17e siècle

1606	La "Platanenhaus", la maison d'habitation et d'artisan d'un tanneur, est construite dans la Unterlauengasse.
1610	23 décembre : pour la première fois, un mandat est donné à l'université contre le "pennalisme". La subordination des nouveaux étudiants par rapport aux étudiants plus âgés, imposée par des procédures humiliantes, et la lutte des autorités universitaires et étatiques contre ce phénomène constituent une caractéristique marquante de l'histoire de l'université au XVIIe siècle.
1613	29/30 mai : le "déluge de Thuringe", un orage extrêmement localisé accompagné de fortes pluies, cause de graves dommages à Iéna et ses environs.
1616	Johann Gerhard, l'un des plus importants représentants de l'orthodoxie luthérienne, devient professeur à la faculté de théologie de l'université d'Iéna et détermine son évolution jusqu'à sa mort en 1637.
1619	Wilhelm Kreußler, fondateur d'une vaste dynastie de maîtres d'escrime qui marquera l'escrime estudiantine en Allemagne jusqu'au début du 19e siècle, arrive à Iéna en tant que maître d'escrime.
1620	2 mars : le duc de Weimar se range ouvertement aux côtés du prince-électeur palatin élu roi de Bohême, plongeant ainsi son pays dans la guerre de Trente Ans qui débute.
1621	Des pièces de trèfle provenant d'une monnaie à bascule des ducs de Weimar exploitée à Burgau nous sont parvenues. 1623 Les pièces de monnaie de mauvaise qualité contenant du cuivre sont décriées dans tout le pays.
1623	La "collection Großmann", une mise en musique du 116e psaume de la Bible par 16 compositeurs renommés d'Allemagne centrale, initiée et soutenue financièrementpar l'échevin d'Iéna Burckhard Großmann, est publiée.
1625	Les ducs de Weimar ordonnent la réparation des murs de la ville et envoient des soldats à Iéna.
1626	Automne : la peste fait rage à Iéna.
1628	Le pédagogue réformateur Wolfgang Ratke (Ratichius), qui s'engage entre autres pour l'utilisation de la langue allemande dans l'enseignement scolaire et universitaire, séjourne plusieurs fois à Iéna jusqu'en 1631 et fait la promotion de ses propositions de réforme sans rencontrer un grand succès. 3 septembre : le conseil municipal d'Iéna se plaint auprès du gouvernement régional de la charge fiscale extrêmement élevée en raison des événements de guerre ainsi que des charges financières dues aux cantonnements permanents.
1629	Février : Werner Rolfinck répond à un appel à la faculté de médecine de l'université d'Iéna, où il représente les disciplines de la chirurgie, de l'anatomie, de la botanique et (plus tard) de l'iatrochimie. Il se fait connaître par des dissections publiques de corps d'exécutés dans le Theatrum anatomicum (tour d'anatomie) qu'il a aménagé. Sous sa direction, le jardin botanique situé près de la tour d'anatomie est considérablement agrandi.
1632	Octobre : pour la première fois pendant la guerre de 30 ans, un grand nombre de soldats sont cantonnés à Iéna.
1633	Mars : le transfert de deux fiefs séculiers, la seigneurie de Remda et le domaine de la chevalerie d'Apolda, à l'université améliore considérablement sa dotation financière.
1636	à partir d'août : environ 500 victimes de la peste sont à déplorer à Iéna.
1637	3 février : des unités suédoises fuient devant les troupes impériales en passant par Iéna. Pour assurer leur retraite, elles démolissent la dernière arche du pont sur la Saale vers Camsdorf, faisant 36 morts, principalement des civils mobilisés pour les travaux de démolition. 5 et 6 février : les troupes impériales procèdent à un pillage général. La plupart des bâtiments municipaux et privés sont endommagés, les dossiers du Conseil sont presque entièrement détruits. 24 février : le célèbre juriste et publiciste impérial Dominicus Arumaeus meurt des suites des mauvais traitements que lui ont infligés les soldats.
1639	Les chroniques font état d'une grave famine ("Beaucoup sont morts de faim dans les rues et les maisons"). Mars : les troupes suédoises mettent la ville à feu et à sang.
1640	Mars/décembre : des troupes suédoises et françaises cantonnent à nouveau, accompagnées de graves dévastations et de pillages dans la ville et ses environs.
1641	Le nombre d'étudiants atteint son niveau le plus bas avec environ 250.
1643	Janvier : Johannes Musäus est nommé professeur d'histoire et de poésie à l'université. En tant que professeur de théologie (à partir de 1646), il fait partie des précurseurs des premières Lumières à Iéna. 17 septembre : Suite à l'introduction d'un accise, les taxes de consommation sur les boissons et les céréales augmentent rapidement.
à partir de 1644	Les charges dues aux cantonnements et aux passages de troupes diminuent, la ville commence à se rétablir lentement.
1646	Décembre : Adam Struve est nommé professeur de droit à Iéna. Son activité d'enseignement et de recherche, qui se poursuit jusqu'à sa mort en 1692 et qui est interrompue par des activités pour les cours ernestines - il dirige ainsi les affaires de tutelle en Saxe-Iéna de 1680 à 1690 -, conduit au rattachement de la faculté de droit d'Iéna à l'évolution moderne du droit en Allemagne.
1650	Un "Teutscher Schreib- und Rechenmeister" (maître d'écriture et de calcul allemand), qui transmet aux élèves des connaissances élémentaires en écriture allemande et en calcul dans une classe située en amont de l'école du Conseil, est attesté pour la première fois. 6 février : un brevet ducal accorde une remise d'impôt à tous ceux qui reprennent possession de leurs maisons et fermes détruites ou abandonnées pendant la guerre et les reconstruisent. 19/20 août : la fin de la guerre de Trente Ans est célébrée par une grande fête de la paix - après le départ de l'occupation suédoise d'Erfurt.
1653	16 juillet : Erhard Weigel, nouvellement nommé professeur de mathématiques à l'Alma mater, donne sa première conférence. Weigel - qui enseignera à Iéna jusqu'à sa mort en 1699 - accomplit également des travaux importants en tant qu'astronome, philosophe et didacticien. En tant qu'un des professeurs universitaires les plus populaires d'Allemagne, il joue un rôle décisif dans l'augmentation rapide du nombre d'étudiants à Iéna dans les années qui suivent, avec parfois plus de 1.000 étudiants.
1655	13 octobre : le pont sur la Saale près de Camsdorf, gravement endommagé à plusieurs reprises pendant la guerre de Trente Ans, est entièrement reconstruitsous la direction de l'architecte rural de Weimar Johann Moritz Richter. Jusqu'alors, la traversée de la Saale n'était possible que par des ouvrages provisoires en bois.
1656	5 janvier : Johann Andreas Bose est nommé à une chaire de professeur à Iéna, qui est pour la première fois exclusivement consacrée à l'histoire.
1657	28 novembre : le papetier Joachim Heinrich Schmidt, nouveau propriétaire du moulin "Nasenmühle" dans la vallée du Mühltal, obtient le privilège d'exploiter un moulin à papier.
1659	31 janvier : la transformation et l'agrandissement du château d'Iéna sont entrepris sur ordre du duc Guillaume IVde Weimar . L 'essentiel des travaux est achevé en 1661 sous la direction d'Erhard Weigel.
1660	Août : suite à l'emprisonnement de trois étudiants pour avoir enfreint des mandats contre le pennalisme, des émeutes éclatent et font quatre morts. Le gouvernement de Weimar place des militaires à Iéna.
1662	17 mai : après la mort du duc Guillaume IV de Weimar , ses quatre fils se partagent les revenus du pays et certains droits souverains. Le plus jeune duc, Bernhard (né en 1638), se voit attribuer entre autres le château, la ville et l'office d'Iéna avec Burgau et Lobeda. Bernhard, marié à Maria de la Trémouille, issue d'une prestigieuse famille de la noblesse calviniste française , s'installe en décembre dans le château d'Iéna et met en place sa propre cour.
1663	10 juin : le futur savant universel et l'un des principaux penseurs du siècle des Lumières, Gottfried Wilhelm Leibniz, s'inscrit à l'âge de 15 ans sur le registre de l'université d'Iéna pour y étudier au semestre d'automne suivant.
1664	Une chapelle de cour est créée à la cour d'Iéna sous la direction d 'Adam Drese, venu de Weimar à Iéna en tant que maître de chapelle de la cour.
1665	Johann Bielcke commence son activité d'éditeur à Iéna. Lui et son fils Johann Felix Bielcke établissent la renommée d'Iéna comme deuxième lieu d'édition allemand après Leipzig.
1666	3 juillet : le duc Bernhard rachète la juridiction et le convoi (propriété de la ville depuis 1480) contre la volonté du conseil municipal. Les tribunaux sont restitués dès 1675, car les revenus sont inférieurs aux attentes.
1668	Une "corporation des coupeurs de feu", composée d'environ 40 personnes, se forme pour lutter contre les incendies.
1669	L'auberge "Zum Engel" (également "Zum goldenen (ou gelben) Engel") ouvre ses portesà l'emplacement du couvent des carmélites définitivement démoli en 1642 - qui est encore décrit en détailpar le chroniqueur de la ville Adrian Beier dans son "Architectus Jenensis" paru en 1672. Bartholomäus Paulßen - l'ancêtre de la famille de commerçants Paulßen, qui deviendra plus tard très respectée - est mentionné pour la première fois comme peintre de cour à Iéna. Des récipients sont installés sur les églises de la ville et de la collégiale pour stocker les pompes à incendie.
1670	En face du château (aujourd'hui : Fürstengraben), la "Ballhaus", accessible par un pont au-dessus du fossé de la ville, est construite. La nouvelle brasserie municipale est achevée dans la Leutragasse. L'augmentation du nombre de tuyaux d'arrivée d'eau dans la ville et de nouvelles fontaines dans la Löbdergasse et la Jenergasse améliorent l'approvisionnement en eau potable. Les travaux de construction de la "Weigelsche Haus" dans la Johannisgasse sont achevés. Cette maison, probablement conçuepar Weigel comme un musée technique pour démontrer ses inventions, fait partie des "sept merveilles" de Iéna.
1672	25 juillet : les ducs de Weimar se partagent leur territoire. Iéna devient la capitale et la ville de résidence d'un duché de Saxe-Iéna formellement indépendant, dirigé par le duc Bernhard. Il installe à Iéna un consistoire en tant qu'autorité supérieure spirituelle pour son duché, sinon d'importants droits de souveraineté restent à Saxe-Weimar.
1674	Le "siège du prince" est installé dans l'église de la ville pour le duc et sa famille. 20 avril : le duc Bernhard accorde à l'éditeur et libraire Johann Ludwig Neuenhahn le privilège de publier les "Jenaischen Wöchchentlichen Anzeigen", dont les feuilles qui leur succèdent (en dernier lieu : "Jenaische Zeitung") paraîtront jusqu'en 1945. Automne : un bref séjour à Iénadu critique athée de la religion Matthias Knutzen est attesté. Selon ses propres dires, la secte qu'il a fondée, les "Gewissener", aurait trouvé de nombreux adeptes dans la ville.
1675	Juillet : le "nationalisme" - des associations estudiantines de type "landsmannschaftliche" - apparaît ouvertement à l'université d'Iéna et est aussitôt interdit (décret ducal d'interdiction du 22 juillet).
1678	23 avril : décèsde l'archidiacre, chroniqueur et historien de la ville Adrian Beier (né en 1600). C'est à lui que l'on doit les ouvrages de référence "Syllabus rectorum et professorum Jenensium", "Geographus Jenensis" et "Architectus Jenensis", encore importants aujourd'hui pour l'histoire de la ville et de l'université. 3 mai : le duc Bernhard de Saxe-Jena décède. Son fils mineur et successeur Johann Wilhelm est alternativement sous la tutelle des maisons ducales d'Eisenach et de Weimar. La cour d'Iéna est en grande partie dissoute.
1683	Caspar Sagittarius (jr.), professeur d'histoire, fait rénover la "Rose" et, "pour l'ornement de l'université", fait installer le rosier en pierre qui existe encore aujourd'hui (en copie) en tant que signe commémoratif.
1686	L'avocat Matthias Bieler reçoit un privilège ducal en tant que "maître de poste général" à Iéna. 18 août : la première pierre d'une nouvelle église de cimetière est posée, sous la direction de Johann Mützel, qui travaillera plus tard comme architecte dans toutes les cours ernestoriennes .
1688	Erhard Weigel installe dans sa maison une école d'essai et d'exercice ("Tugendschule") pour tester en pratique les principes pédagogiques qu'il a développés.
1689	Un recensement fait état d'un total de 1 098 étudiants dans la ville.
1690	Johann Nikolaus Bach (mort en 1753),issu de la famille Bach , devient organiste à Iéna. Il se distingue également comme compositeur, chef d'orchestre et facteur d'instruments. 4 novembre : le duc Johann Wilhelm de Saxe-Iéna meurt à l'âge de 15 ans de la maladie de la feuille d'enfant. Avec lui, la maison ducale d'Iéna s'éteint dans la lignée des hommes.
1691	12 juillet : les maisons de Saxe-Eisenach et de Saxe-Weimar se partagent la masse héréditaire du duché de Saxe-Iéna déchu. La ville et l'office d'Iéna reviennent ensuite à Eisenach.
1693	16 février : la nouvelle église funéraire du cimetière Johannisfriedhof est consacrée sous le nom de Johann-Georgs-Kirche (plus tard Garnisonskirche ou Friedenskirche).
1697	7 juin : la nouvelle église près de l'hôpital Saint-Jacques dans le faubourg de Nollendorf est consacrée (Spittelkirche ou Juliane-Christiane-Kirche ; démolie en 1908).