XVII secolo

1606	Nella Unterlauengasse, viene costruita la "Platanenhaus" come abitazione e casa artigiana di un conciatore.
1610	23 dicembre: per la prima volta l'università emette un mandato contro il cosiddetto pennalismo. La subordinazione degli studenti del primo anno alle coorti di studenti più anziani, attuata con procedure umilianti, e la lotta delle autorità universitarie e statali contro questo fenomeno sono una caratteristica fondamentale della storia universitaria del XVII secolo.
1613	29/30 maggio: il "diluvio della Turingia", un temporale estremamente stazionario accompagnato da forti piogge, provoca gravi danni a Jena e dintorni.
1616	Johann Gerhard, uno dei più importanti rappresentanti dell'ortodossia luterana, diventa professore della Facoltà di Teologia dell'Università di Jena e ne determina lo sviluppo fino alla sua morte, avvenuta nel 1637.
1619	Wilhelm Kreußler, capostipite di una dinastia di maestri di scherma molto ramificata che caratterizza la scherma studentesca in Germania fino all'inizio del XIX secolo, arriva a Jena come maestro di scherma.
1620	2 marzo: il Duca di Weimar si schiera apertamente con l'Elettore Palatino, che viene eletto Re di Boemia, facendo precipitare il suo Paese nell'inizio della Guerra dei Trent'anni.
1621	Sono sopravvissuti pezzi di kreuzer di una moneta da ribalta coniata dai duchi di Weimar in Burgau. 1623 Le monete di rame di qualità inferiore vengono screditate in tutto il Paese.
1623	Viene stampatala "Collezione Großmann", una composizione del 116° Salmo della Bibbia realizzata da 16 noti compositori della Germania centrale, voluta e finanziata dall'aristocratico di Jena Burckhard Großmann.
1625	I duchi di Weimar ordinano di riparare le mura della città e di trasferire i soldati a Jena.
1626	Autunno: la peste imperversa a Jena.
1628	Il pedagogo riformatore Wolfgang Ratke (Ratichius), che sostiene tra l'altro l'uso della lingua tedesca nell'istruzione scolastica e universitaria, soggiorna più volte a Jena fino al 1631 e promuove le sue proposte di riforma senza ottenere grandi consensi. 3 settembre: il consiglio comunale di Jena si lamenta con il governo statale per l'elevatissimo carico fiscale causato dalla guerra e per l'onere finanziario dei continui acquartieramenti.
1629	Febbraio: Werner Rolfinck accetta una nomina alla Facoltà di Medicina dell'Università di Jena, dove rappresenta le materie di chirurgia, anatomia, botanica e (più tardi) iatrochimica. Diventa famoso per le sue dissezioni pubbliche dei corpi dei giustiziati nel Theatrum anatomicum (torre di anatomia), da lui allestito. Sotto la sua direzione, l'orto botanico vicino alla torre di anatomia viene notevolmente ampliato.
1632	Ottobre: per la prima volta, durante la Guerra dei Trent'anni, un gran numero di soldati viene acquartierato a Jena.
1633	Marzo: il trasferimento all'università di due feudi secolari, il maniero di Remda e il maniero di Apolda, migliora notevolmente le sue risorse finanziarie.
1636	da agosto: a Jena si piangono circa 500 vittime della peste.
1637	3 febbraio: le unità svedesi fuggono dalle truppe imperiali attraverso Jena. Per assicurarsi la ritirata, demoliscono l'ultima arcata del ponte sulla Saale verso Camsdorf, uccidendo 36 persone, soprattutto civili chiamati per i lavori di demolizione. 5/6 febbraio: le truppe imperiali compiono un saccheggio generale. La maggior parte degli edifici municipali e privati viene danneggiata e gli archivi comunali sono quasi completamente distrutti. 24 febbraio: il noto giurista e pubblicista imperiale Dominicus Arumaeus muore a causa dei maltrattamenti inflittigli dai soldati.
1639	Le cronache riportano una grave carestia ("Molti sono morti di fame nelle strade e nelle case"). Marzo: le truppe svedesi saccheggiano la città.
1640	Marzo/dicembre: le truppe svedesi e francesi si acquartierano nuovamente, causando gravi devastazioni e saccheggi in città e nei dintorni.
1641	Il numero di studenti ha raggiunto il minimo storico di circa 250 unità.
1643	Gennaio: Johannes Musäus viene nominato professore di storia e poesia all'università. Come professore di teologia (dal 1646), è uno dei pionieri del primo Illuminismo a Jena. 17 settembre: le accise sulle bevande e sul grano aumentano rapidamente a causa dell'introduzione di un dazio.
dal 1644	Gli oneri causati dall'acquartieramento e dal passaggio delle truppe si attenuano e la città comincia lentamente a riprendersi.
1646	Dicembre: Adam Struve viene nominato professore di diritto a Jena. Le sue attività di insegnamento e di ricerca, che durano fino alla sua morte nel 1692 e che sono interrotte da attività per i tribunali Ernestini - ad esempio, dal 1680 al 1690 gestisce gli affari di tutela in Sassonia-Jena - portano la Facoltà di Giurisprudenza di Jena a unirsi agli sviluppi giuridici moderni in Germania.
1650	Viene documentato per la prima volta un "Teutscher Schreib- und Rechenmeister", che insegna agli alunni la scrittura e l'aritmetica elementare tedesca in una classe precedente alla Ratsschule. 6 febbraio: un brevetto ducale concede il condono fiscale a tutti coloro che si riappropriano e ricostruiscono le loro case e fattorie distrutte o abbandonate durante la guerra. 19/20 agosto: la fine della Guerra dei Trent'anni viene celebrata con una grande festa di pace dopo il ritiro dell'occupazione svedese da Erfurt.
1653	16 luglio: Erhard Weigel, appena nominato professore di matematica presso l'alma mater, tiene la sua lezione inaugurale. Weigel - che insegna a Jena fino alla sua morte, avvenuta nel 1699 - fornisce anche contributi significativi come astronomo, filosofo e didatta. Essendo uno degli insegnanti accademici più popolari in Germania, ha avuto un ruolo decisivo nel rapido aumento del numero di studenti a Jena negli anni successivi, con oltre 1.000 studenti a volte.
1655	13 ottobre: il ponte sulla Saale presso Camsdorf, più volte danneggiato durante la Guerra dei Trent'anni, viene completamente ricostruitosotto la direzione del capomastro di Weimar Johann Moritz Richter. Fino ad allora era stato possibile attraversare la Saale solo con ponti di legno provvisori.
1656	5 gennaio: Johann Andreas Bose viene nominato professore a Jena, che per la prima volta viene destinato esclusivamente alla storia.
1657	28 novembre: il cartaio Joachim Heinrich Schmidt ottiene il privilegio di gestire una cartiera come nuovo proprietario della "Nasenmühle" di Mühltal.
1659	31 gennaio: per ordine del duca Guglielmo IVdi Weimar viene avviata la trasformazione e l'ampliamento del castello di Jena . I lavori vengono completati in gran parte entro il 1661 sotto la direzione di Erhard Weigel.
1660	Agosto: l'incarcerazione di tre studenti per aver violato i mandati contro il pennalismo provoca disordini che causano quattro vittime. Il governo di Weimar invia l'esercito a Jena.
1662	17 maggio: alla morte del duca Guglielmo IV di Weimar , i suoi quattro figli dividono tra loro le rendite del territorio e alcuni diritti di sovranità. Al duca più giovane, Bernhard (nato nel 1638), vengono assegnati, tra l'altro, il castello, la città e la sede di Jena con Burgau e Lobeda. Bernhard, sposato con Maria de la Trémouille, appartenente a un'illustre famiglia aristocratica calvinista francese , si trasferisce nel castello di Jena a dicembre e istituisce la propria corte.
1663	10 giugno: il futuro polimatico e uno dei più importanti pionieri dell'Illuminismo, Gottfried Wilhelm Leibniz, si iscrive quindicenne all'Università di Jena per studiarvi nel successivo semestre autunnale.
1664	Alla corte di Jena viene istituita un'orchestra di corte con Adam Drese, giunto a Jena da Weimar , come direttore di corte.
1665	Johann Bielcke inizia la sua attività di editore a Jena. Insieme al figlio Johann Felix Bielcke, Jena diventa il secondo centro editoriale tedesco dopo Lipsia.
1666	3 luglio: il duca Bernhard rinuncia alla giurisdizione e al convoglio (di proprietà della città dal 1480) contro la volontà del consiglio comunale. I tribunali vengono restituiti già nel 1675, poiché le entrate sono inferiori alle aspettative.
1668	Viene costituita una "corporazione dei pompieri", composta da circa 40 persone, per combattere gli incendi.
1669	Sul sito del monastero carmelitano, demolito definitivamente nel 1642 e descritto dettagliatamentedal cronista cittadino Adrian Beier nel suo "Architectus Jenensis" pubblicato nel 1672, apre la locanda "Zum Engel" (nota anche come "Zum goldenen (o yellow) Engel"). Bartholomäus Paulßen - capostipite della famiglia di mercanti Paulßen, in seguito molto rispettata - è documentato per la prima volta come pittore di corte a Jena. Nelle chiese cittadine e collegiali vengono installati contenitori per estintori.
1670	Di fronte al castello (oggi Fürstengraben) viene costruita la "Ballhaus", raggiungibile attraverso un ponte sul fossato. Viene completata la nuova birreria comunale nella Leutragasse. L'approvvigionamento di acqua potabile viene migliorato grazie all'aumento del numero di condotte idriche in città e ai nuovi pozzi in Löbdergasse e Jenergasse. Si concludono i lavori di costruzione della "Weigelsche Haus" nella Johannisgasse. La casa, probabilmente progettatada Weigel come museo tecnico per dimostrare le sue invenzioni, è una delle "sette meraviglie" di Jena.
1672	25 luglio: i duchi di Weimar si dividono il territorio. Jena diventa la capitale e la residenza di un Ducato di Sassonia-Jena formalmente indipendente sotto il duca Bernhard. Egli istituisce un concistoro a Jena come suprema autorità spirituale del suo ducato, mentre importanti diritti di sovranità restano al Sassone-Weimar.
1674	Nella chiesa della città viene allestita la "Cattedra del Principe" per il Duca e la sua famiglia. 20 aprile: il duca Bernhard concede all'editore e libraio Johann Ludwig Neuenhahn il privilegio di pubblicare la "Jenaische Wöchentliche Anzeigen", i cui giornali successivi (da ultimo: "Jenaische Zeitung") saranno pubblicati fino al 1945. Autunno: viene documentatoun breve soggiorno a Jenadell'ateo critico della religione Matthias Knutzen. Secondo le sue stesse dichiarazioni, la setta di obiettori di coscienza da lui fondata avrebbe trovato numerosi seguaci in città.
1675	Luglio: il "nazionalismo" - associazioni studentesche - emerge apertamente all'Università di Jena e viene immediatamente vietato (decreto ducale di divieto del 22 luglio).
1678	23 aprile: muorel'arcidiacono, cronista e storico cittadino Adrian Beier (nato nel 1600). Ha scritto le opere "Syllabus rectorum et professorum Jenensium", "Geographus Jenensis" e "Architectus Jenensis", ancora oggi importanti per la storia della città e dell'università. 3 maggio: muore il duca Bernhard di Sassonia-Jena. Il figlio minorenne e successore Johann Wilhelm è alternativamente sotto la tutela delle case ducali di Eisenach e Weimar. La corte di Jena viene in gran parte sciolta.
1683	Caspar Sagittarius (jr.), professore di storia, fa ristrutturare la "Rosa" e fa installare il rosaio in pietra (una copia del quale esiste ancora oggi) come monumento commemorativo "come ornamento dell'università".
1686	L'avvocato Matthias Bieler riceve un privilegio ducale come "direttore generale delle poste" a Jena. 18 agosto: viene posata la prima pietra di una nuova chiesa cimiteriale, costruitasotto la direzione di Johann Mützel, che in seguito lavorerà come capomastro presso tutte le corti Ernestine.
1688	Erhard Weigel istituisce nella sua casa una scuola sperimentale e di formazione ("scuola della virtù") per la verifica pratica dei principi pedagogici da lui sviluppati.
1689	Un censimento rivela un totale di 1.098 studenti in città.
1690	Johann Nikolaus Bach (morto nel 1753), membro della famiglia Bach, diventa organista a Jena. Emerge anche come compositore, direttore d'orchestra e costruttore di strumenti. 4 novembre: il duca Johann Wilhelm di Sassonia-Jena muore all'età di 15 anni per emorragia infantile. Con lui si estingue la famiglia ducale di Jena.
1691	12 luglio: le casate di Saxe-Eisenach e Saxe-Weimar si dividono l'eredità del Ducato di Saxe-Jena. La città e la sede di Jena passano a Eisenach.
1693	16 febbraio: la nuova chiesa funeraria nel cimitero di Johannis viene consacrata come Johann-Georgs-Kirche (in seguito Garnisonskirche o Friedenskirche).
1697	7 giugno: viene consacrata la nuova chiesa presso lo Jakobsspital nella Nollendorfer Vorstadt (Spittelkirche o Juliane-Christiane-Kirche; demolita nel 1908).