Prima del 1200

fine del VII/inizio dell'VIII secolo	I ritrovamenti di ossa umane dimostrano che l'area intorno all'attuale chiesa di San Michele era utilizzata come luogo di sepoltura.
Tra il 780 e l'802	Isserstedt è menzionata in un elenco di donazioni al monastero di Fulda come il primo insediamento appartenente all'attuale città.
tra l'896 e l'899	Il toponimo "Iani" è citato in un registro delle decime del monastero di Hersfeld. Il toponimo, che può derivare da radici indoeuropee/germaniche (all'incirca: "zona al passaggio del fiume"), si riferisce molto probabilmente all'attuale Jena, che si trova su un guado della Saale ed è toccata dalle vie di comunicazione provenienti dalla zona di Erfurt.
937	20 dicembre: viene menzionato il castello reale "Chirihberg" ("Kirchberg") sulla collina locale a est di Jena. La chiesa omonima è la prima menzione di un luogo di culto nell'area di Jena.
974	20 giugno: l'imperatore Ottone II soggiorna a Kirchberg, il che fa pensare all'esistenza di un palazzo reale o imperiale.
prima del 1100	Il primo predecessore di San Michele viene costruito come piccola chiesa romanica a sala.
intorno al 1100	Inizia la costruzione di un secondo castello sull'Hausberg (Kirchberg II), di proprietà dei margravi Wettin di Meissen. Il mastio, un residuo strutturale conservato noto come "Fuchsturm", è una delle "sette meraviglie" di Jena.
1145	15 agosto: il nome di un Folmarus de Gene ("Volmar von Jena") come testimone in un documento dell'arcivescovo di Magonza rappresenta una seconda menzione di Jena.
1149	30 novembre: la nobile famiglia dei Burgravi di Kirchberg viene menzionata per la prima volta come amministratrice dei beni imperiali a Kirchberg.
1150 circa	Inizia la costruzione delle parti più antiche della chiesa romanica di San Giovanni (nel successivo sobborgo di Leutra).
1156	Viene menzionata per la prima volta la famiglia nobile dei Greif(en)berger, estintasi nel 1257. Un castello sull'Hausberg, all'estremità occidentale, costituisce il centro del loro dominio. Il villaggio di Lobeda viene menzionato per la prima volta (incerto).
1158	1 gennaio: Jenzig ("montem genzege") e Gleissberg ("montem Glizberch") compaionoin un documento di Federico Barbarossa.
1166	La menzione documentaria dei fratelli Hartmann e Otto von Lobdeburg (Lofdeburch) indica l'esistenza del castello di Lobdeburg come nuova sede avita della famiglia nobile (i "Lobdeburger") giunta nella Saale media dalla Franconia. (È possibile anche una menzione precedente, intorno al 1150). La dinastia ebbe un'influenza decisiva sulla storia di Jena nei 150 anni successivi.
Tra il 1175 e il 1200	Si sono conservate cinque bracteate coniate a Jena dai signori di Lobdeburgo, che identificano così i Lobdeburgo come signori di Jena.
1182	16 settembre: Zwätzen (primo toponimo) è menzionato come località situata tra Dornburg e Jena. L'uso di Jena come punto di riferimento indica una posizione di rilievo rispetto ad altri insediamenti. Il documento contiene la prima prova certa della coltivazione del vino nei pressi di Jena.
1185	Il margravio Otto di Meissen concede al monastero di Altzelle, tra le altre cose, la decima di un vigneto sullo Jenzig.
Intorno al 1200	L'area di insediamento di Jena viene (ri)costruita secondo un piano di fondazione. Viene creato un sistema regolare di vicoli longitudinali e trasversali, che ancora oggi è parzialmente rintracciabile nel centro della città. I signori di Lobdeburgo erano la forza trainante e organizzatrice. A partire dalla metà del XIII secolo, la città emergente viene suddivisa tra le varie sottorazze dei Lobdeburgo, infine (1290) secondo i quattro distretti cittadini.