16 век

15 июня: Томас Мюнцер пишет йенскому городскому судье и советнику Михаэлю Ганссау, что свидетельствует о влиянии Мюнцера на раннее движение Реформации в Йене .

24/25 декабря: Мартин Райнхарт, проповедник городской церкви, на Рождество подает причастие в обеих формах трем горожанам, что можно рассматривать как первый признак начала Реформации.

4/5 марта: Мартин Лютер останавливается на ночлег на постоялом дворе "Шварцер Бер" под именем юнкера Йорга во время своего путешествия из замка Вартбург в Виттенберг.

Август: Райнхарт и его последователи вторгаются в доминиканский монастырь. Далее следуют насильственные действия против монастырей Йены.

20 августа: Совет конфискует имущество монахов-кармелитов и передает его в ратушу.

22 августа: Лютер читает проповедь против Карлштадта и его последователей в соборе Святого Михаила , а затем спорит с Карлштадтом в "Шварцер Бер".

Сентябрь-октябрь: Карлштадт и Райнхарт изгнаны из страны. Вновь назначенный проповедником в Йене Антон Муса продолжает Реформацию в духе Лютера.

30 апреля: Восставшие крестьяне и горожане грабят поместья близ Дракендорфа и Лобеды.

3 мая: монастырь кармелитов в Йене, а через несколько дней и доминиканский монастырь, подвергаются штурму, грабежу и частичному разрушению. Оба монастыря остаются закрытыми и после окончания восстания. Цистерцианский монастырь, который пощадили повстанцы, служит убежищем для немногих оставшихся монахинь до смерти последней из них в 1564 году, но принимать новых монахинь ему больше не разрешается.

22 июня: во время карательной кампании курфюрста Иоганна против восставших крестьян двадцать повстанцев из Йены и окрестностей, как говорят, были казнены мечом на Йенском рынке.

Декабрь: Городской совет и монастырь Святого Михаила заключают соглашение, согласно которому назначение пасторов и внешняя организация пастырской помощи переходят в ведение города.

Посещение церкви по приказу государя окончательно закрепляет Реформацию в деревнях вокруг Йены.

17 августа: Антон Муса официально назначается приходским священником Йены и занимает эту должность до 1536 года. Одновременно он назначается суперинтендантом Йены, Бюргеля и Айзенберга.

Начинается строительство "Фюрстенкеллера". Огромный сводчатый подвал первоначально использовался для хранения вина, которое полагалось государям в качестве налога.

24 мая: в Ландфесте происходит первый публичный отстрел птиц.

26 января: в крепости казнены три анабаптиста из района Орламюнде.

Май: В деревне Лёбштедт разбивают бочки с незаконно сваренным пивом, чтобы закрепить за городом привилегии в варке и подаче пива ("пивные войны").

19 мая: В результате поражения в Шмалькальдской войне Иоганн Фридрих теряетсвое избирательное достоинство и около двух третей своей территории, включая университетский город Виттенберг, в результате "Виттенбергской капитуляции".

24 июня: по пути в императорский плен Иоанн Фридрих встречается со своим старшим сыном под Йеной, чтобы обсудить дальнейшие шаги по обеспечению эрнестинского правления. В частности, речь идет об основании нового университета в потерянном городе Виттенберге.

10 июля: Филипп Меланхтон по заказу эрнестинских правителей пишет экспертное заключение об основании нового государственного университета. Он отдает предпочтение Йене.

19 марта: В Йене в комплексе зданий бывшего доминиканского монастыря открывается "академическая гимназия" как предварительная ступень нового университета. Первым ректором становится ритор и поэт Иоганн Штигель. Вместе с ним в новом учебном заведении преподает теолог и философ Викторин Штригель, как и Штигель , ученик Меланхтона.

19 июня: издан первый устав Академической гимназии в Йене.

22 июля: заложен первый камень в основание городской бойни Йенской гильдии мясников на Лёбдерграбене.

16 августа: суверен выдает привилегию на управление городской аптекой.

Осень: назначение Базилиуса Моннера (право) и Иоганна Шрётера (медицина) закладывает фундамент для юридического и медицинского факультетов в йенской гимназии.

Печатник Йенского издания Лютера, Кристиан Рёдингер, публикует"Magnifikat octo tonorum " Иоганна Вальтера, первую печатную музыку в Йене. Город остается одним из главных центров музыкального книгопечатания в немецкоязычном мире до конца XVII века.

27 апреля: Назначение Маттиаса Флация Иллирикуса, известного своими грубыми нападками на оппонентов , профессором теологии в йенской высшей школе закрепляет ее репутацию как места "строгого (чистого) лютеранства".

15 (31) августа: император Фердинанд I подписывает привилегии для Йенского университета.

2 февраля: Йенский университет открывается торжественным актом в присутствии герцогов Эрнестинских. Первым ректором становится врач Иоганн Шрётер.

В своем доме на Лёбдергассе ("Шрётер")Шрётер открывает вторую аптеку.

Университет приобретает усадьбу Розенхайнов на Иоганнисгассе. Комплекс Розен между Иоганнисгассе и Фюрстенграбен становится вторым университетским объектом рядом с бывшим доминиканским монастырем, который переименовывается в "Коллегиум Йененсе".

Филипп фон Херден, один из самых богатых горожан Йены, по документам является владельцем трактира "Цур Сонне" на рыночной площади.

10 декабря: Импичмент Маттиаса Флация и его последователей и их последующее изгнание из страны ознаменовали конец ожесточенных теологических споров в университете. Они достигли своего апогея в 1559/60 году после временного заключения в тюрьму Викторина Штригеля, главного оппонента Флациуса.

Часовня госпиталя Святого Николая превращается в студенческую больницу (снесена в 1784 году).

14 апреля: Город и университет достигают соглашения по поводу этажности. Только дома профессоров, которые они сами занимают, освобождаются от налогов. В целом, большинство привилегий академических граждан остаются нетронутыми.

Бронзовое надгробие Мартина Лютера, отлитое , вероятно, в 1548/49 году по проекту Лукаса Кранаха Старшего, установлено в церкви Святого Михаила.

Опубликованпервый вид города Йены - гравюра на меди, выполненная Иоганном Меллингером (ректором латинской школы в Йене с 1569 года).

Церковь доминиканского монастыря, разрушенная в 1525 году, восстанавливается как коллегиальная (университетская) церковь.

Скульптор и мастер-строитель Николаус Тайнер (Старший)из Лобеды проектирует ренессансную гробницу для Андреаса и Катарины Шрот на кладбище Святого Иоанна.