XVI secolo

1504	19 dicembre: Konrad Stein di Jena, canonico di Erfurt, dona la cappella di Maria Maddalena di fronte al mulino a botte vicino all'ospedale per ospitare i pellegrini.
1506	Con il completamento delle volte della navata centrale, i lavori di costruzione della chiesa cittadina di San Michele sono sostanzialmente terminati, ad eccezione della costruzione della torre.
1509	30 luglio: viene menzionata la locanda "vor dem Lobderthore", predecessore del "Roter Hirsch" ("Zum Roten Hirsch").
1511	L'ordine del monastero di San Michele elenca un totale di 16 altari nella chiesa di San Michele.
1518	Un monaco straniero ripara l'organo della chiesa cittadina.
1521	15 giugno: Thomas Müntzer scrive al giudice e consigliere comunale di Jena Michael Ganßau, il che indica che Müntzer ha influenzato il movimento della prima Riforma a Jena . 24/25 dicembre: Martin Reinhart, predicatore della chiesa cittadina, serve la comunione in entrambe le forme a tre cittadini a Natale, il che può essere visto come il primo segnale dell'avvio della Riforma.
1522	4/5 marzo: Martin Lutero pernotta nella locanda "Schwarzer Bär" come Junker Jörg durante il suo viaggio dal castello di Wartburg a Wittenberg. Agosto: Reinhart e i suoi seguaci invadono il monastero domenicano. Seguono altre azioni violente contro i monasteri di Jena.
1523	La Riforma a Jena è caratterizzata dal movimento radicale rappresentato da Andreas Karlstadt, che lavora come pastore a Orlamünde , e soprattutto dal suo allievo Reinhart. Michael Buchführer, che lavora a Jena nel 1523/24 , stampa scritti di Karlstadt e dei suoi seguaci, aggirando la censura .
1524	20 agosto: il consiglio confisca i beni dei monaci carmelitani e li fa trasferire al municipio. 22 agosto: Lutero predica a San Michele contro Karlstadt e i suoi seguaci e poi discute con Karlstadt nell'"Orso nero". Settembre/ottobre: Karlstadt e Reinhart vengono espulsi dal Paese. Anton Musa, appena nominato predicatore a Jena, continua la Riforma nello spirito di Lutero.
1525	30 aprile: contadini e cittadini insorti saccheggiano i manieri vicino a Drackendorf e Lobeda. 3 maggio: il monastero carmelitano di Jena viene assaltato, derubato e parzialmente distrutto, seguito pochi giorni dopo da quello dei domenicani. Entrambi i monasteri rimangono chiusi dopo la fine della rivolta. Il convento cistercense, risparmiato dagli insorti, funge da rifugio per le poche monache rimaste fino alla morte dell'ultima nel 1564, ma non può più accogliere nuove monache. 22 giugno: durante la campagna punitiva dell'Elettore Johann contro i contadini ribelli, venti ribelli di Jena e dintorni sarebbero stati giustiziati a colpi di spada sul mercato di Jena. Dicembre: il consiglio comunale e il monastero di San Michele stipulano un accordo in base al quale la nomina dei parroci e l'organizzazione esterna della cura pastorale diventano di competenza della città.
1526	Inizia la costituzione di un "fondo comune" per pagare il clero e finanziare in generale il nuovo sistema ecclesiastico e scolastico e la cura dei poveri. Successivamente, vi vengono destinate parti delle precedenti rendite del monastero o dei beni del monastero venduti.
1527	Le visite alla chiesa ordinate dal sovrano impongono definitivamente la Riforma nei villaggi intorno a Jena. 17 agosto: Anton Musa viene ufficialmente nominato parroco di Jena, carica che manterrà fino al 1536. Allo stesso tempo, viene nominato sovrintendente per Jena, Bürgel e Eisenberg.
dal 1529	Il sistema scolastico viene riorganizzato e l'edificio scolastico viene allestito nell'ex casa delle monache dietro la chiesa cittadina. Viene documentata per la prima volta una scuola femminile in cui si insegnano nozioni elementari di scrittura, religione e "artigianato femminile".
1534	Inizia la costruzione del "Fürstenkeller". L'enorme cantina a volta viene inizialmente utilizzata per conservare il vino a cui i sovrani hanno diritto come tassa. 24 maggio: alla Landfeste ha luogo il primo tiro pubblico agli uccelli.
1535	25 luglio: a causa della peste che imperversa a Wittenberg, l'Università di Wittenberg si trasferisce a Jena per tre quarti d'anno e prende dimora nell'ex monastero domenicano vuoto.
1536	26 gennaio: tre anabattisti della zona di Orlamünde vengono giustiziati nella fortezza. Maggio: nel villaggio di Löbstedt vengono distrutte botti di birra prodotta illegalmente per garantire i privilegi della città nella produzione e nella somministrazione della birra ("guerra della birra").
1540	L'elettore Johann Friedrich emette un nuovo statuto cittadino che, oltre alle disposizioni generali sul governo della città, contiene numerose ordinanze di natura civile, poliziesca e penale.
1542	Secondo il registro fiscale turco, Jena conta circa 4.300 abitanti.
1546	17 dicembre: nella Guerra di Schmalkald, Jena rende omaggio al ducaAlbertino Moritz, uno degli oppositori dell'Elettore Johann Friedrich,per paura di un attacco .
1547	19 maggio: in seguito alla sconfitta nella guerra di Schmalkald, Johann Friedrich perde ladignità elettorale e circa due terzi del suo territorio, compresa la città universitaria di Wittenberg, con la "Capitolazione di Wittenberg". 24 giugno: sulla via della prigionia imperiale, Giovanni Federico incontra il figlio maggiore nei pressi di Jena per discutere i prossimi passi da compiere per assicurarsi il dominio Ernestino. Tra queste, la fondazione di una nuova università per la città perduta di Wittenberg. 10 luglio: Philipp Melantone viene incaricato dai sovrani Ernestini di redigere una perizia sulla fondazione di una nuova università statale. Egli propende per Jena come sede.
intorno al 1548	Viene completato il Burgkeller, un edificio rappresentativo in stile rinascimentale all'estremità orientale di Johannisstraße, proprio accanto alla chiesa cittadina di San Michele. Talvolta chiamata "Ratskeller", la locanda diventa il ritrovo preferito delle confraternite dopo il 1815 e viene distrutta nel 1945.
1548	19 marzo: a Jena, nel complesso edilizio dell'ex convento domenicano, viene aperto un "ginnasio accademico" come fase preliminare di una nuova università. Il primo rettore è il retore e poeta Johann Stigel. Accanto a lui insegna il teologo e filosofo Victorin Strigel, allievo di Melantone come Stigel . 19 giugno: vengono emanati i primi statuti dell'Akademisches Gymnasium di Jena.
1549	Settembre: dopo un deposito temporaneo a Weimar, la maggior parte della biblioteca privata degli Ernestini viene trasferita a Jenasotto la direzione del bibliotecario Anton Heuglin e costituisce la prima pietra della biblioteca universitaria come "Bibliotheca electoralis". Uno dei suoi titoli più preziosi è la "Jenaer Liederhandschrift", una raccolta di inni medio-alto tedeschi scritti nel primo terzo del XIV secolo nella Germania settentrionale o centrale.
1552	24 settembre: l'ex Elettore Johann Friedrich, liberato dalla prigionia imperiale , rende omaggio a Jena. La storiografia Ernestina sposta presto il luogo dell'incontro di Johann Friedrich con i rappresentanti della cittadinanza di Jena alle sorgenti del Pennickenbach ("Fürstenbrunnen"), creando così un monumento alla storia della dinastia e della Riforma per i secoli a venire.
1553	30 novembre: dopo che gli Ernestini decidono di far stampare a Jena le opere del riformatore sotto la direzione del confidente di Lutero Georg Rörer, in concorrenza con l'edizione di Wittenberg, nell'ex convento dei Carmelitani viene allestita una tipografia e Christian Rödinger ottiene il privilegio di stampare.
1554	22 luglio: viene posata la prima pietra di un macello comunale della corporazione dei macellai di Jena sul Löbdergraben. 16 agosto: il sovrano concede il privilegio di gestire la farmacia cittadina. Autunno: la nomina di Basilius Monner (diritto) e Johann Schröter (medicina) pone la prima pietra di una facoltà di diritto e di medicina presso il liceo di Jena.
1555	Viene pubblicato il primo volume dell'edizione luterana di Jena; entro il 1558 sono disponibili otto volumi in tedesco e quattro in latino.
1556	27 agosto: la costruzione della torre della chiesa di San Michele è in gran parte completata con l'aggiunta della guglia.
1557	Lo stampatore dell'edizione di Jena di Lutero, Christian Rödinger, pubblicail"Magnifikat octo tonorum " di Johann Walter, la prima musica stampata a Jena. La città rimane uno dei principali centri di stampa musicale del mondo di lingua tedesca fino alla fine del XVII secolo. 27 aprile: la nomina di Matthias Flacius Illyricus, noto per i suoi rudi attacchi agli avversari , a professore di teologia presso il liceo di Jena ne consolida la reputazione di luogo di "rigoroso (puro) luteranesimo". 15 (31) agosto: l 'imperatore Ferdinando I firma i privilegi per l'Università di Jena.
1558	2 febbraio: l'Università di Jena viene inaugurata con un atto cerimoniale alla presenza dei duchi Ernestini. Il primo rettore è il medico Johann Schröter. Schröter apre una seconda farmacia nella sua casa di Löbdergasse ("Schroetersburg").
1561	L'università acquisisce la "Tenuta Rosenhain" nella Johannisgasse. Il "complesso Rosen" tra Johannisgasse e Fürstengraben viene creato come seconda sede universitaria accanto all'ex monastero domenicano, che viene ridedicato a "Collegium Jenense". Philipp von Herden, uno dei cittadini più ricchi di Jena, è documentato come proprietario della locanda "Zur Sonne" sulla piazza del mercato. 10 dicembre: l'impeachment di Mattia Flacio e dei suoi seguaci e la loro successiva espulsione dal Paese segnano la fine delle aspre dispute teologiche all'interno dell'università. Queste avevano raggiunto il loro culmine nel 1559/60 con l'imprigionamento temporaneo di Victorin Strigel, il principale oppositore diFlacius.
1564	La cappella dell'Ospedale di San Nicola viene trasformata in un ospedale per studenti (demolito nel 1784). 14 aprile: la città e l'università raggiungono un accordo sui piani. Solo le case dei professori che essi stessi occupano sono esenti da tasse. Nel complesso, la maggior parte dei privilegi dei cittadini accademici rimane inalterata.
1565	Viene fondata una comunità musicale di cittadini e studenti, la "Societas musicalis", nota dal 1595 come "Collegium musicum".
1566	1 settembre: la Corte di Giustizia, il tribunale supremo degli Ernestini, si trasferisce nella nuova sede di Jena e si riunisce qui per la prima volta. Lo "Jenaer Schöppenstuhl" esiste anche come comitato di esperti legali, composto da membri della Facoltà di Giurisprudenza dell'università. Il privilegio di fornire un giudizio esperto per la Facoltà di Giurisprudenza è stato concesso all'università nell'atto di fondazione imperiale del 1558.
1569	7 marzo: il Concistoro Ernestino, in qualità di autorità spirituale dello Stato, viene trasferito a Jena e vi rimarrà fino al 1612.
1570	21 maggio: viene concesso un privilegio sovrano alla birreria universitaria "Zur Rosen" per la mescita esente da imposte di vino e birra ("Rosenprivileg") ai membri dell'università.
1571	La lapide in bronzo di Martin Lutero, probabilmente fusa nel 1548/49 su disegno di Lukas Cranach il Vecchio, viene collocata nella chiesa di San Michele. Viene pubblicatala prima veduta della città di Jena, un'incisione su rame di Johann Mellinger (rettore della scuola latina di Jena dal 1569).
1586	Nel Collegium Jenense viene istituito un orto botanico per l'istruzione degli studenti di medicina (il secondo orto botanico scientifico più antico della Germania).
1587	Autunno: con la nomina di Wolfgang Heider a professore di Dialettica ed Etica (poi Morale e Politica), la filosofia diventa una disciplina accademica indipendente all'Università di Jena.
1590	27 agosto: è sopravvissuto un regolamento della corporazione dei panettieri, che sostituisce le disposizioni dell'inizio del XV e XVI secolo che non si sono conservate. Il regolamento elenca 23 panetterie a Jena.
1594	La chiesa del monastero domenicano, devastata nel 1525, viene restaurata come chiesa collegiale (chiesa universitaria). Lo scultore e capomastro Nikolaus Theiner (il Vecchio)di Lobeda progetta la tomba rinascimentale di Andreas e Katharina Schrot nel cimitero di San Giovanni.
1596	Viene costruita la "Haus im Sack" come residenza per conciatori e artigiani nella Oberlauengasse.