14 век

после 1300 года	Прежние городские укрепления, состоявшие из частокола и рвов, заменяются сплошной каменной стеной высотой 3-4 метра.
1301	Завершено строительство цистерцианского монастыря. Лобдебургские градоначальники передают монастырю приход Йены и церковь Святого Михаила, которая, таким образом, выполняет двойную функцию - городской и монастырской.
1304	Замки бурграфов Кирхберга на Хаусберге штурмуются и разрушаются по мирному приказу ландграфа (при участии йенского контингента). Впоследствии кирхбержцы утрачивают свою функцию территориальной державы. Строительная надпись дает первое представление о Йоханнисторе как о каменном здании ворот. В настоящее время оно выглядит как новое здание XV века.
1305	Замок Бургау - до этого времени резиденция побочной линии Лобдебургов - признается собственностью династии Веттинов.
1307	23 мая: Кладбище Йоханнисфридхоф впервые упоминается как место захоронения за пределами городской стены. Другое кладбище возле церкви Святого Михаила в пределах городских стен используется до XVI века. 21 июня: впервые в Венигене назван священник.
1315	11 апреля: квартал Лобдебург-Эльстерберг в Йене переходит к Веттинам. 16 августа: Документальное упоминание о мельнице Заальмюле подтверждает существование "Лаче" как искусственного рукава Заале перед Заальтором. Первоначально он был частью городских укреплений, но теперь используется в основном для работы мельниц.
1316	19 ноября: Впервые упоминается мельница, расположенная в Йоханнисторе на территории города, позже получившая название "Юденмюле" из-за своего расположения на Юденгассе.
1317	В одном из документов упоминается городской совет, возглавляемый двумя магистрами (бургомистрами).
1319	26/27 мая: Городской совет и монастырь Святого Михаила заключают соглашение о создании "Больницы Святого Духа и Всех Святых" перед воротами Святого Иоанна. 1 июня: впервые упоминаются Лёбдертор, Марктмюле и Тёйфельслёхер под Вёльницем ("диабетические отверстия").
1320	22 июля: зафиксировано первое документальное свидетельство использования камней при строительстве моста через Заале в районе современного моста Камсдорф. Для строительства и обслуживания моста учреждается Фонд Брюкенхофа. Со временем ему передаются многочисленные земельные участки и проценты, а также он получает доход от волостного правления деревни Еналобниц и как господин двора в деревнях Осмариц и Фольрадисрода. Мостовой двор находится в ведении мостового мастера под надзором городского совета.
1321	7 сентября: Упоминание Гюнтеруса Геванцнайдера в одном из документов относится к суконному ремеслу в городе.
1328	6 января: Лейтра впервые упоминается как пригородное поселение перед Йоханнистором. Это место (с церковью Святого Иоанна и кладбищем Святого Иоанна), вероятно, не совпадает с "Лютдрахой", упомянутой в десятинном реестре Херсфельда в конце IX века. 28 марта: Документально подтверждено первое упоминание о системе трех "вращающихся" советов. Согласно этой системе, один из трех советников каждые три года выступает в качестве действующего ("заседающего") советника, а члены двух других советов выполняют консультативные функции.
1331	6 февраля: продажа второй половины Йены лобдебург-лейхтенбургскими лордами означает, что весь город переходит к тюрингским ландграфам из дома Веттинов.
1332	24 апреля: ландграфиня Елизавета, чьему вдовьему имению принадлежит город, дарует Йене городскую грамоту Готы. Это окончательно устанавливает саксонское право для Йены. В новой грамоте впервые упоминается право города на пивоварение.
1333	11 апреля: Упоминание о библиотеке доминиканского монастыря указывает на существование в Йене монастырской школы.
1337	Впервые упоминается Расенмюле. Это также документирует существование искусственного острова Расенмюле, окруженного рекой Заале и мельничной террасой.
1338	25 июля: Генрих Цердо (= кожевник) - первое документальное свидетельство о кожевенном ремесле в Йене.
1344	18 ноября: Цвайфельбах впервые упоминается как южный пригород перед Лёбдертором.
1346	21 ноября: Ноллендорф впервые упоминается как северный пригород Йены.
1350	19 марта: ландграфиня Елизавета передает управление Йеной своему внуку Фридриху Строгому.
после 1350 г.	На внешней стене церкви Святого Николая в Лихтенхайне создается повествовательный цикл из 78 картин на библейские темы. Художники, чьи имена неизвестны, вдохновлялись моделями из юго-западной Германии.
1352	29 января: В обмен на заем, предоставленный ландграфом, Йена временно получает должность бургомистра, монетный двор и таможню.
1353	6 января: Указ ландграфа разрешает расширить и укрепить город в направлении Заале. Создается "Ворштадт на реке Санде" перед Заальтором (также: "Ходельсдорф"). Сюда из Йоханнистора переносится госпиталь, посвященный Святому Николаю. Имущество больницы связано с фондом Брюкенхофа и совместно управляется мастером моста.
1354	22 июля: Монастырь Святого Михаила и городской совет делят пожертвования на строительство часовни Святого Николая в больнице Святого Николая. В соответствующем договоре впервые упоминается Заалтор и три ярмарки, проводимые в Йене.
1355	12 апреля: Городской совет состоит из десяти советников и двух магистров совета (бургомистров). Такой состав совета остается нормой до начала XIX века.
1358	Виндбергский удел Кирхберг (с Венигениеной/Камсдорфом, Цигенхайном, Йенаприсницем, Вогау), а также Лобдебургский замок и город Лобеда переходят к Веттинам.
1364	1 марта: Ремесленники, объединенные в гильдии, впервые участвуют в договоре между монастырем Святого Михаила и городским советом, который предусматривает участие городского совета в замещении должности школьного директора.
1365	8 февраля: ландграфы передают в ведение городского совета обычаи и городской суд, за исключением суда над шеей и рукой. Городской совет получает право голоса при назначении судей, что ранее было исключительной обязанностью суверена. Впоследствии судья всегда назначается из числа членов городского совета.
1367	1 января: ежегодная рента, выплачиваемая суверену в качестве муниципального налога, с 1332 года увеличена со 100 до 120 марок.
1368	12 июня: Впервые упоминается ратуша - предшественница построенной через некоторое время готической ратуши.
1377	10 марта: Впервые упоминаются мясные лавки (Fleischbänke) на первом этаже ратуши.
1378	11 июня: Монастырь Святого Михаила дает разрешение на возведение алтаря с вечной мессой в ратуше.
1379	24 апреля: евреи документально зафиксированы как жители Йены.
около 1380 г.	Начинается строительство новой готической городской церкви Йены - в ее нынешнем виде. Доминиканцы составляют реестр умерших, в который заносят людей, связанных с монастырем, с указанием даты их смерти (а иногда и с дополнительной информацией). Он хранится вплоть до упразднения монастыря в 1525 году.
1380	30 января: Впервые упоминается функция городского клерка.
1383	Впервые в источниках упоминается "округ Бургов", который стал отправной точкой для создания канцелярии в Бургау и, таким образом, для создания официальной администрации в окрестностях Йены.
Между 1385 и 1390 гг.	была создана так называемая "Йенская Пьета" - весперская картина в прекрасном стиле из Праги (сейчас находится в городском музее).
1391	30 ноября: документально подтверждено наличие пекарни возле городской церкви Святого Михаила.
1393	У монахинь монастыря Святого Михаила появилась своя пивоварня. В одном из документов упоминается сплав по реке Заале близ Йены.
1395	17 мая: мастера-ремесленники получают право контролировать счета муниципальных чиновников.
1399	Март-май: документально зафиксирована надрегиональная торговля йенским вином. Виноделие и торговля вином, а также связанные с ними ремесла и услуги составляют основной источник дохода населения Йены.