13e siècle

après 1200	Le deuxième édifice roman précédant l'église Saint-Michel est construit, son achèvement peut être daté du deuxième quart du 13e siècle.
1216	Les membres d'une famille noble portant le nom du village de Wöllnitz sont mentionnés.
1218	Le village de Löbstedt est mentionné pour la première fois dans un document.
1223	29 septembre : le village de Lichtenhain trouve sa première mention sûre.
entre 1225 et 1240	Dans un document non daté, transmis par une copie ultérieure, il est question de "cives" (citoyens) de Jena, ce qui prouve son élévation au rang de ville.
1227	La première mention de Kunitz est disponible.
1228	28 novembre : l'église Saint-Pierre de Lobeda est mentionnée comme église paroissiale avec sa propre paroisse. Des chapelles à Ammerbach (première mention du lieu), Jägersdorf, Schlöben et (Schön-)Gleina ainsi qu'à Kirchberg lui sont rattachées en tant que filiales.
1235	Zwätzen est désigné comme siège de la commanderie de l'Ordre Teutonique du Bailliage de Thuringe et de Saxe.
vers 1237	La sculpture en bois de Saint Michel, patron de l'église et de la ville d'Iéna, est réalisée par un sculpteur de l'atelier de construction de cathédrale de Bamberg.
1252	20 mars : la mention d'un vicaire (clerc auxiliaire) travaillant à Iéna est la preuve de l'existence d'une paroisse à Iéna.
1254	15 juillet : un maître d'école municipal est attesté dans un document. L'école se trouve au sous-sol de la tour ouest de l'église municipale. Par la suite, elle change plusieurs fois d'emplacement.
1255	13 mai : le village de Münchenroda est mentionné pour la première fois dans un document.
1257	1er juin : Wenigenjena ("parvo geine") est mentionné pour la première fois dans un document. 31 octobre : la première mention certaine de Burgau (sur la Saale) est disponible.
1259	14 juillet : le village de Maua apparaît pour la première fois dans un document. 24 juillet : Ziegenhain est mentionné pour la première fois dans un document. 24 juillet : Albus et Martinus Pistor (boulanger) sont les premiers artisans d'Iéna à être mentionnés.
avant 1274	La fonction de maître de la monnaie est confiée par les seigneurs de la ville de Lobdeburg à un représentant de la bourgeoisie d'Iéna.
1275	24 septembre : une première indication de l'existence d'un conseil municipal composé de huit "consules Genenses" est disponible.
1278	Un acte juridique attesté par des documents suggère que le droit franc prévaut dans la seigneurie des Lodeburger.
1279	Le château de "Wind(t)berg" est mentionné dans un document comme siège des burgraves de Kirchberg. Avec ce château, probablement construit peu après 1200, les deux châteaux de Kirchberg ainsi que le château de Greifberg, le Hausberg compte quatre châteaux au 13ème siècle.
1280	29 septembre : le village de Drackendorf est mentionné pour la première fois dans un document.
1282	31 décembre : le nom d'un curé d'Iéna (Ridgerus = Rüdiger) est mentionné pourla première fois.
1284	25 juillet : Lobeda apparaît pour la première fois dans un document en tant que ville ("civitas").
1286	Le couvent des dominicains - situé à l'angle nord-ouest de la ville - est fondé.
1288	Le plus ancien exemplaire du sceau de la ville qui nous soit parvenu est attaché à un document datant de cette année-là.
1298	Le moulin à papier à l'entrée de la vallée du Mühl est mentionné (sous le nom de "moulin à nez").
entre 1290 et 1300	Les Wettiner acquièrent par mariage un quart de Jena des mains de la lignée lobédienne d'Arnshaugk.