16e eeuw

1504	19 december: Konrad Stein uit Jena, kanunnik van Erfurt, schenkt de Maria Magdalenakapel voor de vatenmolen bij het ziekenhuis om pelgrims te ontvangen.
1506	Met de voltooiing van de gewelven van het schip is de bouw van de stadskerk St. Michael, met uitzondering van de torenbouw, grotendeels voltooid.
1509	30 juli: De herberg "vor dem Lobderthore", voorganger van de "Roter Hirsch" ("Zum Roten Hirsch"), wordt genoemd.
1511	De orde van het Sint-Michielsklooster noemt een totaal van 16 altaren in de Sint-Michielskerk.
1518	Een buitenlandse monnik repareert het orgel in de stadskerk.
1521	15 juni: Thomas Müntzer schrijft aan de stadsrechter en raadsheer van Jena , Michael Ganßau, wat erop wijst dat Müntzer invloed had op de vroege Reformatiebeweging in Jena . 24/25 december: Martin Reinhart, predikant in de stadskerk, serveert met Kerstmis aan drie burgers de communie in beide vormen, wat gezien kan worden als de eerste aanwijzing dat de reformatie aan de gang is.
1522	4/5 maart: Maarten Luther overnacht als Junker Jörg in de herberg "Schwarzer Bär" op zijn reis van kasteel Wartburg naar Wittenberg. Augustus: Reinhart en zijn volgelingen vallen het Dominicanenklooster binnen. Verdere gewelddadige acties tegen de kloosters in Jena volgen.
1523	De reformatie in Jena wordt gekenmerkt door de radicale beweging vertegenwoordigd door Andreas Karlstadt, die als predikant in Orlamünde werkte , en vooral door zijn leerling Reinhart. Michael Buchführer, die in 1523/24 in Jena werkte , drukte de geschriften van Karlstadt en zijn volgelingen en omzeilde daarmee de censuur .
1524	20 augustus: Het stadsbestuur legt beslag op de bezittingen van de karmelieten en laat deze overdragen aan het stadhuis. 22 augustus: Luther preekt in de Sint-Michielskerk tegen Karlstadt en zijn volgelingen en redetwist daarna met Karlstadt in de "Zwarte Beer". September/oktober: Karlstadt en Reinhart worden het land uitgezet. Als nieuw aangestelde predikant in Jena zetAnton Musa de Reformatie voort in de geest van Luther.
1525	30 april: opstandige boeren en stedelingen plunderen de landhuizen bij Drackendorf en Lobeda. 3 mei: Het karmelietenklooster in Jena wordt bestormd, leeggeroofd en gedeeltelijk verwoest, een paar dagen later gevolgd door dat van de dominicanen. Beide kloosters blijven gesloten na het einde van de opstand. Het Cisterciënzer nonnenklooster, dat door de opstandelingen gespaard werd, dient als toevluchtsoord voor de weinige overgebleven nonnen tot de dood van de laatste in 1564, maar mag geen nieuwe nonnen meer opnemen. 22 juni: Tijdens de strafcampagne van keurvorst Johann tegen de opstandige boeren zouden twintig opstandelingen uit Jena en omgeving op de markt van Jena met het zwaard zijn geëxecuteerd. December: Het stadsbestuur en het klooster St. Michael sluiten een overeenkomst waarbij de benoeming van pastoors en de externe organisatie van de zielzorg een zaak van de stad wordt.
1526	Er wordt begonnen met de oprichting van een "gemeenschappelijk fonds" om de geestelijken te betalen en in het algemeen het nieuwe kerk- en schoolsysteem en de armenzorg te financieren. Vervolgens worden delen van de vroegere kloosterinkomsten of verkochte kloostereigendommen hieraan toegewezen.
1527	De kerkvisitaties in opdracht van de vorst dwingen de reformatie definitief af in de dorpen rond Jena. 17 augustus: Anton Musa wordt officieel benoemd tot pastoor van Jena, een functie die hij bekleedt tot 1536. Tegelijkertijd wordt hij benoemd tot superintendent voor Jena, Bürgel en Eisenberg.
vanaf 1529	Het schoolsysteem wordt gereorganiseerd en het schoolgebouw wordt ingericht in het voormalige nonnenhuis achter de stadskerk. Er wordt voor het eerst een meisjesschool gedocumenteerd, waar basiskennis van schrijven, godsdienst en "vrouwenhandwerk" wordt onderwezen.
1534	De bouw van de "Fürstenkeller" begint. De enorme gewelfde kelder wordt aanvankelijk gebruikt om de wijn op te slaan waar de vorsten recht op hebben als belasting. 24 mei: Het eerste openbare vogelschieten vindt plaats op de Landfeste.
1535	25 juli: Vanwege de pest in Wittenberg verhuist de universiteit van Wittenberg voor driekwart jaar naar Jena en neemt haar intrek in het leegstaande voormalige dominicanenklooster.
1536	26 januari: Drie wederdopers uit de omgeving van Orlamünde worden in de vesting geëxecuteerd. Mei: Vaten met illegaal gebrouwen bier worden in het dorp Löbstedt kapotgeslagen om de privileges van de stad voor het brouwen en schenken van bier veilig te stellen ("bieroorlogen").
1540	Keurvorst Johann Friedrich vaardigt een nieuw stadsreglement uit dat, naast algemene bepalingen over het stadsbestuur, talrijke verordeningen van burgerlijke, politionele en strafrechtelijke aard bevat.
1542	Volgens het Turkse belastingregister heeft Jena ongeveer 4.300 inwoners.
1546	17 december: In de Schmalkaldische Oorlog brengt Jena uit angst voor een aanval hulde aan de Albertijnse hertog Moritz, een van de tegenstanders van keurvorst Johann Friedrich.
1547	19 mei: Als gevolg van zijn nederlaag in de Schmalkaldische Oorlog verliest Johann Friedrich zijn waardigheid als keurvorst en ongeveer tweederde van zijn grondgebied, inclusief de universiteitsstad Wittenberg, in de "Wittenberg Capitulatie". 24 juni: Op weg naar keizerlijke gevangenschap ontmoetJohann Friedrich zijn oudste zoon in de buurt van Jena om de volgende stappen te bespreken om de heerschappij van Ernestina veilig te stellen. Dit omvat de oprichting van een nieuwe universiteit voor de verloren stad Wittenberg. 10 juli: Philipp Melanchthon krijgt van de Ernestijnse heersers de opdracht om een deskundig advies te schrijven over het stichten van een nieuwe staatsuniversiteit. Hij geeft de voorkeur aan Jena als locatie.
rond 1548	De Burgkeller, een representatief gebouw in renaissancestijl aan het oostelijke einde van de Johannisstraße direct naast de stadskerk St. De herberg, die soms de "Ratskeller" wordt genoemd, wordt na 1815 een favoriete verblijfplaats van de broederschap(pen) en wordt in 1945 verwoest.
1548	19 maart: In Jena wordt in het gebouwencomplex van het voormalige dominicanenklooster een "academisch gymnasium" geopend als voorstadium van een nieuwe universiteit. De eerste rector is de retoricus en dichter Johann Stigel. Naast hem doceert de theoloog en filosoof Victorin Strigel, net als Stigel een leerling van Melanchthon, aan de nieuwe onderwijsinstelling. 19 juni: De eerste statuten van het Akademisches Gymnasium in Jena worden uitgegeven.
1549	September: Na een tijdelijke opslag in Weimar wordt het grootste deel van de privébibliotheek van de Ernestijnen onder leiding van bibliothecaris Anton Heuglin overgebracht naar Jena en vormt de eerste steen van de universiteitsbibliotheek als de "Bibliotheca electoralis". Een van de meest waardevolle titels is het "Jenaer Liederhandschrift", een verzameling Middelhoogduitse hymnen geschreven in het eerste derde deel van de 14e eeuw in het noorden van Midden- of Noord-Duitsland.
1552	24 september: De voormalige keurvorst Johann Friedrich, bevrijd uit keizerlijke gevangenschap , brengt hulde in Jena. Ernestijnse geschiedschrijving verplaatst al snel de locatie van Johann Friedrichs ontmoeting met de vertegenwoordigers van de burgerij van Jena naar de bron van de Pennickenbach ("Fürstenbrunnen"), waardoor een gedenkteken voor de geschiedenis van de dynastie en de Reformatie voor de komende eeuwen wordt gecreëerd.
1553	30 november: Nadat de Ernestijnen besluiten om de werken van de reformator in Jena onder leiding van Luthers vertrouweling Georg Rörer te laten drukken in concurrentie met de uitgave in Wittenberg, wordt in het voormalige karmelietenklooster een drukpers opgericht en krijgtChristian Rödinger het drukkersprivilege.
1554	22 juli: De eerste steen wordt gelegd voor een gemeentelijk slachthuis van het slagersgilde van Jena op de Löbdergraben. 16 augustus: De vorst verleent het privilege om de stadsapotheek te exploiteren. Herfst: Met de benoeming van Basilius Monner (rechten) en Johann Schröter (geneeskunde) wordt de eerste steen gelegd voor een juridische en een medische faculteit aan de hogeschool van Jena.
1555	Het eerste deel van de Jena Luther editie wordt gepubliceerd; in 1558 zijn er acht Duitse en vier Latijnse delen beschikbaar.
1556	27 augustus: De bouw van de toren van de St. Michaelskerk wordt grotendeels voltooid met de toevoeging van de torenspits.
1557	De drukker van de Jena Luther editie, Christian Rödinger, publiceertJohann Walter's"Magnifikat octo tonorum" , de eerste gedrukte muziek in Jena. De stad blijft een van de belangrijkste centra voor muziekdrukkunst in de Duitstalige wereld tot het einde van de 17e eeuw. 27 april: De benoeming van Matthias Flacius Illyricus, berucht om zijn grove aanvallen op zijn tegenstanders , tot professor in de theologie aan de hogeschool van Jena bevestigt de reputatie van de stad als een plaats van "streng (zuiver) lutheranisme". 15 (31) augustus: Keizer Ferdinand I ondertekent de privileges voor de Universiteit van Jena.
1558	2 februari: De Universiteit van Jena wordt geopend met een ceremoniële handeling in aanwezigheid van de hertogen Ernestine. De eerste rector is de arts Johann Schröter. Schröter richt een tweede apotheek op in zijn huis in de Löbdergasse ("Schroetersburg").
1561	De universiteit verwerft het "Rosenhain Landgoed" in de Johannisgasse. Het "Rosencomplex" tussen de Johannisgasse en de Fürstengraben ontstaat als tweede universiteitsterrein naast het voormalige dominicanenklooster, dat opnieuw wordt ingewijd als "Collegium Jenense". Philipp von Herden, een van de rijkste burgers van Jena, wordt gedocumenteerd als herbergier van de herberg "Zur Sonne" op het marktplein. 10 december: De afzetting van Matthias Flacius en zijn volgelingen en hun daaropvolgende verbanning uit het land markeert het einde van de hevige theologische twisten aan de universiteit. Deze hadden hun hoogtepunt bereikt in 1559/60 met de tijdelijke gevangenneming van Victorin Strigel, de belangrijkste tegenstander vanFlacius.
1564	De kapel van het Sint-Nikolaasziekenhuis wordt omgebouwd tot studentenziekenhuis (afgebroken in 1784). 14 april: De stad en de universiteit treffen een schikking over de verdieping. Alleen de huizen van de professoren die ze zelf bewonen zijn belastingvrij. Over het algemeen blijven de meeste privileges van de academische burgers onaangetast.
1565	Een muziekgemeenschap van burgers en studenten, de "Societas musicalis", vanaf 1595 bekend als het "Collegium musicum", wordt opgericht.
1566	1 september: Het Hof van Justitie, het hoogste gerechtshof van de Ernestijnen, betrekt zijn nieuwe zetel in Jena en komt hier voor het eerst bijeen. De "Jenaer Schöppenstuhl" bestaat ook als een commissie van juridische deskundigen, bestaande uit leden van de rechtenfaculteit van de universiteit. In de keizerlijke stichtingsoorkonde van 1558 werd aan de universiteit het privilege verleend om een deskundig oordeel te vellen voor de juridische faculteit.
1569	7 maart: Het consistorie van Ernestine, de geestelijke autoriteit van de staat, wordt verplaatst naar Jena en blijft hier tot 1612.
1570	21 mei: Het universiteitscafé "Zur Rosen" krijgt een soeverein privilege voor het belastingvrij schenken van wijn en bier ("Rosenprivileg") aan universiteitsleden.
1571	De bronzen grafsteen voor Maarten Luther, waarschijnlijk gegoten in 1548/49 naar een ontwerp van Lukas Cranach de Oudere, wordt in de St Michael kerk geplaatst. Het eerste stadsgezicht van Jena, een kopergravure van Johann Mellinger (rector van de Latijnse school in Jena sinds 1569), wordt gepubliceerd.
1586	In het Collegium Jenense wordt een botanische tuin opgericht voor de opleiding van medische studenten (de op één na oudste wetenschappelijke botanische tuin in Duitsland).
1587	Herfst: Met de benoeming van Wolfgang Heider tot hoogleraar Dialectiek en Ethiek (later Moraal en Politiek) ontwikkelt de filosofie zich tot een zelfstandige academische discipline aan de universiteit van Jena.
1590	27 augustus: Een gildeverordening voor bakkers is bewaard gebleven, ter vervanging van bepalingen uit het begin van de 15e en 16e eeuw die niet bewaard zijn gebleven. Het vermeldt 23 bakkerijen in Jena.
1594	De kerk van het Dominicanenklooster, verwoest in 1525, wordt gerestaureerd als collegiale kerk (universiteitskerk). De beeldhouwer en bouwmeester Nikolaus Theiner (de Oudere)uit Lobeda ontwerpt het renaissancegraf voor Andreas en Katharina Schrot op het Sint-Janskerkhof.
1596	Het "Haus im Sack" wordt gebouwd als looierij en ambachtshuis in de Oberlauengasse.