Século XVI

1504	19 de dezembro: Konrad Stein de Jena, cónego de Erfurt, doa a capela Maria Madalena, situada em frente do moinho de barris, perto do hospital, para acolher os peregrinos.
1506	Com a conclusão da abóbada da nave, as obras da igreja da cidade de São Miguel estão praticamente concluídas, com exceção da construção da torre.
1509	30 de julho: É mencionada a estalagem "vor dem Lobderthore", antecessora do "Roter Hirsch" ("Zum Roten Hirsch").
1511	A ordem do mosteiro de S. Miguel indica um total de 16 altares na igreja de S. Miguel.
1518	Um monge estrangeiro repara o órgão da igreja da cidade.
1521	15 de junho: Thomas Müntzer escreve ao juiz e conselheiro da cidade de Jena , Michael Ganßau, o que indica que Müntzer influenciou o movimento inicial da Reforma em Jena . 24/25 de dezembro: Martin Reinhart, pregador na igreja da cidade, serve a comunhão em ambas as formas a três cidadãos no Natal, o que pode ser visto como a primeira indicação de que a Reforma está em curso.
1522	4/5 de março: Martinho Lutero passa a noite na estalagem "Schwarzer Bär", como Junker Jörg, na sua viagem do Castelo de Wartburg para Wittenberg. agosto: Reinhart e os seus seguidores invadem o mosteiro dominicano. Seguem-se outras acções violentas contra os mosteiros de Jena.
1523	A Reforma em Jena é caracterizada pelo movimento radical representado por Andreas Karlstadt, que trabalhou como pastor em Orlamünde , especialmente pelo seu aluno Reinhart. Michael Buchführer, que trabalhou em Jena em 1523/24 , imprimiu os escritos de Karlstadt e dos seus seguidores, contornando a censura .
1524	20 de agosto: O Conselho confisca os bens dos monges carmelitas e transfere-os para a Câmara Municipal. 22 de agosto: Lutero prega em S. Miguel contra Karlstadt e os seus seguidores e depois discute com Karlstadt no "Urso Negro". setembro/outubro: Karlstadt e Reinhart são expulsos do país. Como pregador recém-nomeado em Jena, Anton Musa continua a Reforma no espírito de Lutero.
1525	30 de abril: Camponeses e habitantes da cidade insurrectos saqueiam as propriedades rurais de Drackendorf e Lobeda. 3 de maio: O mosteiro carmelita de Jena, seguido alguns dias depois pelo mosteiro dominicano, é invadido, roubado e parcialmente destruído. Ambos os mosteiros permanecem encerrados após o fim da revolta. O convento cisterciense, que foi poupado pelos revoltosos, serve de refúgio às poucas freiras que restam até à morte da última em 1564, mas já não pode aceitar novas freiras. 22 de junho: Durante a campanha punitiva do Eleitor Johann contra os camponeses rebeldes, vinte rebeldes de Jena e arredores terão sido executados à espada no mercado de Jena. dezembro: A Câmara Municipal e o Mosteiro de S. Miguel celebram um acordo segundo o qual a nomeação dos párocos e a organização externa da assistência pastoral passam a ser da competência da Câmara Municipal.
1526	Começa a criação de um "fundo comum" para pagar ao clero e, de um modo geral, financiar a nova igreja e o sistema escolar, bem como a assistência aos pobres. Posteriormente, parte dos rendimentos do mosteiro anterior ou dos bens do mosteiro vendidos são-lhe afectados.
1527	As visitas à igreja ordenadas pelo soberano impõem finalmente a Reforma nas aldeias dos arredores de Jena. 17 de agosto: Anton Musa é oficialmente nomeado pároco de Jena, cargo que ocupa até 1536. Ao mesmo tempo, é nomeado superintendente de Jena, Bürgel e Eisenberg.
a partir de 1529	O sistema escolar é reorganizado e a escola é instalada na antiga casa das freiras, por detrás da igreja da cidade. Pela primeira vez, é documentada uma escola para raparigas, na qual são ensinados conhecimentos elementares de escrita, religião e "trabalhos manuais femininos".
1534	Início da construção do "Fürstenkeller". A enorme cave abobadada é inicialmente utilizada para armazenar o vinho a que os soberanos têm direito a título de imposto. 24 de maio: Realiza-se a primeira caçada pública de aves no Landfeste.
1535	25 de julho: Devido à peste que assola Wittenberg, a Universidade de Wittenberg muda-se para Jena durante três quartos de ano e instala-se no antigo mosteiro dominicano vazio.
1536	26 de janeiro: Três anabatistas da região de Orlamünde são executados na fortaleza. maio: Na aldeia de Löbstedt, são esmagados barris de cerveja fabricada ilegalmente, para garantir os privilégios da cidade em matéria de fabrico e serviço de cerveja ("guerra da cerveja").
1540	O Eleitor Johann Friedrich emite uma nova carta municipal que, para além de disposições gerais sobre a governação da cidade, contém numerosas ordenações de natureza civil, policial e criminal.
1542	De acordo com o registo fiscal turco, Jena tem cerca de 4 300 habitantes.
1546	17 de dezembro: Na guerra de Schmalkaldic, Jena presta homenagem ao duquealbertino Moritz, um dos opositores do eleitor Johann Friedrich,com receio de ser atacada .
1547	19 de maio: Em consequência da sua derrota na guerra de Schmalkaldic, Johann Friedrich perdea sua dignidade eleitoral e cerca de dois terços do seu território, incluindo a cidade universitária de Wittenberg, na "Capitulação de Wittenberg". 24 de junho: A caminho do cativeiro imperial, João Frederico encontra-se com o seu filho mais velho perto de Jena para discutirem os próximos passos para assegurar o domínio Ernestino. Este encontro inclui a fundação de uma nova universidade na cidade perdida de Wittenberg. 10 de julho: Philipp Melanchthon é encarregado pelos governantes Ernestinos de escrever um parecer sobre a fundação de uma nova universidade estatal. É a favor de Jena como local de implantação.
Cerca de 1548	É concluído o Burgkeller, um edifício representativo do estilo renascentista, situado no extremo oriental da Johannisstraße, diretamente ao lado da igreja municipal de São Miguel. Por vezes designada por "Ratskeller", a estalagem torna-se o local preferido da(s) fraternidade(s) depois de 1815 e é destruída em 1945.
1548	19 de março: Em Jena, é inaugurada uma "escola de gramática académica" no complexo de edifícios do antigo mosteiro dominicano, como fase preliminar de uma nova universidade. O primeiro reitor é o retórico e poeta Johann Stigel. Ao seu lado, o teólogo e filósofo Victorin Strigel, tal como Stigel , aluno de Melanchthon, lecciona no novo estabelecimento de ensino. 19 de junho: São publicados os primeiros estatutos do Akademisches Gymnasium de Jena.
1549	setembro: Após um período de armazenamento temporário em Weimar, a maior parte da biblioteca privada dos Ernestinos é transferida para Jena, sob a direção do bibliotecário Anton Heuglin, e constitui a pedra basilar da biblioteca universitária, a "Bibliotheca electoralis". Um dos seus títulos mais valiosos é a "Jenaer Liederhandschrift", uma coleção de hinos em alto-alemão médio escritos no primeiro terço do século XIV no centro-norte ou norte da Alemanha.
1552	24 de setembro: O antigo Eleitor Johann Friedrich, libertado do cativeiro imperial , presta homenagem em Jena. A historiografia Ernestina não tarda a deslocar o local do encontro de Johann Friedrich com os representantes dos cidadãos de Jena para a nascente do Pennickenbach ("Fürstenbrunnen"), criando assim um lugar de memória na história da dinastia e da Reforma para os séculos vindouros.
1553	30 de novembro: Depois de os Ernestinos terem decidido mandar imprimir as obras do reformador em Jena, sob a direção do confidente de Lutero , Georg Rörer, em concorrência com a edição de Wittenberg, é criada uma tipografia no antigo mosteiro carmelita e é concedido aChristian Rödinger o privilégio de impressão.
1554	22 de julho: Lançamento da primeira pedra do matadouro municipal do grémio dos talhantes de Jena, em Löbdergraben. 16 de agosto: É concedido pelo soberano um privilégio para o funcionamento da farmácia municipal. outono: A nomeação de Basilius Monner (direito) e Johann Schröter (medicina) lança a primeira pedra para uma faculdade de direito e uma faculdade de medicina no liceu de Jena.
1555	É publicado o primeiro volume da edição de Lutero de Jena; em 1558, estão disponíveis oito volumes em alemão e quatro em latim.
1556	27 de agosto: A construção da torre da Igreja de S. Miguel está praticamente concluída com a adição do pináculo.
1557	O impressor da edição de Lutero de Jena, Christian Rödinger, publicao"Magnifikat octo tonorum" de Johann Walter, a primeira música impressa em Jena. A cidade continua a ser um dos principais centros de impressão de música no mundo de língua alemã até ao final do século XVII. 27 de abril: A nomeação de Matthias Flacius Illyricus, conhecido pelos seus ataques rudes aos seus opositores , como professor de Teologia no Liceu de Jena, consolida a sua reputação de lugar de "luteranismo estrito (puro)". 15 (31) de agosto: O Imperador Fernando I assina os privilégios da Universidade de Jena.
1558	2 de fevereiro: A Universidade de Jena é inaugurada com um ato cerimonial na presença dos duques Ernestinos. O primeiro reitor é o médico Johann Schröter. Schröter instala uma segunda farmácia na sua casa em Löbdergasse ("Schroetersburg").
1561	A universidade adquire a "propriedade Rosenhain" na Johannisgasse. O "complexo Rosen", entre Johannisgasse e Fürstengraben, é criado como segunda sede da universidade, juntamente com o antigo mosteiro dominicano, que é rededicado como "Collegium Jenense". Philipp von Herden, um dos cidadãos mais ricos de Jena, é documentado como proprietário da estalagem "Zur Sonne", na praça do mercado. 10 de dezembro: A destituição de Matthias Flacius e dos seus seguidores e a sua subsequente expulsão do país marca o fim das acesas disputas teológicas na universidade. Estas tinham atingido o seu auge em 1559/60, com a prisão temporária de Victorin Strigel, o principal opositor deFlacius.
1564	A capela do Hospital de São Nicolau é transformada em hospital de estudantes (demolida em 1784). 14 de abril: A cidade e a universidade chegam a um acordo sobre o andar. Apenas as casas dos professores que eles próprios ocupam estão isentas de impostos. De um modo geral, a maior parte dos privilégios dos cidadãos académicos permanece intacta.
1565	É fundada uma comunidade musical de cidadãos e estudantes, a "Societas musicalis", conhecida a partir de 1595 como "Collegium musicum".
1566	1 de setembro: O Tribunal de Justiça, o tribunal supremo dos Ernestinos, muda-se para a sua nova sede em Jena e reúne-se aqui pela primeira vez. Além disso, existe o "Jena Schöppenstuhl", um comité de peritos jurídicos composto por membros da Faculdade de Direito da universidade. O privilégio de emitir pareceres para a sua Faculdade de Direito foi concedido à universidade na carta de fundação imperial de 1558.
1569	7 de março: O consistório Ernestino, como autoridade espiritual do Estado, é transferido para Jena, onde fica sediado até 1612.
1570	21 de maio: É concedido um privilégio soberano ao bar universitário "Zur Rosen" para o serviço de vinho e cerveja ("Rosenprivileg") isento de impostos aos membros da universidade.
1571	A lápide de bronze de Martinho Lutero, provavelmente moldada em 1548/49 segundo um projeto de Lukas Cranach, o Velho, é colocada na Igreja de São Miguel. É publicadaa primeira vista da cidade de Jena, uma gravura em chapa de cobre de Johann Mellinger (reitor da escola latina de Jena desde 1569).
1586	É criado um jardim botânico no Collegium Jenense para a instrução dos estudantes de medicina (o segundo jardim botânico científico mais antigo da Alemanha).
1587	outono: Com a nomeação de Wolfgang Heider como professor de Dialética e Ética (mais tarde Moral e Política), a filosofia torna-se uma disciplina académica independente na Universidade de Jena.
1590	27 de agosto: Sobrevive um regulamento da guilda dos padeiros, que substitui disposições do início dos séculos XV e XVI que não sobreviveram. Este regulamento enumera 23 padarias em Jena.
1594	A igreja do mosteiro dominicano, devastada em 1525, é restaurada como igreja colegial (igreja universitária). O escultor e mestre de obras Nikolaus Theiner (o Velho), de Lobeda , concebe o túmulo renascentista de Andreas e Katharina Schrot no cemitério de São João.
1596	A "Haus im Sack" é construída como residência de curtidores e casa de artesãos em Oberlauengasse.