16e siècle

1504	19 décembre : Konrad Stein d'Iéna, chanoine d'Erfurt, fait don de la chapelle Marie-Madeleine devant le moulin à tonneaux, près de l'hôpital, pour accueillir les pèlerins.
1506	Avec l'achèvement des travaux de voûte de la nef, les travaux de construction de l'église municipale Saint-Michel sont pour l'essentiel terminés, à l'exception de la construction de la tour.
1509	30 juillet : l'auberge "vor dem Lobderthore", prédécesseur du "Roter Hirsch" ("Au cerf rouge"), est mentionnée.
1511	Le règlement du couvent Saint-Michel mentionne un total de 16 autels dans l'église Saint-Michel.
1518	Un moine extérieur à la ville répare l'orgue de l'église de la ville.
1521	15 juin : Thomas Müntzer écrit au juge de la ville d'Iéna et maître du conseil Michael Ganßau, ce qui indique que Müntzer a influencé les débuts du mouvement de la Réforme à Iéna . 24/25 décembre : Martin Reinhart, prédicateur à l'église de la ville, offre la Cène sous les deux formes à trois citoyens à l'occasion de Noël, ce qui peut être considéré comme le premier indice de la Réforme en marche.
1522	4 et 5 mars : Martin Luther, en tant que Junker Jörg, passe la nuit à l'auberge "Schwarzer Bären" lors de son voyage de la Wartburg à Wittenberg. Août : Reinhart et ses partisans pénètrent dans le couvent des dominicains. D'autres actions violentes contre les couvents d'Iéna suivent.
1523	La Réforme à Iéna est marquée par la tendance radicale représentée par Andreas Karlstadt, qui travaille comme pasteur à Orlamünde , et surtout par son élève Reinhart. Michael Buchführer, qui travaille à Iéna en 1523/24 , imprime des écrits de Karlstadt et de ses partisans en contournant la censure .
1524	20 août : le Conseil confisque les biens des moines carmélites et les fait transférer à l'hôtel de ville. 22 août : Luther prêche à Saint-Michel contre Karlstadt et ses partisans, puis discute avec Karlstadt au "Schwarzer Bären". Septembre/octobre : Karlstadt et Reinhart sont expulsés du pays. Anton Musa, nouvellement nommé prédicateur à Iéna , poursuit la Réforme dans l'esprit de Luther.
1525	30 avril : des paysans et des citadins révoltés pillent les domaines de Drackendorf et de Lobeda. 3 mai : à Iéna, le couvent des carmélites, puis quelques jours plus tard celui des dominicains, sont pris d'assaut, dévalisés et partiellement détruits. Les deux couvents restent fermés après la fin de l'insurrection. Le monastère cistercien épargné par les insurgés sert de refuge à quelques religieuses restantes jusqu'à la mort de la dernière d'entre elles en 1564, mais ne peut plus accueillir de nouvelles religieuses. 22 juin : lors de l'expédition punitive du prince-électeur Johann contre les paysans révoltés, vingt émeutiers d'Iéna et des environs auraient été exécutés par l'épée sur le marché d'Iéna. Décembre : le conseil municipal et le couvent Saint-Michel concluent un accord selon lequel la nomination du curé et l'organisation extérieure de la pastorale relèvent de la ville.
1526	La mise en place d'une "caisse commune" pour le salaire des ecclésiastiques et le financement général du nouveau système d'église et d'école ainsi que l'assistance aux pauvres prend son essor. Par la suite, une partie des revenus du monastère ou des biens du monastère vendus lui sont attribués.
1527	Grâce aux visites de l'église ordonnées par le souverain, la Réforme s'impose définitivement dans les villages autour d'Iéna. 17 août : Anton Musa est officiellement nommé curé de la ville d'Iéna, fonction qu'il occupe jusqu'en 1536. Parallèlement, il se voit confier la fonction de surintendant pour Iéna, Bürgel et Eisenberg.
à partir de 1529	Le système scolaire est réorganisé et l'école est installée dans l'ancienne maison des nonnes derrière l'église de la ville. Une école de filles, dans laquelle sont transmises des connaissances élémentaires en écriture, en religion et en "travaux manuels féminins", est attestée pour la première fois.
1534	La construction de la "Fürstenkeller" commence. L'immense cave voûtée qui en résulte sert tout d'abord à stocker le vin qui revient au souverain en tant que redevance. 24 mai : le premier tir à l'oiseau public a lieu à la Landfeste.
1535	25 juillet : en raison de la peste qui sévit à Wittenberg, l'université de Wittenberg déménage pour trois quarts d'année à Iéna et prend ses quartiers dans l'ancien couvent dominicain inoccupé.
1536	26 janvier : trois anabaptistes de la région d'Orlamünde sont exécutés au Landfeste. Mai : pour garantir les privilèges de la ville en matière de brassage et de distribution de la bière, des tonneaux contenant de la bière brassée illégalement sont brisés dans le village de Löbstedt ("guerres de la bière").
1540	Le prince-électeur Johann Friedrich édicte un nouveau règlement municipal qui contient, outre des dispositions générales sur le régime de la ville, de nombreuses ordonnances de nature civile, policière et pénale.
1542	Selon le registre des impôts turcs, Iéna compte environ 4.300 habitants.
1546	17 décembre : lors de la guerre de Schmalkalk, Iéna, par crainte d'attaques, rend hommage au ducalbertin Moritz, l'un des adversaires de l'électeur Johann Friedrich.
1547	19 mai : en raison de sa défaite dans la guerre de Schmalkalkald, Jean-Frédéric perd, dans la "capitulation de Wittenberg", le titre d'électeur et environ deux tiers de son territoire, y compris la ville universitaire de Wittenberg. 24 juin : sur le chemin de la captivité impériale , Johann Friedrichrencontre son fils aîné près d'Iéna afin de convenir des prochaines étapes pour assurer le règne des ernestins. Il s'agit notamment de fonder une nouvelle université pour Wittenberg, qui a été perdue. 10 juillet : Philipp Melanchthon rédige, à la demande des souverains ernestins, une expertise pour la fondation d'une nouvelle université nationale. Il se prononce en faveur d'Iéna comme lieu d'implantation.
vers 1548	La Burgkeller, un bâtiment de représentation de la ville de style Renaissance situé à l'extrémité est de la Johannisstraße, juste à côté de l'église municipale St Michael, est achevée. Après 1815, cette auberge, parfois appelée "Ratskeller", devient un lieu de réception privilégié de la ou des Burschenschaft(s) et est détruite en 1945.
1548	19 mars : à Iéna, un "Akademisches Gymnasium" est inauguré dans le complexe de bâtiments de l'ancien couvent dominicain, prélude à une nouvelle université. Le premier recteur est le rhétoricien et poète Johann Stigel. À ses côtés, le théologien et philosophe Victorin Strigel, élève de Melanchthon comme Stigel , enseigne dans le nouvel établissement d'enseignement. 19 juin : les premiers statuts de l'Akademisches Gymnasium d'Iéna sont promulgués.
1549	Septembre : après un stockage intermédiaire à Weimar, la plus grande partie de la bibliothèque privée des Ernestins est transférée à Iénasous la direction du bibliothécaire Anton Heuglin et constitue, en tant que "Bibliotheca electoralis", la pierre angulaire de la bibliothèque universitaire. Parmi ses titres les plus précieux, on trouve le "Jenaer Liederhandschrift", un recueil de poésie chantée en moyen haut allemand, créé dans le premier tiers du 14ème siècle dans le nord du centre ou du nord de l'Allemagne.
1552	24 septembre : l'ancien prince électeur Johann Friedrich, libéré de sa captivité impériale , se fait rendre hommage à Iéna. L'historiographie ernestine déplace très vite le lieu de la rencontre de Johann Friedrich avec les représentants de la bourgeoisie d'Iéna à la source du Pennickenbach ("Fürstenbrunnen"), créant ainsi pour des siècles un lieu de mémoire lié à l'histoire de la dynastie et de la Réforme.
1553	30 novembre : après la décision des Ernestins de faire imprimer les œuvres du réformateur à Iéna sous la direction de Georg Rörer, un familier de Luther , en concurrence avec l'édition de Wittenberg, une imprimerie est installée dans l'ancien couvent des carmélites et le privilège d'imprimer est accordéà Christian Rödinger.
1554	22 juillet : la première pierre d'un abattoir municipal de la corporation des bouchers d'Iéna est posée au Löbdergraben. 16 août : un privilège souverain est accordé pour l'exploitation de la pharmacie municipale. Automne : la nomination de Basilius Monner (droit) et de Johann Schröter (médecine) pose la première pierre d'une faculté de droit et d'une faculté de médecine à la Haute école d'Iéna.
1555	Le premier volume de l'édition de Luther à Iéna est publié. Jusqu'en 1558, huit volumes en allemand et quatre en latin sont disponibles.
1556	27 août : la construction de la tour de l'église St Michael est en grande partie achevée avec la pose du bouton de la tour.
1557	L'imprimeur de l'édition de Luther à Iéna, Christian Rödinger, publie la première impression musicale à Iéna avec le "Magnifikat octo tonorum" de Johann Walter. Jusqu'à la fin du XVIIe siècle, la ville constitue l'un des principaux sites d'impression musicale dans les pays germanophones. 27 avril : la nomination de Matthias Flacius Illyricus, tristement célèbre pour ses attaques virulentes contre ses adversaires , au poste de professeur de théologie à la Haute école d'Iéna renforce la réputation de cette dernière en tant que lieu du "luthéranisme strict (pur)". 15 (31) août : l'empereur Ferdinand Ier signe les privilèges de l'université d'Iéna.
1558	2 février : l'université d'Iéna est inaugurée lors d'un acte solennel en présence des ducs ernestins. Le premier recteur est le médecin Johann Schröter. Schröter installe une deuxième pharmacie dans sa maison de la Löbdergasse ("Schroetersburg").
1561	L'université acquiert la "Rosenhainsche Anwesen" dans la Johannisgasse. Le "complexe Rosen", situé entre la Johannisgasse et le Fürstengraben, voit le jour et devient le deuxième site universitaire, à côté de l'ancien couvent dominicain, reconverti en "Collegium Jenense". Philipp von Herden, l'un des citoyens les plus fortunés de Jena, est le propriétaire de l'auberge "Zur Sonne" sur le marché. 10 décembre : la destitution de Matthias Flacius et de ses partisans, suivie de leur expulsion, met fin à de violents débats théologiques à l'université. Elles avaient atteint leur point culminant en 1559/60 avec l'emprisonnement temporaire de Victorin Strigel, le principal adversaire de Flacius.
1564	La chapelle de l'hôpital Nikolai est aménagée en hôpital pour étudiants (démolie en 1784). 14 avril : la ville et l'université se comparent au sujet de l'obus. Ensuite, seules les maisons des professeurs qu'ils occupent eux-mêmes sont exonérées d'impôts. Dans l'ensemble, la plupart des privilèges des citoyens universitaires ne sont pas touchés.
1565	Une communauté musicale de bourgeois et d'étudiants, la "Societas musicalis", appelée "Collegium musicum" à partir de 1595, voit le jour.
1566	1er septembre : le tribunal de la cour, cour suprême des Ernestins, s'installe dans son nouveau siège à Iéna et s'y réunit pour la première fois. Parallèlement, il existe le "Schöppenstuhl d'Iéna", un comité d'expertise juridique composé de membres de la faculté de droit de l'université. Le privilège de l'activité d'expertise de sa faculté de droit avait été accordé à l'université par l'acte de fondation impérial de 1558.
1569	7 mars : le consistoire des ernestins, autorité spirituelle supérieure du pays, est transféré à Iéna et y siège jusqu'en 1612.
1570	21 mai : privilège accordé par le souverain à l'auberge universitaire "Zur Rosen" pour servir du vin et de la bière sans payer d'impôts ("privilège de la rose") aux membres de l'université.
1571	La plaque funéraire en bronze de Martin Luther, probablement coulée en 1548/49 d'après un projet de Lukas Cranach l'Ancien, est installée dans l'église St Michael de la ville. Une première vue de la ville d'Iéna, une gravure sur cuivre de Johann Mellinger (recteur de l'école latine d'Iéna depuis 1569), est publiée.
1586	Un jardin botanique est créé au Collegium Jenense pour l'enseignement des étudiants en médecine (deuxième plus ancien jardin botanique scientifique d'Allemagne).
1587	Automne : avec la nomination de Wolfgang Heider comme professeur de dialectique et d'éthique (plus tard de morale et de politique), la philosophie se développe à l'université d'Iéna pour devenir une discipline scientifique à part entière.
1590	27 août : un règlement de corporation des boulangers est parvenu jusqu'à nous, remplaçant des dispositions non transmises du début du 15e ou 16e siècle. Il répertorie 23 boulangeries à Iéna.
1594	L'église du couvent des dominicains, dévastée en 1525, est restaurée en tant que Collegienkirche (église universitaire). Le sculpteur et maître d'œuvre Nikolaus Theiner (l'aîné), originaire de Lobeda , conçoit le tombeau Renaissance d'Andreas et Katharina Schrot dans le cimetière Johannis.
1596	La "Haus im Sack" est construite comme maison d'habitation et d'artisanat d'un tanneur dans la Oberlauengasse.