Século XIII

depois de 1200	É construído o segundo antecessor românico de São Miguel, cuja conclusão pode ser datada do segundo quartel do século XIII.
1216	São mencionados os membros de uma família nobre com o nome da aldeia de Wöllnitz.
1218	A aldeia de Löbstedt é mencionada pela primeira vez num documento.
1223	29 de setembro: é mencionada pela primeira vez a aldeia de Lichtenhain.
Entre 1225 e 1240	Um documento não datado, que foi transmitido numa cópia posterior, faz referência aos "cives" (cidadãos) de Jena, o que prova que a aldeia foi elevada à categoria de cidade.
1227	Kunitz é mencionado pela primeira vez.
1228	28 de novembro: a igreja de S. Pedro, em Lobeda, é nomeada igreja paroquial, com um distrito paroquial próprio. As capelas de Ammerbach (primeira menção da cidade), Jägersdorf, Schlöben e (Schön-)Gleina, bem como Kirchberg, são-lhe atribuídas como filiais.
1235	Zwätzen é mencionada como sede do comandante distrital da Ordem Teutónica do Bailiado da Turíngia e Saxónia.
por volta de 1237	A escultura de madeira de São Miguel, padroeiro da igreja e da cidade de Jena, é realizada por um escultor da oficina da catedral de Bamberg.
1252	20 de março: A menção de um vigário (assistente do clérigo) que trabalha em Jena é prova da existência de uma paróquia de Jena.
1254	15 de julho: é documentada a existência de um mestre-escola municipal. A escola está situada na cave da torre oeste da igreja municipal. Nos anos seguintes, muda várias vezes de localização.
1255	13 de maio: a aldeia de Münchenroda é mencionada pela primeira vez num documento.
1257	1 de junho: A aldeia de Wenigenjena ("parvo geine") é mencionada pela primeira vez num documento. 31 de outubro: primeira menção definitiva de Burgau (no Saale).
1259	14 de julho: a aldeia de Maua aparece pela primeira vez num documento. 24 de julho: Ziegenhain é mencionado pela primeira vez num documento. 24 de julho: Os artesãos de Jena, Albus e Martinus Pistor (padeiros), são mencionados pela primeira vez pelo nome.
antes de 1274	O cargo de mestre da casa da moeda é transferido pelos senhores da cidade de Lobdeburgo para um representante dos cidadãos de Jena.
1275	24 de setembro: Primeira indicação da existência de um conselho municipal composto por oito "consules Genenses".
1278	Um ato jurídico documentado sugere que a lei franca prevalece no domínio dos Lodeburgs.
1279	O castelo "Wind(t)berg" é mencionado em documentos como a sede dos Burgraves de Kirchberg. Com este castelo, provavelmente construído pouco depois de 1200, os dois castelos de Kirchberg e o castelo de Greifberg, os Hausberg tinham quatro castelos no século XIII.
1280	29 de setembro: a aldeia de Drackendorf é mencionada pela primeira vez num documento.
1282	31 de dezembro: É mencionado pelaprimeira vez o nome deum padre de Jena (Ridgerus = Rüdiger).
1284	25 de julho: Lobeda aparece pela primeira vez em documentos como cidade ("civitas").
1286	É fundado o mosteiro dominicano, situado no canto noroeste da cidade.
1288	A cópia mais antiga do selo da cidade está anexada a um documento deste ano.
1298	A fábrica de papel à entrada do vale do Mühltal é mencionada (como "Nasenmühle").
Entre 1290 e 1300	Os Wettins adquirem, por casamento, um quarto de Jena à linha Lobdeburg de Arnshaugk.