17e eeuw

1606	In de Unterlauengasse wordt het "Platanenhaus" gebouwd als woonhuis en ambachtswoning van een leerlooier.
1610	23 december: Voor het eerst vaardigt de universiteit een mandaat uit tegen het zogenaamde pennalisme. De ondergeschiktheid van eerstejaarsstudenten aan de ouderejaars, afgedwongen door vernederende procedures, en de strijd van de universiteit en de staatsautoriteiten hiertegen is een bepalend kenmerk van de universiteitsgeschiedenis in de 17e eeuw.
1613	29/30 mei: De "Thüringer Zondvloed", een extreem stationair onweer dat gepaard gaat met zware regenval, richt zware schade aan in Jena en omgeving.
1616	Johann Gerhard, een van de belangrijkste vertegenwoordigers van de lutherse orthodoxie, wordt hoogleraar aan de theologische faculteit van de universiteit van Jena en bepaalt de ontwikkeling ervan tot aan zijn dood in 1637.
1619	Wilhelm Kreußler, de grondlegger van een wijdvertakte dynastie van schermmeesters die het leerlingenschermen in Duitsland tot het begin van de 19e eeuw kenmerkt, komt als schermmeester naar Jena.
1620	2 maart: De hertog van Weimar kiest openlijk de kant van de keurvorst Palatijn, die tot koning van Bohemen wordt gekozen en zijn land zo in het begin van de Dertigjarige Oorlog stort.
1621	Stukjes kreuzer van een kiepmunt geslagen door de hertogen van Weimar in Burgau zijn bewaard gebleven. 1623 De inferieure koperen munten worden in het hele land in diskrediet gebracht.
1623	De "Großmann Collection", een toonzetting van de 116e Psalm uit de Bijbel door 16 bekende componisten uit Midden-Duitsland, geïnitieerd en gefinancierd doorde Jena aristocraat Burckhard Großmann, verschijnt in druk.
1625	De hertogen van Weimar laten de stadsmuren repareren en plaatsen soldaten over naar Jena.
1626	Herfst: de pest woedt in Jena.
1628	De hervormingspedagoog Wolfgang Ratke (Ratichius), die onder andere pleit voor het gebruik van de Duitse taal in het school- en universiteitsonderwijs, verblijft tot 1631 meerdere keren in Jena en propageert zijn hervormingsvoorstellen zonder veel bijval. 3 september: Het stadsbestuur van Jena beklaagt zich bij de deelstaatregering over de extreem hoge belastingdruk als gevolg van de oorlog en de financiële lasten van de voortdurende inkwartiering.
1629	Februari: Werner Rolfinck accepteert een aanstelling aan de faculteit geneeskunde van de universiteit van Jena, waar hij de vakken chirurgie, anatomie, plantkunde en (later) iatrochemie vertegenwoordigt. Hij werd beroemd door zijn openbare ontledingen van de lichamen van geëxecuteerde mensen in het door hem opgerichte Theatrum anatomicum (anatomietoren). Onder zijn leiding wordt de botanische tuin bij de anatomietoren aanzienlijk vergroot.
1632	Oktober: Een groot aantal soldaten wordt voor het eerst tijdens de Dertigjarige Oorlog in Jena ingekwartierd.
1633	Maart: Door de overdracht van twee wereldlijke leengoederen, het landgoed Remda en het landgoed Apolda, aan de universiteit worden haar financiële middelen aanzienlijk verbeterd.
1636	vanaf augustus: ongeveer 500 pestslachtoffers worden in Jena betreurd.
1637	3 februari: Zweedse eenheden vluchten voor keizerlijke troepen door Jena. Om hun terugtocht veilig te stellen slopen ze de laatste boog van de Saale-brug naar Camsdorf, waarbij 36 mensen om het leven komen - voornamelijk burgers die voor de sloopwerkzaamheden werden ingeschakeld. 5/6 februari: Algemene plunderingen door keizerlijke troepen vinden plaats. De meeste gemeentelijke en particuliere gebouwen worden beschadigd en de raadsarchieven worden bijna volledig vernietigd. 24 februari: De bekende rechtsgeleerde en keizerlijke publicist Dominicus Arumaeus overlijdt aan de mishandeling door soldaten.
1639	De kronieken maken melding van ernstige hongersnood ("Velen stierven van de honger op straat en in de huizen"). Maart: Zweedse troepen plunderen de stad.
1640	Maart/december: Zweedse en Franse troepen worden opnieuw ingekwartierd en richten grote verwoestingen aan en plunderen de stad en de omgeving.
1641	Het aantal studenten bereikt een historisch dieptepunt van ongeveer 250.
1643	Januari: Johannes Musäus wordt benoemd tot hoogleraar geschiedenis en poëzie aan de universiteit. Als hoogleraar theologie (vanaf 1646) is hij een van de pioniers van de vroege Verlichting in Jena. 17 september: Accijnzen op drank en graan stijgen snel door de invoering van een accijns.
vanaf 1644	De lasten als gevolg van de inkwartiering en de doortocht van troepen nemen af en de stad begint zich langzaam te herstellen.
1646	December: Adam Struve wordt benoemd tot professor in de rechten in Jena. Zijn onderwijs- en onderzoeksactiviteiten, die duren tot zijn dood in 1692 en worden onderbroken door activiteiten voor de Ernestijnse rechtbanken - van 1680 tot 1690 beheert hij bijvoorbeeld de voogdijzaken in Saksen-Jena - leiden ertoe dat de rechtenfaculteit van Jena zich aansluit bij de moderne juridische ontwikkelingen in Duitsland.
1650	Een "Teutscher Schreib- und Rechenmeister", die leerlingen elementair Duits schrijven en rekenen leert in een klas die voorafgaat aan de Ratsschule, wordt voor het eerst gedocumenteerd. 6 februari: Een hertogelijk patent verleent kwijtschelding van belasting aan iedereen die zijn tijdens de oorlog verwoeste of verlaten huizen en boerderijen weer in bezit neemt en herbouwt. 19/20 augustus: Het einde van de Dertigjarige Oorlog wordt gevierd met een groot vredesfeest na de terugtrekking van de Zweedse bezetting uit Erfurt.
1653	16 juli: Erhard Weigel, pas benoemd tot hoogleraar wiskunde aan de alma mater, geeft zijn inaugurele lezing. Weigel - die tot zijn dood in 1699 in Jena doceert - levert ook belangrijke bijdragen als astronoom, filosoof en didacticus. Als een van de populairste academische leraren in Duitsland speelde hij een beslissende rol in de snelle toename van het aantal studenten in Jena in de daaropvolgende jaren, met soms meer dan 1000 studenten.
1655	13 oktober: De Saale brug bij Camsdorf, die tijdens de Dertigjarige Oorlog meerdere malen zwaar beschadigd werd, wordt volledig herbouwdonder leiding van de Weimar bouwmeester Johann Moritz Richter. Tot dan toe was het alleen mogelijk om de Saale over te steken via tijdelijke houten bruggen.
1656	5 januari: Johann Andreas Bose wordt benoemd tot hoogleraar in Jena, die voor het eerst uitsluitend voor geschiedenis wordt aangesteld.
1657	28 november: De papiermaker Joachim Heinrich Schmidt krijgt als nieuwe eigenaar van de "Nasenmühle" in Mühltal het privilege om een papierfabriek te exploiteren.
1659	31 januari: In opdracht van hertog Wilhelm IVvan Weimar wordt begonnen met de verbouwing en verdere uitbreiding van kasteel Jena . Het is grotendeels voltooid in 1661 onder leiding van Erhard Weigel.
1660	Augustus: De opsluiting van drie studenten wegens het overtreden van een mandaat tegen het pennalisme leidt tot rellen die vier levens eisen. De regering in Weimar stuurt het leger naar Jena.
1662	17 mei: Na de dood van hertog Wilhelm IV van Weimar verdelen zijn vier zonen de inkomsten van het land en bepaalde soevereine rechten onder hen. De jongste hertog, Bernhard (geboren 1638), krijgt onder andere het kasteel, de stad en het ambt Jena met Burgau en Lobeda. Bernhard, getrouwd met Maria de la Trémouille uit een voorname Franse calvinistische aristocratische familie , neemt in december zijn intrek in kasteel Jena en richt zijn eigen hof in.
1663	10 juni: De toekomstige polymaat en een van de belangrijkste pioniers van de Verlichting, Gottfried Wilhelm Leibniz, meldt zich als 15-jarige aan bij de Universiteit van Jena om er in het volgende herfstsemester te studeren.
1664	Aan het hof van Jena wordt een hoforkest opgericht onder leiding van Adam Drese, die vanuit Weimar naar Jena is gekomen , als hofdirigent.
1665	Johann Bielcke begint zijn werk als uitgever in Jena. Hij en zijn zoon Johann Felix Bielcke vestigen de faam van Jena als tweede belangrijkste Duitse uitgeverij na Leipzig.
1666	3 juli: Hertog Bernhard doet tegen de wil van het stadsbestuur afstand van de rechtspraak en het konvooi (sinds 1480 eigendom van de stad). De rechtbanken worden al in 1675 teruggegeven, omdat de inkomsten achterblijven bij de verwachtingen.
1668	Een "gilde van brandweerlieden", bestaande uit ongeveer 40 mensen, wordt opgericht om branden te bestrijden.
1669	Op de plaats van het karmelietenklooster, dat in 1642 definitief werd afgebroken endoor de stadsschroniqueur Adrian Beier in zijn in 1672 gepubliceerde "Architectus Jenensis" gedetailleerd wordt beschreven, wordt de herberg "Zum Engel" (ook "Zum goldenen (of gele) Engel") geopend. Bartholomäus Paulßen - stamvader van de later zeer gerespecteerde koopmansfamilie Paulßen - is voor het eerst gedocumenteerd als hofschilder in Jena. Aan de stads- en stiftskerken worden containers voor de opslag van brandweerwagens gebouwd.
1670	Tegenover het kasteel (tegenwoordig: Fürstengraben) wordt het "Ballhaus" gebouwd, dat via een brug over de slotgracht te bereiken is. De nieuwe stadsbrouwerij in de Leutragasse wordt voltooid. De drinkwatervoorziening wordt verbeterd door uitbreiding van het aantal waterleidingen naar de stad en nieuwe bronnen in de Löbdergasse en Jenergasse. De bouw van het "Weigelsche Haus" in de Johannisgasse wordt voltooid. Het huis, waarschijnlijk ontworpendoor Weigel als technisch museum om zijn uitvindingen te demonstreren, is een van de "zeven wonderen" van Jena.
1672	25 juli: De hertogen van Weimar verdelen hun grondgebied onder elkaar. Jena wordt de hoofdstad en residentie van een formeel onafhankelijk hertogdom Saksen-Jena onder hertog Bernhard. Hij richt in Jena een consistorie op als hoogste geestelijke autoriteit voor zijn hertogdom, voor het overige blijven belangrijke soevereine rechten bij Saksen-Weimar.
1674	In de stadskerk wordt de "Prinsenstoel" voor de hertog en zijn familie ingericht. 20 april: Hertog Bernhard verleent de uitgever en boekhandelaar Johann Ludwig Neuenhahn het privilege van het uitgeven van de "Jenaische Wöchentliche Anzeigen", waarvan de opvolger (meest recent: "Jenaische Zeitung") tot 1945 wordt uitgegeven. Herfst: Een kort verblijf in Jenavan de atheïstische godsdienstcriticus Matthias Knutzen is gedocumenteerd. De door hem opgerichte sekte van gewetensbezwaarden zou volgens eigen zeggen talrijke aanhangers in de stad hebben gevonden.
1675	Juli: "Nationalisme" - studentenverenigingen - duikt openlijk op aan de universiteit van Jena en wordt onmiddellijk verboden (hertogelijk verbodsdecreet van 22 juli).
1678	23 april: De aartsdiaken, stadschroniqueur en historicus Adrian Beier sterft (geboren in 1600). Hij schreef de bronnen "Syllabus rectorum et professorum Jenensium", "Geographus Jenensis" en "Architectus Jenensis", die ook vandaag nog belangrijk zijn voor de geschiedenis van de stad en de universiteit. 3 mei: Hertog Bernhard van Saksen-Jena overlijdt. Zijn minderjarige zoon en opvolger Johann Wilhelm staat afwisselend onder voogdij van de hertogelijke huizen Eisenach en Weimar. Het hof in Jena wordt grotendeels ontbonden.
1683	Caspar Sagittarius (jr.), hoogleraar geschiedenis, laat de "Roos" renoveren en laat de stenen rozenstruik (waarvan vandaag de dag nog steeds een kopie bestaat) installeren als gedenkteken "als ornament voor de universiteit".
1686	De jurist Matthias Bieler krijgt een hertogelijk privilege als "algemeen postmeester" in Jena. 18 augustus: De eerste steen wordt gelegd voor een nieuwe kerk op het kerkhof, die wordt gebouwdonder leiding van Johann Mützel, die later als bouwmeester aan alle Ernestijnse hoven werkt.
1688	Erhard Weigel richt in zijn huis een experimenteer- en opleidingsschool ("deugdschool") op om de door hem ontwikkelde pedagogische principes in de praktijk te testen.
1689	Een volkstelling onthult een totaal van 1.098 studenten in de stad.
1690	Johann Nikolaus Bach (geb. 1753), een lid van de Bach familie, wordt organist in Jena. Hij ontpopt zich ook als componist, orkestleider en instrumentmaker. 4 november: Hertog Johann Wilhelm van Saksen-Jena sterft op 15-jarige leeftijd aan een infantiele bloeding. Met hem sterft de hertogelijke familie Jena uit.
1691	12 juli: De huizen Saksen-Eisenach en Saksen-Weimar verdelen de erfenis van het hertogdom Saksen-Jena. De stad en het ambt van Jena vallen dan toe aan Eisenach.
1693	16 februari: De nieuwe grafkerk op het Johannis kerkhof wordt ingewijd als Johann-Georgs-Kirche (later Garnisonskirche of Friedenskirche).
1697	7 juni: De nieuwe kerk bij het Jakobsspital in de Nollendorfer Vorstadt wordt ingewijd (Spittelkirche of Juliane-Christiane-Kirche; afgebroken in 1908).