Século XVII

1606	Em Unterlauengasse, é construído o "Platanenhaus" como residência e casa de artesanato de um curtidor.
1610	23 de dezembro: pela primeira vez, a universidade emite um mandato contra o chamado pennalismo. A subordinação dos estudantes do primeiro ano aos estudantes mais velhos, imposta através de procedimentos humilhantes, e a luta das autoridades universitárias e estatais contra esta situação é uma caraterística marcante da história da universidade no século XVII.
1613	29/30 de maio: O "Dilúvio da Turíngia", uma trovoada extremamente estacionária acompanhada de fortes chuvas, causa graves danos em Jena e arredores.
1616	Johann Gerhard, um dos mais importantes representantes da ortodoxia luterana, torna-se professor da Faculdade de Teologia da Universidade de Jena e determina o seu desenvolvimento até à sua morte, em 1637.
1619	Wilhelm Kreußler, fundador de uma dinastia de mestres de esgrima muito diversificada, que caracteriza a esgrima estudantil na Alemanha até ao início do século XIX, chega a Jena como mestre de esgrima.
1620	2 de março: O Duque de Weimar alia-se abertamente ao Eleitor Palatino, que é eleito Rei da Boémia, mergulhando assim o seu país no início da Guerra dos Trinta Anos.
1621	Subsistiram pedaços de kreuzer de uma moeda de ponta cunhada pelos duques de Weimar em Burgau. 1623 As moedas de cobre de qualidade inferior são desacreditadas em todo o país.
1623	Aparece na imprensaa "Coleção Großmann", uma composição do 116º Salmo da Bíblia por 16 compositores conhecidos da Alemanha Central, iniciada e financiada peloaristocrata de Jena Burckhard Großmann.
1625	Os duques de Weimar ordenam a reparação das muralhas da cidade e transferem soldados para Jena.
1626	outono: a peste grassa em Jena.
1628	O pedagogo reformista Wolfgang Ratke (Ratichius), que defende, entre outras coisas, a utilização da língua alemã no ensino escolar e universitário, desloca-se várias vezes a Jena até 1631 e promove as suas propostas de reforma sem obter grande aprovação. 3 de setembro: O conselho municipal de Jena queixa-se ao governo do Estado da carga fiscal extremamente elevada causada pela guerra e dos encargos financeiros decorrentes do constante aquartelamento.
1629	fevereiro: Werner Rolfinck aceita uma nomeação para a Faculdade de Medicina da Universidade de Jena, onde representa as disciplinas de cirurgia, anatomia, botânica e (mais tarde) iatroquímica. Torna-se célebre pelas suas dissecações públicas de cadáveres de pessoas executadas no Theatrum anatomicum (torre de anatomia), por ele criado. Sob a sua direção, o jardim botânico junto à torre de anatomia é consideravelmente ampliado.
1632	outubro: Um grande número de soldados é aquartelado em Jena pela primeira vez durante a Guerra dos Trinta Anos.
1633	março: A transferência de duas propriedades feudais seculares, a mansão de Remda e a mansão de Apolda, para a universidade melhora significativamente os seus recursos financeiros.
1636	de agosto: Cerca de 500 vítimas da peste são veladas em Jena.
1637	3 de fevereiro: unidades suecas fogem das tropas imperiais através de Jena. Para garantir a sua retirada, destroem o último arco da ponte do Saale para Camsdorf, matando 36 pessoas, na sua maioria civis chamados para os trabalhos de demolição. 5/6 de fevereiro: As tropas imperiais procedem a uma pilhagem geral. A maior parte dos edifícios municipais e privados são danificados e os registos do conselho são quase completamente destruídos. 24 de fevereiro: O conhecido jurista e publicista imperial Dominicus Arumaeus morre devido aos maus tratos que lhe foram infligidos pelos soldados.
1639	As crónicas relatam uma grande fome ("Muitos morreram de fome nas ruas e nas casas"). março: As tropas suecas saqueiam a cidade.
1640	março/dezembro: As tropas suecas e francesas voltam a aquartelar-se, provocando grandes devastações e pilhagens na cidade e arredores.
1641	O número de estudantes atinge o seu mínimo histórico, cerca de 250.
1643	janeiro: Johannes Musäus é nomeado professor de História e Poesia na Universidade. Como professor de Teologia (a partir de 1646), é um dos pioneiros do início do Iluminismo em Jena. 17 de setembro: Os impostos especiais sobre o consumo de bebidas e cereais aumentam rapidamente devido à introdução de um imposto especial sobre o consumo.
a partir de 1644	Os encargos causados pelo aquartelamento e pela passagem das tropas diminuem e a cidade começa lentamente a recuperar.
1646	dezembro: Adam Struve é nomeado professor de Direito em Jena. As suas actividades de ensino e de investigação, que duram até à sua morte em 1692 e são interrompidas por actividades para os tribunais Ernestinos - por exemplo, de 1680 a 1690 gere os assuntos de tutela na Saxónia-Jena - levam a Faculdade de Direito de Jena a juntar-se aos desenvolvimentos jurídicos modernos na Alemanha.
1650	É documentada pela primeira vez a existência de um "Teutscher Schreib- und Rechenmeister", que ensina aos alunos a escrita e a aritmética elementares em alemão numa classe anterior à Ratsschule. 6 de fevereiro: Uma patente ducal concede uma isenção fiscal a todos aqueles que recuperam e reconstroem as suas casas e quintas destruídas ou abandonadas durante a guerra. 19/20 de agosto: O fim da Guerra dos Trinta Anos é celebrado com uma grande festa da paz, após a retirada da ocupação sueca de Erfurt.
1653	16 de julho: Erhard Weigel, recém-nomeado professor de matemática da alma mater, profere a sua conferência inaugural. Weigel - que lecciona em Jena até à sua morte em 1699 - dá também importantes contributos como astrónomo, filósofo e didata. Como um dos professores académicos mais populares da Alemanha, desempenhou um papel decisivo no rápido aumento do número de estudantes em Jena nos anos seguintes, chegando a ter mais de 1000 alunos.
1655	13 de outubro: A ponte do Saale, perto de Camsdorf, que foi severamente danificada várias vezes durante a Guerra dos Trinta Anos, é totalmente reconstruídasob a direção do mestre de obras de Weimar , Johann Moritz Richter. Até então, só era possível atravessar o Saale através de pontes provisórias de madeira.
1656	5 de janeiro: Johann Andreas Bose é nomeado para uma cátedra em Jena, que pela primeira vez se destina exclusivamente à história.
1657	28 de novembro: É concedido aopapeleiro Joachim Heinrich Schmidt o privilégio de explorar uma fábrica de papel, como novo proprietário da "Nasenmühle", em Mühltal.
1659	31 de janeiro: por ordem do duque Wilhelm IVde Weimar, é iniciada a transformação e ampliação do castelo de Jena . Em 1661, sob a direção de Erhard Weigel, a obra está praticamente concluída.
1660	agosto: A prisão de três estudantes por violação de mandatos contra o pennalismo dá origem a motins que causam quatro mortos. O governo de Weimar envia as forças armadas para Jena.
1662	17 de maio: Após a morte do duque Wilhelm IV de Weimar , os seus quatro filhos repartem entre si os rendimentos da terra e alguns direitos de soberania. O duque mais novo, Bernhard (nascido em 1638), recebe, entre outras coisas, o castelo, a cidade e o gabinete de Jena com Burgau e Lobeda. Bernhard, casado com Maria de la Trémouille de uma distinta família aristocrática calvinista francesa , muda-se para o castelo de Jena em dezembro e estabelece a sua própria corte.
1663	10 de junho: O futuro polímata e um dos mais importantes pioneiros do Iluminismo, Gottfried Wilhelm Leibniz, inscreve-se com 15 anos na Universidade de Jena para estudar no semestre de outono seguinte.
1664	É criada uma orquestra de corte na corte de Jena, sob a direção deAdam Drese, que veio de Weimar para Jena , como maestro da corte.
1665	Johann Bielcke inicia a sua atividade de editor em Jena. Ele e o seu filho Johann Felix Bielcke estabelecem a fama de Jena como o segundo mais importante centro editorial alemão, a seguir a Leipzig.
1666	3 de julho: o Duque Bernhard abdica da jurisdição e do comboio (propriedade da cidade desde 1480) contra a vontade do conselho municipal. Os tribunais são devolvidos já em 1675, uma vez que as receitas ficam aquém das expectativas.
1668	É constituída uma "corporação de bombeiros", composta por cerca de 40 pessoas, para combater os incêndios.
1669	No local do mosteiro dos Carmelitas, finalmente demolido em 1642 e descrito em pormenorpelo cronista da cidade Adrian Beier no seu "Architectus Jenensis" publicado em 1672, abre a estalagem "Zum Engel" (também conhecida como "Zum goldenen (ou amarelo) Engel"). Bartholomäus Paulßen - progenitor da mais tarde muito respeitada família de comerciantes Paulßen - é documentado pela primeira vez como pintor da corte em Jena. Nas igrejas da cidade e da colegiada são colocados recipientes para guardar extintores de incêndio.
1670	Em frente ao castelo (atualmente: Fürstengraben), é construída a "Ballhaus", à qual se acede através de uma ponte sobre o fosso. A nova fábrica de cerveja municipal é concluída em Leutragasse. O abastecimento de água potável é melhorado através do aumento do número de condutas de abastecimento de água à cidade e de novos poços em Löbdergasse e Jenergasse. Conclusão dos trabalhos de construção da "Weigelsche Haus" na Johannisgasse. A casa, provavelmente projectadapor Weigel como um museu técnico para demonstrar as suas invenções, é uma das "sete maravilhas" de Jena.
1672	25 de julho: Os duques de Weimar dividem o seu território entre si. Jena torna-se a capital e residência de um Ducado da Saxónia-Jena formalmente independente , sob o comando do Duque Bernhard. O duque estabelece um consistório em Jena como autoridade espiritual suprema do seu ducado, mas os direitos soberanos mais importantes permanecem com Saxe-Weimar.
1674	A "Cadeira do Príncipe" é instalada na igreja da cidade para o Duque e a sua família. 20 de abril: O Duque Bernhard concede ao editor e livreiro Johann Ludwig Neuenhahn o privilégio de publicar o "Jenaische Wöchentliche Anzeigen", cujos jornais sucessores (mais recentemente: "Jenaische Zeitung") são publicados até 1945. outono: É documentadauma breve estadia em Jenado crítico ateu da religião Matthias Knutzen. De acordo com as suas próprias declarações, a seita de objectores de consciência por ele fundada terá encontrado numerosos seguidores na cidade.
1675	julho: o "nacionalismo" - associações de estudantes - surge abertamente na Universidade de Jena e é imediatamente proibido (decreto ducal de proibição de 22 de julho).
1678	23 de abril: morreo arquidiácono, cronista e historiador Adrian Beier (nascido em 1600). Foi autor das obras "Syllabus rectorum et professorum Jenensium", "Geographus Jenensis" e "Architectus Jenensis", ainda hoje importantes para a história da cidade e da universidade. 3 de maio: morre o duque Bernhard da Saxónia-Jena. O seu filho menor e sucessor , Johann Wilhelm, fica alternadamente sob a tutela das casas ducais de Eisenach e Weimar. A corte de Jena é em grande parte dissolvida.
1683	Caspar Sagittarius (jr.), professor de História, manda renovar a "Rosa" e instalar a roseira de pedra (cuja cópia existe ainda hoje) como memorial "como ornamento da universidade".
1686	O advogado Matthias Bieler recebe um privilégio ducal como "chefe geral dos correios" em Jena. 18 de agosto: É lançada a primeira pedra da nova igreja do cemitério, construídasob a direção de Johann Mützel, que mais tarde trabalhará como mestre de obras em todas as cortes Ernestinas.
1688	Erhard Weigel funda em sua casa uma escola experimental e de formação ("escola de virtude") para testar na prática os princípios pedagógicos que desenvolveu.
1689	Um recenseamento revela um total de 1.098 alunos na cidade.
1690	Johann Nikolaus Bach (falecido em 1753), membro da família Bach, torna-se organista em Jena. Também se destaca como compositor, chefe de orquestra e fabricante de instrumentos. 4 de novembro: morreo duque Johann Wilhelm da Saxónia-Jena, aos 15 anos de idade, vítima de hemorragia infantil. Com ele, extingue-se a família ducal de Jena.
1691	12 de julho: As Casas de Saxe-Eisenach e Saxe-Weimar dividem a herança do Ducado de Saxe-Jena. A cidade e o gabinete de Jena passam então para Eisenach.
1693	16 de fevereiro: A nova igreja funerária no cemitério de Johannis é consagrada como Johann-Georgs-Kirche (mais tarde Garnisonskirche ou Friedenskirche).
1697	7 de junho: consagração da nova igreja no Jakobsspital em Nollendorfer Vorstadt (Spittelkirche ou Juliane-Christiane-Kirche; demolida em 1908).