XIII secolo
| dopo il 1200 | Viene costruito il secondo predecessore romanico di San Michele, il cui completamento può essere datato al secondo quarto del XIII secolo. |
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| 1216 | Vengono menzionati i membri di una famiglia nobile che prende il nome dal villaggio di Wöllnitz. |
| 1218 | Il villaggio di Löbstedt viene citato per la prima volta in un documento. |
| 1223 | 29 settembre: viene menzionato per la prima volta il villaggio di Lichtenhain. |
| Tra il 1225 e il 1240 | Un documento non datato, tramandato in una copia successiva, parla di "cives" (cittadini) di Jena, il che dimostra che il villaggio era stato elevato al rango di città. |
| 1227 | Kunitz viene menzionato per la prima volta. |
| 1228 | 28 novembre: la chiesa di San Pietro a Lobeda viene nominata parrocchia con un proprio distretto parrocchiale. Le cappelle di Ammerbach (prima menzione della città), Jägersdorf, Schlöben e (Schön-)Gleina e Kirchberg le vengono assegnate come filiali. |
| 1235 | Zwätzen viene indicata come sede del comandante distrettuale dell'Ordine Teutonico del Baliato di Turingia e Sassonia. |
| 1237 circa | La scultura lignea di San Michele, patrono della chiesa e della città di Jena, viene realizzata da un intagliatore della bottega della cattedrale di Bamberg. |
| 1252 | 20 marzo: la menzione di un vicario (assistente ecclesiastico) che lavora a Jena testimonia l'esistenza di una parrocchia jenese. |
| 1254 | 15 luglio: viene documentato un maestro di scuola comunale. La scuola si trova nel seminterrato della torre occidentale della chiesa cittadina. Negli anni successivi cambia più volte sede. |
| 1255 | 13 maggio: il villaggio di Münchenroda viene menzionato per la prima volta in un documento. |
| 1257 |
1 giugno: Wenigenjena ("parvo geine") viene menzionata per la prima volta in un documento. 31 ottobre: viene registrata la prima menzione certa di Burgau (sulla Saale). |
| 1259 |
14 luglio: il villaggio di Maua appare per la prima volta in un documento. 24 luglio: Ziegenhain viene menzionato per la prima volta in un documento. 24 luglio: gli artigiani di JenaAlbus e Martinus Pistor (panettieri) vengono citati per la prima volta. |
| prima del 1274 | La carica di maestro di zecca viene trasferita dai signori di Lobdeburgo a un rappresentante della cittadinanza di Jena. |
| 1275 | 24 settembre: prima indicazione dell'esistenza di un consiglio cittadino composto da otto "consules Genenses". |
| 1278 | Un atto giuridico documentato suggerisce che il diritto franco prevale nel dominio dei Lodeburgo. |
| 1279 | Il castello "Wind(t)berg" è citato nei documenti come sede dei burgravi di Kirchberg. Con questo castello, probabilmente costruito poco dopo il 1200, i due castelli di Kirchberg e il castello di Greifberg, l'Hausberg aveva quattro castelli nel XIII secolo. |
| 1280 | 29 settembre: il villaggio di Drackendorf viene citato per la prima volta in un documento. |
| 1282 | 31 dicembre: viene citato per laprima volta un sacerdote di Jena (Ridgerus = Rüdiger). |
| 1284 | 25 luglio: Lobeda compare per la prima volta nei documenti come città ("civitas"). |
| 1286 | Viene fondato il monastero domenicano, situato all'angolo nord-ovest della città. |
| 1288 | La più antica copia del sigillo della città è allegata a un documento di quest'anno. |
| 1298 | Viene menzionata la cartiera all'ingresso della valle Mühltal (come "Nasenmühle"). |
| Tra il 1290 e il 1300 | I Wettin acquistano un quartiere di Jena per matrimonio dalla linea Lobdeburg di Arnshaugk. |