13e eeuw

na 1200	De tweede Romaanse voorganger van St Michael wordt gebouwd. De voltooiing kan worden gedateerd in het tweede kwart van de 13e eeuw.
1216	Leden van een adellijke familie genoemd naar het dorp Wöllnitz worden genoemd.
1218	Het dorp Löbstedt wordt voor het eerst genoemd in een document.
1223	29 september: Het dorp Lichtenhain wordt voor het eerst genoemd.
Tussen 1225 en 1240	Een ongedateerd document, dat in een latere kopie is overgeleverd, verwijst naar "cives" (burgers) van Jena, wat bewijst dat het dorp tot stad werd verheven.
1227	Kunitz wordt voor het eerst genoemd.
1228	28 november: De Sint-Petruskerk in Lobeda wordt genoemd als parochiekerk met een eigen parochiedistrict. Kapellen in Ammerbach (eerste vermelding van de stad), Jägersdorf, Schlöben en (Schön-)Gleina en Kirchberg worden als filialen aan haar toegewezen.
1235	Zwätzen wordt vermeld als zetel van de districtscommandant van de Duitse Orde van het baljuwschap Thüringen en Saksen.
rond 1237	Het houten beeld van Michael, de beschermheilige van de kerk en de stad Jena, wordt gemaakt door een beeldhouwer uit de werkplaats van de kathedraal van Bamberg.
1252	20 maart: De vermelding van een vicaris (hulpgeestelijke) die in Jena werkt, is het bewijs van het bestaan van een parochie in Jena.
1254	15 juli: Een stadsschoolmeester wordt gedocumenteerd. De school is gevestigd in de kelder van de westelijke toren van de stadskerk. In de daaropvolgende jaren verandert de school meerdere keren van locatie.
1255	13 mei: Het dorp Münchenroda wordt voor het eerst genoemd in een oorkonde.
1257	1 juni: Wenigenjena ("parvo geine") wordt voor het eerst genoemd in een oorkonde. 31 oktober: Burgau (aan de Saale) wordt voor het eerst met zekerheid genoemd.
1259	14 juli: Het dorp Maua verschijnt voor het eerst in een document. 24 juli: Ziegenhain wordt voor het eerst genoemd in een oorkonde. 24 juli: Jena ambachtslieden, Albus en Martinus Pistor (bakkers), worden voor het eerst bij naam genoemd.
vóór 1274	Het ambt van muntmeester wordt door de heren van Lobdeburg overgedragen aan een vertegenwoordiger van de burgerij van Jena.
1275	24 september: De eerste vermelding van het bestaan van een stadsraad bestaande uit acht "consules Genenses".
1278	Een gedocumenteerde rechtshandeling suggereert dat Frankisch recht heerst in het domein van de Lodeburgers.
1279	Het kasteel "Wind(t)berg" wordt in documenten genoemd als zetel van de burggraven van Kirchberg. Met dit kasteel, waarschijnlijk gebouwd kort na 1200, de twee Kirchberg kastelen en kasteel Greifberg, had de Hausberg vier kastelen in de 13e eeuw.
1280	29 september: Het dorp Drackendorf wordt voor het eerst in een oorkonde genoemd.
1282	31 december: Een priester uit Jena (Ridgerus = Rüdiger) wordt voorhet eerst bij naam genoemd.
1284	25 juli: Lobeda verschijnt voor het eerst als stad ("civitas") in documenten.
1286	Het Dominicaanse klooster - gelegen in de noordwestelijke hoek van de stad - wordt gesticht.
1288	Het oudste bewaard gebleven exemplaar van het stadszegel is aan een document uit dit jaar gehecht.
1298	De papierfabriek aan de ingang van het Mühltal wordt genoemd (als de "Nasenmühle").
Tussen 1290 en 1300	De Wettins verwerven een kwart van Jena door een huwelijk met de Lobdeburger Arnshaugk.