Przed 1200

koniec VII / początek VIII wieku	Znaleziska ludzkich kości dowodzą, że obszar wokół dzisiejszego kościoła św. Michała był używany jako miejsce pochówku.
Między 780 a 802 rokiem	Isserstedt jest wymienione na liście darowizn na rzecz klasztoru Fulda jako pierwsza osada należąca do dzisiejszego miasta.
między 896 a 899	Nazwa miejscowości "Iani" jest wymieniona w rejestrze dziesięcin klasztoru Hersfeld. Nazwa miejscowości, która może wywodzić się z indoeuropejskich/germańskich korzeni (w przybliżeniu: "obszar przy przeprawie przez rzekę"), najprawdopodobniej odnosi się do dzisiejszej Jeny, która leży na brodzie Saale i jest dotykana przez szlaki transportowe z okolic Erfurtu.
937	20 grudnia: Wzmianka o zamku królewskim "Chirihberg" ("Kirchberg") na lokalnym wzgórzu na wschód od Jeny. Tytułowy kościół jest najwcześniejszą wzmianką o miejscu kultu w rejonie Jeny.
974	20 czerwca: Cesarz Otton II zatrzymuje się na Kirchbergu, co sugeruje istnienie pałacu królewskiego lub cesarskiego.
przed 1100 r.	Pierwszy poprzednik kościoła św. Michała zostaje zbudowany jako mały romański kościół halowy.
około 1100 r.	Rozpoczyna się budowa drugiego zamku na wzgórzu Hausberg (Kirchberg II), należącego do margrabiów Wettinów z Miśni. Warownia, zachowana pozostałość strukturalna znana jako "Fuchsturm", jest jednym z "siedmiu cudów" Jeny.
1145	15 sierpnia: Wymienienie Folmarusa de Gene ("Volmar von Jena") jako świadka w dokumencie arcybiskupa Moguncji stanowi drugą wzmiankę o Jenie.
1149	30 listopada: Szlachecka rodzina burgrabiów z Kirchbergu zostaje po raz pierwszy wymieniona jako zarządcy majątku cesarskiego w Kirchbergu.
około 1150 r.	Rozpoczyna się budowa najstarszych części romańskiego kościoła św. Jana (na późniejszych przedmieściach Leutry).
1156	Pierwsza wzmianka o szlacheckim rodzie Greif(en)berger, który wymarł w 1257 roku. Zamek na górze Hausberg na jej zachodnim krańcu stanowi centrum ich domeny. Wioska Lobeda jest wymieniona po raz pierwszy (niepewne).
1158	1 stycznia: Jenzig ("montem genzege") i Gleissberg ("montem Glizberch") pojawiają sięw dokumencie Fryderyka Barbarossy.
1166	Dokumentalna wzmianka o braciach Hartmannie i Ottonie von Lobdeburg (Lofdeburch) wskazuje na istnienie zamku Lobdeburg jako nowej rodowej siedziby szlacheckiej rodziny ("Lobdeburgers"), która przybyła do środkowego Saale z Frankonii. (Możliwa jest również wcześniejsza wzmianka około 1150 roku). Dynastia ta miała decydujący wpływ na historię Jeny w ciągu następnych 150 lat.
Między 1175 a 1200 r.	Zachowało się pięć brakteatów wybitych w Jenie przez panów Lobdeburga, identyfikując w ten sposób Lobdeburgów jako panów Jeny.
1182	16 września: Zwätzen (pierwsza nazwa miejscowości) jest wspomniana jako miejscowość położona między Dornburgiem a Jeną. Użycie Jeny jako punktu odniesienia wskazuje na znaczącą pozycję w porównaniu z innymi osadami. Dokument zawiera pierwsze wiarygodne dowody uprawy winorośli w pobliżu Jeny.
1185	Margrabia Otto z Miśni przyznaje klasztorowi Altzelle między innymi dziesięcinę z winnicy w Jenzig.
Około 1200 r.	Obszar osadniczy Jeny zostaje (ponownie) zbudowany zgodnie z planem fundamentów. Powstaje regularny system podłużnych i poprzecznych pasów ruchu, który do dziś można częściowo prześledzić w centrum miasta. Władcy Lobdeburga byli siłą napędową i organizacyjną. Od połowy XIII wieku powstające miasto zostało podzielone między różne linie Lobdeburgów, ostatecznie (1290) zgodnie z czterema dzielnicami miasta.