До 1200

конец VII - начало VIII века	Находки человеческих костей доказывают, что территория вокруг современной церкви Святого Михаила использовалась в качестве места захоронения.
Между 780 и 802 гг.	Иссерштедт упоминается в списке пожертвований монастырю Фульда как первое поселение, относящееся к современному городу.
между 896 и 899 гг.	Название местности "Иани" упоминается в десятинном реестре монастыря Херсфельд. Это название, которое может происходить от индоевропейских/германских корней (примерно: "местность у переправы через реку"), скорее всего, относится к современной Йене, которая лежит на броде через Заале и к которой ведут транспортные пути из Эрфурта.
937	20 декабря: Упоминается королевский замок "Чирихберг" ("Кирхберг") на местном холме к востоку от Йены. Одноименная церковь - самое раннее упоминание о культовом сооружении в районе Йены.
974	20 июня: император Оттон II останавливается в Кирхберге, что указывает на существование королевского или императорского дворца.
до 1100 года	Первый предшественник собора Святого Михаила построен как небольшая романская зальная церковь.
около 1100 г.	Начинается строительство второго замка на Хаусберге (Кирхберг II), принадлежащего мейсенским маркграфам Веттинам. Сохранившийся остаток замка, известный как "Фукстурм", является одним из "семи чудес" Йены.
1145	15 августа: упоминание некоего Фольмаруса де Гене ("Вольмар фон Йена") в качестве свидетеля в документе архиепископа Майнца - это второе упоминание Йены.
1149	30 ноября: Знатная семья бургграфов Кирхберга впервые упоминается как управляющий императорской собственностью в Кирхберге.
около 1150 г.	Начинается строительство самых старых частей романской церкви Святого Иоанна (в более позднем пригороде Лейтра).
1156	Впервые упоминается дворянский род Грайф(эн)бергеров, угасший в 1257 году. Центром их владений является замок на западной оконечности Хаусберга. Впервые упоминается деревня Лобеда (неопределенно).
1158	1 января: Йенциг ("montem genzege") и Глейсберг ("montem Glizberch") появляютсяв документе Фридриха Барбароссы.
1166	Документальное упоминание братьев Хартмана и Отто фон Лобдебурга (Лофдебурха) указывает на существование замка Лобдебург как новой родовой резиденции знатного рода ("Лобдебурхов"), пришедшего в средний Заале из Франконии. (Возможно также более раннее упоминание около 1150 года). Эта династия оказала решающее влияние на историю Йены в последующие 150 лет.
Между 1175 и 1200 гг.	До наших дней дошли пять прицветников, отчеканенных в Йене лобдебургскими лордами, что позволяет идентифицировать Лобдебургов как лордов Йены.
1182	16 сентября: Цвацен (первое географическое название) упоминается как место, расположенное между Дорнбургом и Йеной. Использование Йены в качестве точки отсчета указывает на ее выдающееся положение по сравнению с другими поселениями. Документ содержит первое достоверное свидетельство о выращивании вина в окрестностях Йены.
1185	Мейсенский маркграф Отто дарует монастырю Альтцелле десятину с виноградника на реке Йензиг.
Около 1200 г.	Территория поселения Йена (заново) застраивается в соответствии с планом фундамента. Создается регулярная система продольных и поперечных улиц, которая и сегодня частично прослеживается в центре города. Лобдебургские лорды были движущей и организующей силой. С середины XIII века зарождающийся город делится между различными подлиниями Лобдебургов, и в конце концов (1290) образуются четыре городских района.