Antes de 1200

final do século VII / início do século VIII	Os achados de ossos humanos provam que a área em redor da atual Igreja de São Miguel era utilizada como cemitério.
Entre 780 e 802	Isserstedt é mencionado numa lista de doações ao mosteiro de Fulda como a primeira povoação pertencente à atual cidade.
entre 896 e 899	O topónimo "Iani" é mencionado num registo de dízimos do mosteiro de Hersfeld. O topónimo, que pode ser derivado de raízes indo-europeias/germânicas (aproximadamente: "área na travessia do rio"), refere-se muito provavelmente à atual Jena, que se situa num vau do Saale e é tocada por rotas de transporte da região de Erfurt.
937	20 de dezembro: É mencionado o castelo real "Chirihberg" ("Kirchberg"), situado na colina local a leste de Jena. A igreja com o mesmo nome é a mais antiga referência a um local de culto na região de Jena.
974	20 de junho: O imperador Otão II permanece em Kirchberg, o que sugere a existência de um palácio real ou imperial.
antes de 1100	O primeiro antecessor de São Miguel é construído como uma pequena igreja românica.
cerca de 1100	Início da construção de um segundo castelo no Hausberg (Kirchberg II), propriedade dos Wettin Margraves de Meissen. A torre de menagem, um vestígio estrutural preservado conhecido como "Fuchsturm", é uma das "sete maravilhas" de Jena.
1145	15 de agosto: A designação de um Folmarus de Gene ("Volmar von Jena") como testemunha num documento do arcebispo de Mainz representa uma segunda menção a Jena.
1149	30 de novembro: A família nobre dos Burgraves de Kirchberg é mencionada pela primeira vez como administradores da propriedade imperial em Kirchberg.
cerca de 1150	Início da construção das partes mais antigas da igreja românica de São João (no posterior subúrbio de Leutra).
1156	A família nobre dos Greif(en)berger, extinta em 1257, é mencionada pela primeira vez. Um castelo no Hausberg, na ponta ocidental, constitui o centro do seu domínio. A aldeia de Lobeda é mencionada pela primeira vez (incerta).
1158	1 de janeiro: Jenzig ("montem genzege") e Gleissberg ("montem Glizberch") aparecemnum documento de Frederico Barbarossa.
1166	A menção documental dos irmãos Hartmann e Otto von Lobdeburg (Lofdeburch) indica a existência do castelo de Lobdeburg como a nova sede ancestral da família nobre (os "Lobdeburgers") que veio da Francónia para o médio Saale. (É também possível uma menção anterior, por volta de 1150). A dinastia teve uma influência decisiva na história de Jena nos 150 anos seguintes.
Entre 1175 e 1200	Subsistiram cinco bracteates cunhados em Jena pelos senhores de Lobdeburgo, o que permite identificar os Lobdeburgo como senhores de Jena.
1182	16 de setembro: Zwätzen (primeiro topónimo) é mencionado como uma localidade situada entre Dornburg e Jena. A utilização de Jena como ponto de referência indica uma posição de destaque em relação a outras povoações. O documento contém a primeira prova fiável da produção de vinho perto de Jena.
1185	O Marquês Otto de Meissen concede ao mosteiro de Altzelle, entre outras coisas, um dízimo de uma vinha no Jenzig.
Cerca de 1200	A área de povoamento de Jena é (re)construída de acordo com um plano de fundação. É criado um sistema regular de vias longitudinais e transversais, que ainda hoje pode ser parcialmente traçado no centro da cidade. Os senhores de Lobdeburgo foram a força motriz e organizadora. A partir de meados do século XIII, a cidade emergente é dividida entre várias sub-linhagens dos Lobdeburgs, finalmente (1290) de acordo com os quatro distritos da cidade.