14e eeuw

na 1300	De vorige stadsversterkingen, bestaande uit palissadewallen en grachten, worden vervangen door een doorlopende stenen muur van 3 tot 4 meter hoog.
1301	De stichting van het cisterciënzerklooster wordt voltooid. De parochie Jena en de Sint-Michielskerk - die dus een dubbele functie als stads- en kloosterkerk vervult - worden door de heren van Lobdeburg aan het klooster overgedragen.
1304	De burchten van de Kirchbergse burggraven op de Hausberg worden door een vredesbevel van de landgraaf (met deelname van een contingent uit Jena) bestormd en verwoest. De Kirchbergers verliezen vervolgens hun functie als territoriale macht. Een bouwinscriptie geeft de eerste indicatie van de Johannistor als een stenen poortgebouw. Het huidige uiterlijk is dat van een nieuw gebouw uit de 15e eeuw.
1305	Schloss Burgau - tot dan toe de zetel van een zijlinie van de Lobdeburgers - wordt erkend als eigendom van de Wettin dynastie.
1307	23 mei: De begraafplaats Johannisfriedhof wordt voor het eerst genoemd als begraafplaats buiten de stadsmuur. Een andere begraafplaats bij de Sint-Michielskerk binnen de stadsmuren wordt tot de 16e eeuw gebruikt. 21 juni: Voor het eerst wordt een priester genoemd in Wenigenjena.
1315	11 april: De wijk Lobdeburg-Elsterberg in Jena valt in handen van de Wettins. 16 augustus: De documentaire vermelding van de Saalmühle molen documenteert het bestaan van de "Lache" als een kunstmatige arm van de Saale voor de Saaltor. Oorspronkelijk maakte het deel uit van de stadsversterking, maar nu wordt het voornamelijk gebruikt om molens te laten draaien.
1316	19 november: De molen in Johannistor in de stad, later bekend als de "Jüdenmühle" vanwege de ligging in de Jüdengasse, wordt voor het eerst genoemd.
1317	Een stadsraad, voorgezeten door twee raadsmeesters (burgemeesters), wordt in een document genoemd.
1319	26/27 mei: Het stadsbestuur en het Sint-Michielsklooster sluiten een overeenkomst over de oprichting van het "Ziekenhuis van de Heilige Geest en Allerheiligen" voor de Johannespoort. 1 juni: De Löbdertor, de Marktmühle en de Teufelslöcher bij Wöllnitz ("foramen diaboli") worden voor het eerst genoemd.
1320	22 juli: Het eerste schriftelijke bewijs van het gebruik van stenen bij de bouw van de Saale-brug in het gebied van de huidige brug van Camsdorf wordt vastgelegd. De Stichting Brückenhof wordt opgericht voor de bouw en het onderhoud van de brug. In de loop der tijd krijgt het talrijke percelen grond en rente en ontvangt het ook inkomsten van het raadsdorp Jenalöbnitz en als hofheer van de dorpen Ossmaritz en Vollradisroda. Het bruggenhof wordt beheerd door de bruggenmeester onder toezicht van het stadsbestuur.
1321	7 september: De vermelding van Güntherus Gewantsnyder in een oorkonde verwijst naar de lakenhandel in de stad.
1328	6 januari: Leutra wordt voor het eerst genoemd als een voorstedelijke nederzetting voor de Johannistor. De plaats (met de Johanneskerk en het Johanneskerkhof) is waarschijnlijk niet identiek aan de "Liutdraha" die aan het einde van de 9e eeuw in het tiendenregister van Hersfeld wordt genoemd. 28 maart: De eerste verwijzing naar het systeem van drie "roterende" raden is gedocumenteerd. Volgens dit systeem treedt om de drie jaar een van de drie raadsleden op als waarnemend ("zittend") raadslid, terwijl de leden van de andere twee raden adviserende functies vervullen.
1331	6 februari: Door de verkoop van de tweede helft van Jena door de heren van Lobdeburg-Leuchtenburg komt de hele stad in handen van de Thüringse landgraven uit het Huis Wettin.
1332	24 april: Landgravin Elisabeth, tot wier weduwe de stad behoort, verleent Jena de stadsrechten van Gotha. Hiermee wordt eindelijk het Saksische recht voor Jena vastgelegd. De nieuwe stadsrechten bevatten de eerste verwijzing naar het brouwrecht van de stad.
1333	11 april: Een vermelding van de bibliotheek van het Dominicanenklooster wijst op het bestaan van een kloosterschool in Jena.
1337	De Rasenmühle wordt voor het eerst genoemd. Dit documenteert ook het bestaan van het kunstmatige eiland Rasenmühle omgeven door de rivier de Saale en het molenrad.
1338	25 juli: Heinrich Cerdo (= leerlooier) is het eerste gedocumenteerde bewijs van de leerlooierij in Jena.
1344	18 november: Zweifelbach wordt voor het eerst genoemd als zuidelijke voorstad voor de Löbdertor.
1346	21 november: Nollendorf wordt voor het eerst genoemd als noordelijke voorstad van Jena.
1350	19 maart: Landgravin Elisabeth draagt de heerschappij over Jena over aan haar kleinzoon Frederik de Strenge.
na 1350	Op de buitenmuur van de St Nicolai kerk in Lichtenhain wordt een verhalende cyclus van 78 schilderijen met bijbelse thema's gemaakt. De kunstenaars, van wie de namen onbekend zijn, lieten zich inspireren door modellen uit Zuidwest-Duitsland.
1352	29 januari: In ruil voor een lening van de landgraaf krijgt Jena tijdelijk het burgemeestersambt, de Munt en de douane.
1353	6 januari: Een decreet van de landgraaf geeft toestemming om de stad uit te breiden en te versterken in de richting van de Saale. De "Vorstadt auf dem Sande" voor de Saaltor (ook: "Hodelsdorf") wordt gecreëerd. Het ziekenhuis wordt vanuit Johannistor hierheen verplaatst en gewijd aan Sint Nicolaas. De activa van het ziekenhuis worden verbonden met de Brückenhof Stichting en mede beheerd door de bruggenmeester.
1354	22 juli: Sint-Michielsklooster en het stadsbestuur delen de offergaven voor de Sint-Nicolaaskapel die in het Sint-Nicolaashospitaal moet worden gebouwd. In het bijbehorende contract worden voor het eerst de Saaltor en drie jaarmarkten in Jena genoemd.
1355	12 april: De gemeenteraad bestaat uit tien raadsleden en twee raadsmeesters (burgemeesters). Deze samenstelling van de raad blijft de norm tot het begin van de 19e eeuw.
1358	De Kirchbergse zorg van Windberg (met Wenigenjena/Camsdorf, Ziegenhain, Jenaprießnitz, Wogau) evenals kasteel Lobdeburg en de stad Lobeda vallen toe aan de Wettins.
1364	1 maart: Voor het eerst worden de in gilden georganiseerde ambachtslieden betrokken bij een overeenkomst tussen het klooster St. Michael en het stadsbestuur, waarin de betrokkenheid van het stadsbestuur bij de vervulling van de functie van schoolmeester wordt vastgelegd.
1365	8 februari: De landgraven verpanden de gebruiken en het stadsgerecht aan het stadsbestuur, met uitzondering van het gerecht over de hals en de hand. Het stadsbestuur krijgt inspraak in de benoeming van rechters, wat tot dan toe de uitsluitende verantwoordelijkheid van de vorst was. Vervolgens wordt de rechter altijd benoemd uit de gelederen van het stadsbestuur.
1367	1 januari: De jaarlijkse pacht die sinds 1332 als gemeentebelasting aan de vorst moet worden betaald, wordt verhoogd van 100 mark naar 120 mark.
1368	12 juni: Er wordt voor het eerst melding gemaakt van een stadhuis - een voorloper van het korte tijd later gebouwde gotische stadhuis.
1377	10 maart: De slagerskramen (Fleischbänke) op de begane grond van het stadhuis worden voor het eerst genoemd.
1378	11 juni: Het klooster St. Michael geeft toestemming om in het stadhuis een altaar met een eeuwigdurende mis op te richten.
1379	24 april: Joden worden als inwoners van Jena gedocumenteerd.
rond 1380	De bouw van de nieuwe gotische stadskerk van Jena - in haar huidige vorm - begint. De Dominicanen stellen een dodenregister samen, waarin mensen die met het klooster verbonden zijn met hun sterfdatum (en soms met aanvullende informatie) worden opgenomen. Het register wordt bewaard tot de opheffing van het klooster in 1525.
1380	30 januari: De functie van gemeentesecretaris wordt voor het eerst genoemd.
1383	Een "districtus Burgow", voor het eerst vermeld in de bronnen, vormt het uitgangspunt voor de oprichting van een kantoor in Burgau en dus voor de oprichting van een officiële administratie in het gebied rond Jena.
Tussen 1385 en 1390	De zogenaamde Pietà van Jena, een vesperschilderij in de prachtige stijl uit Praag (nu in het stadsmuseum), werd gemaakt.
1391	30 november: Een bakhuis bij de stadskerk van St. Michael wordt gedocumenteerd.
1393	De nonnen van het Sint-Michielsklooster hebben een eigen brouwerij. Het vlotvaren van de Saale bij Jena wordt in een document vermeld.
1395	17 mei: De meesterknechten krijgen het recht om de rekeningen van de gemeenteambtenaren te controleren.
1399	Maart-mei: De supraregionale handel in Jener wijn wordt gedocumenteerd. De wijnbouw en -handel en aanverwante ambachten en diensten vormen de belangrijkste bron van inkomsten voor de bevolking van Jena.