogo reformista Wolfgang Ratke (Ratichius), que aboga, entre otras cosas, por el uso de la lengua alemana en la enseñanza escolar y universitaria, permanece varias veces en Jena hasta 1631 y promueve sus propuestas de reforma sin encontrar mucha aprobación. 3 de septiembre: el ayuntamiento de Jena se queja ante el gobierno del estado federado de la elevadísima presión fiscal causada por la guerra y de la carga financiera que supone el constante acuartelamiento.
1629	Febrero: Werner Rolfinck acepta un nombramiento en la Facultad de Medicina de la Universidad de Jena, donde representa las asignaturas de cirugía, anatomía, botánica y (más tarde) iatroquímica. Se hace famoso por sus disecciones públicas de cadáveres de ejecutados en el Theatrum anatomicum (torre de anatomía), que él mismo crea. Bajo su dirección, se amplía considerablemente el jardín botánico cercano a la torre de anatomía.
1632	Octubre: un gran número de soldados se acuartelan en Jena por primera vez durante la Guerra de los Treinta Años.
1633	Marzo: La transferencia de dos propiedades feudales seculares, el señorío de Remda y el señorío de Apolda, a la universidad mejora significativamente sus recursos financieros.
1636	de agosto: en Jena se llora a unas 500 víctimas de la peste.
1637	3 de febrero: Unidades suecas huyen de las tropas imperiales a través de Jena. Para asegurar su retirada, derriban el último arco del puente del Saale a Camsdorf, matando a 36 personas, en su mayoría civiles llamados para los trabajos de demolición. 5/6 de febrero: Se produce un saqueo general por parte de las tropas imperiales. La mayoría de los edificios municipales y privados resultan dañados y los registros del ayuntamiento son destruidos casi por completo. 24 de febrero: El conocido jurisconsulto y publicista imperial Dominicus Arumaeus muere a causa de los malos tratos que le infligieron los soldados.
1639	Las crónicas informan de una grave hambruna ("Muchos murieron de hambre en las calles y en las casas"). Marzo: tropas suecas saquean la ciudad.
1640	Marzo/diciembre: tropas suecas y francesas se acuartelan de nuevo, causando graves destrozos y saqueos en la ciudad y sus alrededores.
1641	El número de estudiantes alcanza un mínimo histórico de unos 250.
1643	Enero: Johannes Musäus es nombrado catedrático de Historia y Poesía en la universidad. Como catedrático de Teología (desde 1646), es uno de los pioneros de la primera Ilustración en Jena. 17 de septiembre: los impuestos especiales sobre las bebidas y el grano aumentan rápidamente debido a la introducción de un impuesto especial.
a partir de 1644	Las cargas causadas por el acuartelamiento y el paso de tropas se alivian y la ciudad comienza a recuperarse lentamente.
1646	Diciembre: Adam Struve es nombrado catedrático de Derecho en Jena. Su actividad docente e investigadora, que se prolonga hasta su muerte en 1692 y se ve interrumpida por actividades para los tribunales Ernestinos -por ejemplo, de 1680 a 1690 gestiona los asuntos de tutela en Sajonia-Jena-, hace que la Facultad de Derecho de Jena se incorpore a la evolución jurídica moderna en Alemania.
1650	Se documenta por primera vez un "Teutscher Schreib- und Rechenmeister", que enseña a los alumnos escritura y aritmética elemental alemana en una clase anterior a la Ratsschule. 6 de febrero: una patente ducal concede la exención de impuestos a todos aquellos que recuperen y reconstruyan sus casas y granjas destruidas o abandonadas durante la guerra. 19/20 de agosto: El final de la Guerra de los Treinta Años se celebra con una gran fiesta de la paz tras la retirada de la ocupación sueca de Erfurt.
1653	16 de julio: Erhard Weigel, recién nombrado catedrático de Matemáticas en el alma mater, pronuncia su lección inaugural. Weigel -que enseña en Jena hasta su muerte en 1699- también realiza importantes contribuciones como astrónomo, filósofo y didacta. Como uno de los profesores académicos más populares de Alemania, desempeñó un papel decisivo en el rápido aumento del número de estudiantes en Jena en los años siguientes, con más de 1.000 alumnos en algunos momentos.
1655	13 de octubre: el puente del Saale, cerca de Camsdorf, que sufrió graves daños varias veces durante la Guerra de los Treinta Años, se reconstruye por completobajo la dirección del maestro de obras de Weimar Johann Moritz Richter. Hasta entonces, sólo era posible cruzar el Saale utilizando puentes provisionales de madera.
1656	5 de enero: Johann Andreas Bose es nombrado por primera vez catedrático de Historia en Jena.
1657	28 de noviembre: El fabricante de papel Joachim Heinrich Schmidt obtiene un privilegio para explotar una fábrica de papel como nuevo propietario de la "Nasenmühle" en Mühltal.
1659	31 de enero: por orden del duque Guillermo IVde Weimar se inicia la remodelación y ampliación del castillo de Jena . En 1661, bajo la dirección de Erhard Weigel, las obras están prácticamente terminadas.
1660	Agosto: el encarcelamiento de tres estudiantes por violar los mandatos contra el pennalismo provoca disturbios que se cobran cuatro vidas. El gobierno de Weimar envía al ejército a Jena.
1662	17 de mayo: Tras la muerte del duque Guillermo IV de Weimar , sus cuatro hijos se reparten la renta de la tierra y ciertos derechos soberanos. Al duque más joven, Bernhard (nacido en 1638), se le adjudican, entre otras cosas, el castillo, la ciudad y la oficina de Jena con Burgau y Lobeda. Bernhard, casado con Maria de la Trémouille, de una distinguida familia aristocrática calvinista francesa , se instala en diciembre en el castillo de Jena y establece su propia corte.
1663	10 de junio: el futuro polímata y uno de los pioneros más importantes de la Ilustración, Gottfried Wilhelm Leibniz, se matricula con 15 años en la Universidad de Jena para estudiar allí en el siguiente semestre de otoño.
1664	Se crea en la corte de Jena una orquesta de la cortebajo la dirección deAdam Drese, llegado a Jena desde Weimar .
1665	Johann Bielcke comienza a trabajar como editor en Jena. Él y su hijo Johann Felix Bielcke establecen la fama de Jena como el segundo centro editorial alemán más importante después de Leipzig.
1666	3 de julio: el duque Bernhard renuncia a la jurisdicción y al convoy (propiedad de la ciudad desde 1480) en contra de la voluntad del ayuntamiento. Los tribunales son devueltos ya en 1675, ya que los ingresos no alcanzan las expectativas.
1668	Se forma un "gremio de bomberos", compuesto por unas 40 personas, para luchar contra los incendios.
1669	En el emplazamiento del monasterio carmelita, demolido definitivamente en 1642 y descrito con detallepor el cronista de la ciudad Adrian Beier en su "Architectus Jenensis" publicado en 1672, se abre la posada "Zum Engel" (también conocida como "Zum goldenen (o amarillo) Engel"). Bartholomäus Paulßen - progenitor de la posteriormente muy respetada familia de comerciantes Paulßen - aparece documentado por primera vez como pintor de la corte de Jena. En las iglesias municipales y colegiatas se colocan recipientes para guardar extintores.
1670	Frente al castillo (hoy: Fürstengraben) se construye la "Ballhaus", a la que se accede a través de un puente sobre el foso. Se termina la nueva fábrica de cerveza municipal en la Leutragasse. Se mejora el suministro de agua potable mediante el aumento del número de tuberías de abastecimiento de agua a la ciudad y nuevos pozos en las calles Löbdergasse y Jenergasse. Finalizan las obras de construcción de la "Weigelsche Haus" en la Johannisgasse. La casa, probablemente diseñadapor Weigel como museo técnico para demostrar sus inventos, es una de las "siete maravillas" de Jena.
1672	25 de julio: los duques de Weimar se reparten el territorio. Jena se convierte en capital y residencia de un Ducado de Sajonia-Jena formalmente independiente bajo el duque Bernhard. Éste establece un consistorio en Jena como autoridad espiritual suprema de su ducado; por lo demás, importantes derechos soberanos permanecen en Sajonia-Weimar.
1674	Se crea la "Silla del Príncipe" en la iglesia de la ciudad para el duque y su familia. 20 de abril: el duque Bernhard concede al editor y librero Johann Ludwig Neuenhahn el privilegio de publicar el "Jenaische Wöchentliche Anzeigen", cuyos periódicos sucesores (el más reciente: "Jenaische Zeitung") se publican hasta 1945. Otoño: se documentauna breve estancia en Jenadel crítico ateo de la religión Matthias Knutzen. Según sus propias declaraciones, la secta de objetores de conciencia que fundó habría encontrado numerosos adeptos en la ciudad.
1675	Julio: el "nacionalismo" -asociaciones estudiantiles- surge abiertamente en la Universidad de Jena y es inmediatamente prohibido (decreto ducal de prohibición fechado el 22 de julio).
1678	23 de abril: muereel archidiácono, cronista de la ciudad e historiador Adrian Beier (nacido en 1600). Es autor de las obras fuente "Syllabus rectorum et professorum Jenensium", "Geographus Jenensis" y "Architectus Jenensis", que aún hoy son importantes en la historia de la ciudad y de la universidad. 3 de mayo: muere el duque Bernhard de Sajonia-Jena. Su hijo menor de edad y sucesor Johann Wilhelm se encuentra alternativamente bajo la tutela de las casas ducales de Eisenach y Weimar. La corte de Jena se disuelve en gran parte.
1683	Caspar Sagittarius (jr.), catedrático de Historia, hace renovar la "Rosa" e instala el rosal de piedra (del que aún existe una copia) como monumento conmemorativo "como ornamento de la universidad".
1686	El abogado Matthias Bieler recibe un privilegio ducal como "administrador general de correos" en Jena. 18 de agosto: se coloca la primera piedra de la nueva iglesia del cementerio, que se construyebajo la dirección de Johann Mützel, quien más tarde trabajará como maestro de obras en todas las cortes Ernestinas.
1688	Erhard Weigel funda en su casa una escuela experimental y de formación ("escuela de la virtud") para la comprobación práctica de los principios pedagógicos que ha desarrollado.
1689	Un censo revela un total de 1.098 estudiantes en la ciudad.
1690	Johann Nikolaus Bach (m. 1753), miembro de la familia Bach, se convierte en organista de Jena. También destaca como compositor, director de orquesta y constructor de instrumentos. 4 de noviembre: el duque Johann Wilhelm de Sajonia-Jena fallece a los 15 años a causa de una hemorragia infantil. Con él se extingue la familia ducal de Jena.
1691	12 de julio: las casas de Sajonia-Eisenach y Sajonia-Weimar se reparten la herencia del ducado de Sajonia-Jena. La ciudad y el cargo de Jena recaen entonces en Eisenach.
1693	16 de febrero: La nueva iglesia funeraria en el cementerio Johannis es consagrada como Johann-Georgs-Kirche (más tarde Garnisonskirche o Friedenskirche).
1697	7 de junio: se consagra la nueva iglesia del Jakobsspital en la Nollendorfer Vorstadt (Spittelkirche o Juliane-Christiane-Kirche; demolida en 1908).