13 век

после 1200 года	Построен второй романский предшественник собора Святого Михаила, завершение строительства которого можно отнести ко второй четверти XIII века.
1216	Упоминаются члены дворянской семьи, названной в честь деревни Вёльниц.
1218	Деревня Лёбштедт впервые упоминается в документе.
1223	29 сентября: впервые упоминается деревня Лихтенхайн.
Между 1225 и 1240 гг.	В недатированном документе, который был передан в более поздней копии, упоминаются "цивы" (граждане) Йены, что доказывает, что деревня была возведена в ранг города.
1227	Впервые упоминается Куниц.
1228	28 ноября: церковь Святого Петра в Лобеде названа приходской церковью с собственным приходским округом. Часовни в Аммербахе (первое упоминание города), Егерсдорфе, Шлёбене и (Шён-)Глейне, а также Кирхберге приписаны к ней в качестве филиалов.
1235	Цвацен указан как резиденция окружного командора Тевтонского ордена в бейливике Тюрингии и Саксонии.
около 1237 года	Деревянная скульптура святого Михаила, покровителя церкви и города Йены, изготовлена резчиком из мастерской Бамбергского собора.
1252	20 марта: Упоминание о викарии (помощнике священника), работавшем в Йене, свидетельствует о существовании йенского прихода.
1254	15 июля: документально подтверждается наличие городского школьного учителя. Школа располагается в подвале западной башни городской церкви. В последующие годы она несколько раз меняет свое местоположение.
1255	13 мая: Деревня Мюнхенрода впервые упоминается в документе.
1257	1 июня: Венигенджена ("парво гейне") впервые упоминается в документе. 31 октября: первое определенное упоминание Бургау (на реке Заале).
1259	14 июля: Деревня Мауа впервые появляется в документе. 24 июля: Зигенхайн впервые упоминается в документе. 24 июля: впервые по имени упоминаются йенские ремесленникиАльбус и Мартинус Пистор (пекари).
до 1274 года	Должность мастера монетного двора передается лобдебургскими градоначальниками представителю йенских горожан.
1275	24 сентября: первое упоминание о существовании городского совета, состоящего из восьми "consules Genenses".
1278	Документированный правовой акт свидетельствует о том, что во владениях Лодебургов преобладает франкское право.
1279	Замок "Винд(т)берг" упоминается в документах как резиденция бургграфов Кирхберга. С учетом этого замка, построенного, вероятно, вскоре после 1200 года, двух замков Кирхберга и замка Грайфберг, в Хаусберге в XIII веке было четыре замка.
1280	29 сентября: деревня Дракендорф впервые упоминается в документе.
1282	31 декабря: Впервые по имени упоминаетсяйенский священник (Ридгерус = Рюдигер).
1284	25 июля: Лобеда впервые появляется в документах как город ("civitas").
1286	Основан доминиканский монастырь, расположенный в северо-западном углу города.
1288	Старейшая из сохранившихся копий городской печати прикреплена к документу, датированному этим годом.
1298	Упоминается бумажная фабрика у входа в долину Мюльталь (как "Nasenmühle").
Между 1290 и 1300 гг.	Веттины приобретают четверть Йены по браку с Лобдебургской линией Арнсхаугка.