16 століття

15 червня: Томас Мюнцер пише листа єнському міському судді та раднику Міхаелю Гансау, що свідчить про вплив Мюнцера на ранній реформаційний рух у Єні .

24/25 грудня: Мартін Райнгарт, проповідник міської церкви, служить причастя в обох формах трьом городянам на Різдво, що можна вважати першою ознакою початку Реформації.

4/5 березня: Мартін Лютер проводить ніч у заїжджому дворі "Шварцер Бер" як юнкер Йорг на шляху з замку Вартбург до Віттенберга.

Серпень: Райнгарт та його послідовники захоплюють домініканський монастир. Подальші насильницькі дії проти єнських монастирів.

20 серпня: рада конфіскує майно монахів-кармелітів і передає його ратуші.

22 серпня: Лютер проповідує в церкві Святого Михайла проти Карлштадта та його послідовників, а потім сперечається з Карлштадтом у "Чорному ведмеді".

Вересень/жовтень: Карлштадт і Райнгарт вислані з країни. Як новопризначений проповідник у Єні, Антон Муса продовжує Реформацію в дусі Лютера.

30 квітня: повсталі селяни та міщани грабують маєтки поблизу Дракендорфа та Лобеди.

3 травня: штурмують, грабують і частково руйнують монастир кармелітів у Єні, а через кілька днів - монастир домініканців. Обидва монастирі залишаються зачиненими після закінчення повстання. Цистерціанський монастир, який пощадили повстанці, слугує притулком для кількох монахинь, що залишилися, аж до смерті останньої з них у 1564 році, але більше не може приймати нових монахинь.

22 червня: Під час каральної кампанії курфюрста Йоганна проти повсталих селян на єнському ринку було страчено мечем двадцять повстанців з Єни та околиць.

Грудень: Міська рада та монастир св. Михаїла укладають угоду, згідно з якою призначення пасторів та зовнішня організація душпастирської опіки стають справою міста.

Відвідування церкви за наказом суверена остаточно закріплюють Реформацію в селах навколо Єни.

17 серпня: Антон Муса офіційно призначений парафіяльним священиком Єни, на цій посаді він перебуває до 1536 року. Водночас його призначають суперінтендантом для Єни, Бюргеля та Айзенберга.

Починається будівництво "Фюрстенкеллера". Величезний склепінчастий підвал спочатку використовується для зберігання вина, на яке государі мають право як на податок.

24 травня: на Ландфесті відбувається перший публічний відстріл птахів.

26 січня: у фортеці страчено трьох анабаптистів з району Орламунде.

Травень: у селі Льобштедт розбито бочки з нелегально звареним пивом, щоб захистити привілеї міста у варінні та подачі пива ("пивні війни").

19 травня: внаслідок поразки у Шмалькальдській війні Йоганн Фрідріх втрачаєвиборчу гідність і близько двох третин своєї території, включно з університетським містом Віттенберґом, у результаті "Віттенберзької капітуляції".

24 червня: Дорогою до імперського полону Йоганн Фрідріх зустрічається зі своїм старшим сином поблизу Єни, щоб обговорити наступні кроки для забезпечення ернестинського правління. Це включає заснування нового університету для втраченого міста Віттенберг.

10 липня: Філіп Меланхтон отримує замовлення від правителів Ернестіни написати експертний висновок щодо заснування нового державного університету. Він віддає перевагу Єні як місцю розташування.

19 березня: У Єні в комплексі будівель колишнього домініканського монастиря відкрито "академічну гімназію" як попередню стадію нового університету. Першим ректором стає ритор і поет Йоганн Штіґель. Разом з ним у новому навчальному закладі викладає теолог і філософ Вікторін Штіґель, який, як і Штіґель , був учнем Меланхтона.

19 червня: видано перший статут Академічної гімназії в Єні.

22 липня: закладено перший камінь у фундамент міської бійні гільдії єнських м'ясників на вулиці Лобдерґрабен.

16 серпня: Суверенний привілей на управління міською аптекою.

Осінь: призначення Базиліуса Моннера (право) та Йоганна Шретера (медицина) закладає перший камінь у фундамент юридичного та медичного факультетів Єнської вищої школи.

Друкар єнської друкарні Лютера Крістіан Рьодінґер публікує"Magnifikat octo tonorum " Йоганна Вальтера, перший друкований нотний твір у Єні. Місто залишається одним з головних центрів нотного друку в німецькомовному світі до кінця 17 століття.

27 квітня: Призначення Матіаса Флація Іллірика, відомого своїми грубими нападками на опонентів , професором богослов'я в Єнській вищій школі закріплює репутацію міста як місця "суворого (чистого) лютеранства".

15 (31) серпня: імператор Фердинанд І підписує привілеї для Єнського університету.

2 лютого: Єнський університет відкрито урочистою церемонією в присутності ернестинських герцогів. Першим ректором стає лікар Йоганн Шретер.

Шретер відкриває другу аптеку у своєму будинку на вулиці Лобдергассе ("Шротерсбург").

Університет купує "Маєток Розенгайн" на вулиці Йоганнісгассе. "Комплекс Розен" між вулицями Йоганнісгассе та Фюрстенграбен стає другим університетським комплексом поряд із колишнім домініканським монастирем, який переосвячується як "Collegium Jenense".

Філіп фон Герден, один з найбагатших громадян Єни, задокументований як власник корчми "Zur Sonne" на ринковій площі.

10 грудня: Імпічмент Матіаса Флація та його послідовників і їхнє подальше вигнання з країни знаменує кінець запеклих богословських суперечок в університеті. Вони досягли свого апогею в 1559/60 роках, коли тимчасово ув'язнили Вікторина Штрігеля, головного опонента Флація.

Каплицю шпиталю Святого Миколая перетворено на студентський шпиталь (знесений у 1784 році).

14 квітня: Місто та університет досягають поверхової домовленості. Лише будинки професорів, які вони самі займають, звільняються від податків. Загалом, більшість привілеїв академічних міщан залишаються недоторканими.

Бронзовий надгробок Мартіна Лютера, ймовірно, відлитий у 1548/49 році за проектом Лукаса Кранаха Старшого, встановлений у церкві Святого Михайла.

Опублікованоперший вид міста Єни, гравюру на міді Йоганна Меллінгера (ректора латинської школи в Єні з 1569 року).

Костел домініканського монастиря, зруйнований у 1525 році, відновлюють як колегіальний (університетський).

Скульптор і майстер-будівельник Ніколаус Тайнер (Старший) з Лобеди проектує ренесансну гробницю для Андреаса і Катаріни Шрот на цвинтарі Святого Іоанна.