XVI wiek

1504	19 grudnia: Konrad Stein z Jeny, kanonik Erfurtu, ofiarowuje kaplicę Marii Magdaleny przed młynem beczkowym w pobliżu szpitala, aby pomieścić pielgrzymów.
1506	Wraz z zakończeniem prac przy sklepieniu nawy głównej, prace budowlane przy kościele miejskim św. Michała zostały zasadniczo zakończone, z wyjątkiem budowy wieży.
1509	30 lipca: Wzmianka o gospodzie "vor dem Lobderthore", poprzedniczce "Roter Hirsch" ("Zum Roten Hirsch").
1511	Porządek klasztoru św. Michała wymienia łącznie 16 ołtarzy w kościele św. Michała.
1518	Zagraniczny mnich naprawia organy w kościele miejskim.
1521	15 czerwca: Thomas Müntzer pisze do sędziego miejskiego w Jenie i radnego Michaela Ganßau, co wskazuje, że Müntzer miał wpływ na wczesny ruch reformacyjny w Jenie . 24/25 grudnia: Martin Reinhart, kaznodzieja w kościele miejskim, podaje komunię pod obiema postaciami trzem obywatelom w Boże Narodzenie, co może być postrzegane jako pierwsza wskazówka, że reformacja jest w toku.
1522	4/5 marca: Marcin Luter spędza noc w gospodzie "Schwarzer Bär" jako Junker Jörg podczas swojej podróży z zamku Wartburg do Wittenbergi. Sierpień: Reinhart i jego zwolennicy napadają na klasztor dominikanów. Następują dalsze brutalne działania przeciwko klasztorom w Jenie.
1523	Reformacja w Jenie charakteryzuje się radykalnym ruchem reprezentowanym przez Andreasa Karlstadta, który pracował jako pastor w Orlamünde , a zwłaszcza przez jego ucznia Reinharta. Michael Buchführer, który pracował w Jenie w latach 1523/24 , drukował pisma Karlstadta i jego zwolenników, omijając cenzurę .
1524	20 sierpnia: Rada konfiskuje majątek mnichów karmelitańskich i przekazuje go ratuszowi. 22 sierpnia: Luter wygłasza kazanie w kościele św. Michała przeciwko Karlstadtowi i jego zwolennikom, a następnie polemizuje z nim w "Czarnym Niedźwiedziu". Wrzesień/październik: Karlstadt i Reinhart zostają wydaleni z kraju. Anton Musa, nowo mianowany kaznodzieja w Jenie , kontynuuje reformację w duchu Lutra.
1525	30 kwietnia: Powstańczy chłopi i mieszczanie plądrują dwory w pobliżu Drackendorf i Lobeda. 3 maja: Klasztor karmelitów w Jenie, a kilka dni później klasztor dominikanów, zostaje zaatakowany, obrabowany i częściowo zniszczony. Oba klasztory pozostają zamknięte po zakończeniu powstania. Klasztor cysterek, który został oszczędzony przez powstańców, służy jako schronienie dla kilku pozostałych zakonnic aż do śmierci ostatniej z nich w 1564 r., ale nie może już przyjmować nowych zakonnic. 22 czerwca: Podczas kampanii karnej elektora Johanna przeciwko zbuntowanym chłopom, dwudziestu buntowników z Jeny i okolic zostało straconych mieczem na rynku w Jenie. Grudzień: Rada miejska i klasztor św. Michała zawierają umowę, na mocy której mianowanie pastorów i zewnętrzna organizacja opieki duszpasterskiej stają się sprawą miasta.
1526	Rozpoczyna się tworzenie "wspólnego funduszu" na opłacenie duchowieństwa i ogólne finansowanie nowego kościoła i systemu szkolnictwa, a także opieki nad ubogimi. Następnie przeznacza się na nią część wcześniejszych dochodów klasztoru lub sprzedanego majątku klasztornego.
1527	Wizytacje kościoła zarządzone przez władcę ostatecznie wymuszają reformację w wioskach wokół Jeny. 17 sierpnia: Anton Musa zostaje oficjalnie mianowany proboszczem Jeny, którą to funkcję pełni do 1536 roku. Jednocześnie zostaje mianowany superintendentem dla Jeny, Bürgel i Eisenberg.
od 1529 r.	System szkolnictwa zostaje zreorganizowany, a budynek szkolny zostaje umieszczony w dawnym domu zakonnic za kościołem miejskim. Po raz pierwszy udokumentowano istnienie szkoły dla dziewcząt, w której nauczano elementarnej wiedzy z zakresu pisania, religii i "kobiecych rzemiosł".
1534	Rozpoczyna się budowa "Fürstenkeller". Ogromna sklepiona piwnica jest początkowo wykorzystywana do przechowywania wina, do którego władcy mają prawo w ramach podatku. 24 maja: Na Landfeste odbywa się pierwsze publiczne strzelanie do ptaków.
1535	25 lipca: Z powodu szalejącej w Wittenberdze zarazy Uniwersytet Wittenberski przenosi się na trzy czwarte roku do Jeny i zamieszkuje w pustym dawnym klasztorze dominikanów.
1536	26 stycznia: Trzech anabaptystów z okolic Orlamünde zostaje straconych w twierdzy. Maj: Beczki z nielegalnie warzonym piwem zostają rozbite w wiosce Löbstedt, aby zabezpieczyć przywileje miasta w zakresie warzenia i serwowania piwa ("wojny piwne").
1540	Elektor Johann Friedrich wydaje nowe prawa miejskie, które oprócz ogólnych przepisów dotyczących zarządzania miastem zawierają liczne rozporządzenia o charakterze cywilnym, policyjnym i karnym.
1542	Według tureckiego rejestru podatkowego Jena liczy około 4300 mieszkańców.
1546	17 grudnia: Podczas wojny szmalkaldzkiej Jena składa hołd księciualbertyńskiemu Moritzowi, jednemu z przeciwników elektora Johanna Friedricha, w obawie przed atakiem .
1547	19 maja: W wyniku porażki w wojnie szmalkaldzkiej Johann Friedrich traci godność elektora i około dwóch trzecich swojego terytorium, w tym miasto uniwersyteckie Wittenberga, w "kapitulacji wittenberskiej". 24 czerwca: W drodze do cesarskiej niewoli Jan Fryderyk spotyka się ze swoim najstarszym synem w pobliżu Jeny, aby omówić kolejne kroki w celu zabezpieczenia rządów Ernestyny. Obejmuje to założenie nowego uniwersytetu dla utraconego miasta Wittenberga. 10 lipca: Filip Melanchton otrzymuje od władców Ernestii zlecenie napisania ekspertyzy na temat założenia nowego uniwersytetu państwowego. Faworyzuje Jenę jako lokalizację.
około 1548 r.	Ukończono budowę Burgkeller, reprezentacyjnego budynku w stylu renesansowym na wschodnim krańcu Johannisstraße, bezpośrednio obok kościoła miejskiego św. Czasami nazywana "Ratskeller", gospoda staje się ulubionym miejscem odwiedzin bractwa (bractw) po 1815 roku i zostaje zniszczona w 1945 roku.
1548	19 marca: W Jenie zostaje otwarte "gimnazjum akademickie" w kompleksie budynków dawnego klasztoru dominikanów jako wstępny etap nowego uniwersytetu. Pierwszym rektorem zostaje retor i poeta Johann Stigel. Obok niego w nowej instytucji edukacyjnej uczy teolog i filozof Victorin Strigel, podobnie jak Stigel uczeń Melanchtona. 19 czerwca: Wydany zostaje pierwszy statut Gimnazjum Akademickiego w Jenie.
1549	Wrzesień: Po tymczasowym przechowywaniu w Weimarze, większość prywatnej biblioteki Ernestynów zostaje przeniesiona do Jenypod kierownictwem bibliotekarza Antona Heuglina i tworzy kamień węgielny biblioteki uniwersyteckiej jako "Bibliotheca electoralis". Jednym z jej najcenniejszych tytułów jest "Jenaer Liederhandschrift", zbiór średnio-wysoko-niemieckich hymnów napisanych w pierwszej trzeciej XIV wieku w północno-środkowych lub północnych Niemczech.
1552	24 września: Były elektor Johann Friedrich, uwolniony z cesarskiej niewoli , składa hołd w Jenie. Ernestyńska historiografia wkrótce przenosi miejsce spotkania Johanna Friedricha z przedstawicielami obywateli Jeny do źródła Pennickenbach ("Fürstenbrunnen"), tworząc w ten sposób pomnik historii dynastii i reformacji na nadchodzące stulecia.
1553	30 listopada: Po podjęciu przez Ernestynów decyzji o wydrukowaniu dzieł reformatora w Jenie pod kierownictwem powiernika Lutra , GeorgaRödingera, w konkurencji z wydaniem w Wittenberdze, w dawnym klasztorze karmelitów zostaje założona prasa drukarska, a Christian Rödinger otrzymuje przywilej drukowania.
1554	22 lipca: Położenie kamienia węgielnego pod rzeźnię miejską cechu rzeźników w Jenie przy Löbdergraben. 16 sierpnia: suweren przyznaje przywilej na prowadzenie apteki miejskiej. Jesień: Mianowanie Basiliusa Monnera ( prawo) i Johanna Schrötera (medycyna) kładzie kamień węgielny pod wydział prawa i medycyny w szkole średniej w Jenie.
1555	Ukazuje się pierwszy tom jenajskiego wydania Lutra; do 1558 r. dostępnych jest osiem tomów niemieckich i cztery łacińskie.
1556	27 sierpnia: Budowa wieży kościoła św. Michała zostaje w dużej mierze ukończona wraz z dodaniem iglicy.
1557	Drukarz jenajskiego wydania Lutra, Christian Rödinger, publikuje"Magnifikat octo tonorum" Johanna Waltera, pierwszy drukowany utwór muzyczny w Jenie. Miasto pozostaje jednym z głównych ośrodków druku muzycznego w świecie niemieckojęzycznym do końca XVII wieku. 27 kwietnia: Mianowanie Matthiasa Flaciusa Illyricusa, znanego z ordynarnych ataków na swoich przeciwników , profesorem teologii w Liceum w Jenie ugruntowuje jego reputację jako miejsca "ścisłego (czystego) luteranizmu". 15 (31) sierpnia: Cesarz Ferdynand I podpisuje przywileje dla Uniwersytetu w Jenie.
1558	2 lutego: Uniwersytet w Jenie zostaje uroczyście otwarty w obecności książąt Ernestynów. Pierwszym rektorem zostaje lekarz Johann Schröter. Schröter zakłada drugą aptekę w swoim domu przy Löbdergasse ("Schroetersburg").
1561	Uniwersytet nabywa "posiadłość Rosenhain" przy Johannisgasse. "Kompleks Rosen" między Johannisgasse i Fürstengraben zostaje utworzony jako druga siedziba uniwersytetu obok dawnego klasztoru dominikanów, który zostaje ponownie poświęcony jako "Collegium Jenense". Philipp von Herden, jeden z najbogatszych obywateli Jeny, zostaje udokumentowany jako właściciel gospody "Zur Sonne" na rynku. 10 grudnia: Impeachment Matthiasa Flaciusa i jego zwolenników oraz ich późniejsze wydalenie z kraju oznacza koniec zaciekłych sporów teologicznych na uniwersytecie. Osiągnęły one punkt kulminacyjny w latach 1559/60 wraz z tymczasowym uwięzieniem Victorina Strigela, głównego przeciwnika Flaciusa.
1564	Kaplica szpitala św. Mikołaja zostaje przekształcona w szpital studencki (zburzony w 1784 r.). 14 kwietnia: Miasto i uniwersytet osiągają porozumienie w sprawie kondygnacji. Tylko domy profesorów, które sami zajmują, są zwolnione z podatku. Ogólnie rzecz biorąc, większość przywilejów obywateli akademickich pozostaje nietknięta.
1565	Powstaje społeczność muzyczna obywateli i studentów, "Societas musicalis", znana od 1595 r. jako "Collegium musicum".
1566	1 września: Trybunał Sprawiedliwości, najwyższy sąd Ernestynów, przenosi się do nowej siedziby w Jenie i zbiera się tu po raz pierwszy. "Jenaer Schöppenstuhl" istnieje również jako komisja ekspertów prawnych, złożona z członków uniwersyteckiego Wydziału Prawa. Przywilej wydawania ekspertyz dla Wydziału Prawa został przyznany uniwersytetowi w cesarskim akcie założycielskim z 1558 roku.
1569	7 marca: Konsystorz Ernestynów jako duchowy autorytet państwa zostaje przeniesiony do Jeny i ma tu swoją siedzibę do 1612 r.
1570	21 maja: Uniwersytecki pub "Zur Rosen" otrzymuje suwerenny przywilej nieopodatkowanego serwowania wina i piwa ("Rosenprivileg") członkom uniwersytetu.
1571	Nagrobek Marcina Lutra z brązu , prawdopodobnie odlany w latach 1548/49 według projektu Łukasza Cranacha Starszego, zostaje umieszczony w kościele św. Opublikowano pierwszy widok miasta Jeny, miedzioryt Johanna Mellingera (rektora szkoły łacińskiej w Jenie od 1569 r.).
1586	W Collegium Jenense zostaje założony ogród botaniczny dla studentów medycyny (drugi najstarszy naukowy ogród botaniczny w Niemczech).
1587	Jesień: Wraz z powołaniem Wolfganga Heidera na stanowisko profesora dialektyki i etyki (później moralności i polityki), filozofia staje się niezależną dyscypliną akademicką na Uniwersytecie w Jenie.
1590	27 sierpnia: Zachował się regulamin cechowy dla piekarzy, zastępujący przepisy z początku XV i XVI wieku, które nie przetrwały. Wymienia on 23 piekarnie w Jenie.
1594	Kościół klasztoru dominikanów, zdewastowany w 1525 r., zostaje odrestaurowany jako kolegiata (kościół uniwersytecki). Rzeźbiarz i mistrz budowlany Nikolaus Theiner (Starszy)z Lobedy projektuje renesansowy grobowiec dla Andreasa i Kathariny Schrot na cmentarzu św.
1596	"Haus im Sack" zostaje zbudowany jako rezydencja garbarza i dom rzemieślnika przy Oberlauengasse.