Voor 1200

eind 7e / begin 8e eeuw	Vondsten van menselijke botten bewijzen dat het gebied rond de huidige Sint-Michielskerk werd gebruikt als begraafplaats.
Tussen 780 en 802	Isserstedt wordt genoemd in een lijst van schenkingen aan het klooster Fulda als de eerste nederzetting die behoort tot de huidige stad.
tussen 896 en 899	De plaatsnaam "Iani" wordt vermeld in een tiendenregister van het klooster Hersfeld. De plaatsnaam, die kan worden afgeleid van Indo-Europese/Germaanse wortels (ruwweg: "gebied bij de rivieroversteek"), verwijst hoogstwaarschijnlijk naar het huidige Jena, dat aan een doorwaadbare plaats in de Saale ligt en wordt aangedaan door transportroutes uit de omgeving van Erfurt.
937	20 december: Het koninklijke kasteel "Chirihberg" ("Kirchberg") op de plaatselijke heuvel ten oosten van Jena wordt genoemd. De gelijknamige kerk is de vroegste vermelding van een bedehuis in de omgeving van Jena.
974	20 juni: Keizer Otto II verblijft op Kirchberg, wat het bestaan van een koninklijk of keizerlijk paleis suggereert.
vóór 1100	De eerste voorganger van St. Michael wordt gebouwd als een kleine romaanse hallenkerk.
rond 1100	De bouw van een tweede kasteel op de Hausberg (Kirchberg II), eigendom van de Wettin markgraven van Meissen, begint. De donjon, een bewaard gebleven bouwwerk dat bekend staat als de "Fuchsturm", is een van de "zeven wonderen" van Jena.
1145	15 augustus: De vermelding van een Folmarus de Gene ("Volmar von Jena") als getuige in een document van de aartsbisschop van Mainz is een tweede vermelding van Jena.
1149	30 november: De adellijke familie van de burggraven van Kirchberg wordt voor het eerst genoemd als beheerders van de keizerlijke bezittingen in Kirchberg.
rond 1150	Begin van de bouw van de oudste delen van de Romaanse Johanneskerk (in de latere voorstad Leutra).
1156	De in 1257 uitgestorven adellijke familie van de Greif(en)berger wordt voor het eerst genoemd. Een kasteel op de Hausberg aan de westelijke punt vormt het centrum van hun domein. Het dorp Lobeda wordt voor het eerst genoemd (onzeker).
1158	1 januari: Jenzig ("montem genzege") en Gleissberg ("montem Glizberch") verschijnenin een document van Frederik Barbarossa.
1166	De documentaire vermelding van de broers Hartmann en Otto von Lobdeburg (Lofdeburch) wijst op het bestaan van kasteel Lobdeburg als de nieuwe voorouderlijke zetel van de adellijke familie (de "Lobdeburgers") die vanuit Franken naar het midden van de Saale kwam. (Een eerdere vermelding rond 1150 is ook mogelijk). De dynastie had een beslissende invloed op de geschiedenis van Jena in de volgende 150 jaar.
Tussen 1175 en 1200	Er zijn vijf bracteaten bewaard gebleven die in Jena geslagen zijn door de heren van Lobdeburg, waardoor de Lobdeburgers geïdentificeerd kunnen worden als heren van Jena.
1182	16 september: Zwätzen (eerste plaatsnaam) wordt genoemd als een plaats gelegen tussen Dornburg en Jena. Het gebruik van Jena als referentiepunt duidt op een prominente positie in vergelijking met andere nederzettingen. Het document bevat het eerste betrouwbare bewijs van wijnbouw in de buurt van Jena.
1185	Markgraaf Otto van Meissen schenkt het klooster Altzelle onder andere een tiende van een wijngaard aan de Jenzig.
Rond 1200	Het nederzettingsgebied van Jena wordt (her)gebouwd volgens een funderingsplan. Er ontstaat een regelmatig systeem van lengte- en dwarsstraten, dat vandaag de dag nog gedeeltelijk in het stadscentrum is terug te vinden. De heren van Lobdeburg waren de drijvende en organiserende kracht. Vanaf het midden van de 13e eeuw wordt de opkomende stad onderverdeeld in verschillende sublinies van de Lobdeburgers, uiteindelijk (1290) volgens de vier stadsdistricten.