XIII wiek

po 1200 r.	Powstaje drugi romański poprzednik kościoła św. Michała, którego ukończenie można datować na drugą ćwierć XIII wieku.
1216	Wzmianka o członkach rodziny szlacheckiej o nazwisku Wöllnitz.
1218	Wieś Löbstedt zostaje po raz pierwszy wymieniona w dokumencie.
1223	29 września: Pierwsza wzmianka o wsi Lichtenhain.
Między 1225 a 1240 r.	Niedatowany dokument, który został przekazany w późniejszej kopii, odnosi się do "cives" (obywateli) Jeny, co dowodzi, że wieś została podniesiona do rangi miasta.
1227	Kunitz jest wspomniany po raz pierwszy.
1228	28 listopada: Kościół św. Piotra w Lobedzie zostaje nazwany kościołem parafialnym z własnym okręgiem parafialnym. Kaplice w Ammerbach (pierwsza wzmianka o mieście), Jägersdorf, Schlöben i (Schön-)Gleina oraz Kirchberg są przypisane do niego jako filie.
1235	Zwätzen jest wymieniane jako siedziba komtura okręgowego zakonu krzyżackiego baliwatu Turyngii i Saksonii.
około 1237 r.	Drewniana rzeźba św. Michała, patrona kościoła i miasta Jeny, zostaje wykonana przez rzeźbiarza z warsztatu katedralnego w Bambergu.
1252	20 marca: Wzmianka o wikariuszu (pomocniku duchownego) pracującym w Jenie jest dowodem na istnienie parafii w Jenie.
1254	15 lipca: Udokumentowano istnienie miejskiego nauczyciela. Szkoła znajduje się w podziemiach zachodniej wieży kościoła miejskiego. W kolejnych latach kilkakrotnie zmienia swoją lokalizację.
1255	13 maja: Pierwsza wzmianka w dokumencie o wsi Münchenroda.
1257	1 czerwca: Wenigenjena ("parvo geine") zostaje po raz pierwszy wymieniona w dokumencie. 31 października: Pierwsza konkretna wzmianka o Burgau (nad Saale).
1259	14 lipca: Wioska Maua pojawia się w dokumencie po raz pierwszy. 24 lipca: Ziegenhain po raz pierwszy pojawia się w dokumencie. 24 lipca : rzemieślnicy z Jeny, Albus i Martinus Pistor (piekarze), zostają po raz pierwszy wymienieni z nazwiska.
przed 1274	Urząd mincerza zostaje przekazany przez panów miejskich Lobdeburga przedstawicielowi mieszkańców Jeny.
1275	24 września: Pierwsza wzmianka o istnieniu rady miejskiej składającej się z ośmiu "consules Genenses".
1278	Udokumentowany akt prawny sugeruje, że prawo frankijskie przeważa w domenie Lodeburgów.
1279	Zamek "Wind(t)berg" jest wymieniany w dokumentach jako siedziba burgrabiów Kirchberg. Wraz z tym zamkiem, prawdopodobnie zbudowanym krótko po 1200 r., dwoma zamkami Kirchberg i zamkiem Greifberg, Hausberg miał cztery zamki w XIII wieku.
1280	29 września: Wieś Drackendorf zostaje po raz pierwszy wymieniona w dokumencie.
1282	31 grudnia: ksiądz z Jeny (Ridgerus = Rüdiger) zostajepo raz pierwszy wymieniony z imienia.
1284	25 lipca: Lobeda po raz pierwszy pojawia się w dokumentach jako miasto ("civitas").
1286	Założenie klasztoru dominikanów w północno-zachodnim narożniku miasta.
1288	Najstarsza zachowana kopia pieczęci miejskiej jest dołączona do dokumentu z tego roku.
1298	Wzmianka o papierni przy wejściu do doliny Mühltal (jako "Nasenmühle").
Między 1290 a 1300 r.	Wettinowie nabywają dzielnicę Jeny przez małżeństwo z lobdeburską linią Arnshaugk.