XVII wiek

1606	Na Unterlauengasse zostaje zbudowany "Platanenhaus" jako dom i dom rzemieślniczy garbarza.
1610	23 grudnia: Po raz pierwszy uniwersytet wydaje mandat przeciwko tzw. pennalizmowi. Podporządkowanie studentów pierwszego roku starszym kohortom studentów, egzekwowane przez upokarzające procedury, oraz walka władz uniwersyteckich i państwowych z tym zjawiskiem jest charakterystyczną cechą historii uniwersytetów w XVII wieku.
1613	29/30 maja: "Potop Turyński", wyjątkowo stacjonarna burza z piorunami, której towarzyszy ulewny deszcz, powoduje poważne zniszczenia w Jenie i okolicach.
1616	Johann Gerhard, jeden z najważniejszych przedstawicieli ortodoksji luterańskiej, zostaje profesorem na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu w Jenie i kieruje jego rozwojem aż do swojej śmierci w 1637 roku.
1619	Wilhelm Kreußler, założyciel szeroko rozgałęzionej dynastii mistrzów szermierki, która charakteryzuje szermierkę studencką w Niemczech do początku XIX wieku, przybywa do Jeny jako mistrz szermierki.
1620	2 marca: Książę Weimaru otwarcie staje po stronie elektora Palatynatu, który zostaje wybrany na króla Czech, pogrążając tym samym swój kraj w początkach wojny trzydziestoletniej.
1621	Zachowały się kawałki kreuzera z monety wywrotki bitej przez książąt weimarskich w Burgau. 1623 Gorsze miedziane monety zostają zdyskredytowane w całym kraju.
1623	Ukazuje się"Kolekcja Großmanna", opracowanie 116. psalmu z Biblii autorstwa 16 znanych kompozytorów ze środkowych Niemiec, zainicjowane i sfinansowaneprzez arystokratę z Jeny Burckharda Großmanna.
1625	Książęta Weimaru nakazują naprawę murów miejskich i przenoszą żołnierzy do Jeny.
1626	Jesień: w Jenie szaleje zaraza.
1628	Pedagog reform Wolfgang Ratke (Ratichius), który opowiada się m.in. za używaniem języka niemieckiego w szkołach i na uniwersytetach, przebywa w Jenie kilkakrotnie do 1631 r. i promuje swoje propozycje reform, nie spotykając się jednak z dużym poparciem. 3 września: Rada miejska Jeny skarży się rządowi stanowemu na niezwykle wysokie obciążenia podatkowe spowodowane wojną i obciążenia finansowe związane z ciągłym kwaterowaniem.
1629	Luty: Werner Rolfinck przyjmuje nominację na Wydział Medyczny Uniwersytetu w Jenie, gdzie reprezentuje przedmioty chirurgii, anatomii, botaniki i (później) jatrochemii. Stał się sławny dzięki publicznym sekcjom ciał straconych ludzi w Theatrum anatomicum (wieży anatomicznej), którą założył. Pod jego kierownictwem ogród botaniczny w pobliżu wieży anatomicznej został znacznie powiększony.
1632	Październik: Po raz pierwszy podczas wojny trzydziestoletniej w Jenie kwateruje duża liczba żołnierzy.
1633	Marzec: Przekazanie uniwersytetowi dwóch świeckich posiadłości feudalnych, dworu Remda i dworu Apolda, znacznie poprawia jego zasoby finansowe.
1636	od sierpnia: W Jenie opłakiwanych jest około 500 ofiar zarazy.
1637	3 lutego: Szwedzkie oddziały uciekają przed wojskami cesarskimi przez Jenę. Aby zabezpieczyć swój odwrót, burzą ostatni łuk mostu Saale do Camsdorf, zabijając 36 osób - głównie cywilów wezwanych do prac rozbiórkowych. 5/6 lutego: Następuje generalne plądrowanie przez wojska cesarskie. Większość budynków miejskich i prywatnych zostaje uszkodzona, a akta rady zostają prawie całkowicie zniszczone. 24 lutego: Znany prawnik i publicysta cesarski Dominicus Arumaeus umiera w wyniku znęcania się nad nim przez żołnierzy.
1639	Kroniki donoszą o poważnym głodzie ("Wielu zmarło z głodu na ulicach i w domach"). Marzec: Szwedzkie wojska plądrują miasto.
1640	Marzec/grudzień: Wojska szwedzkie i francuskie ponownie kwaterują, powodując poważne zniszczenia i grabieże w mieście i jego okolicach.
1641	Liczba studentów osiągnęła najniższy w historii poziom około 250.
1643	Styczeń: Johannes Musäus zostaje mianowany profesorem historii i poezji na uniwersytecie. Jako profesor teologii (od 1646 r.) jest jednym z pionierów wczesnego oświecenia w Jenie. 17 września: Akcyza na napoje i zboże gwałtownie wzrasta z powodu wprowadzenia podatku akcyzowego.
od 1644 r.	Obciążenia spowodowane kwaterunkiem i przejściem wojsk zmniejszają się, a miasto powoli zaczyna się odradzać.
1646	Grudzień: Adam Struve zostaje mianowany profesorem prawa w Jenie. Jego działalność dydaktyczna i badawcza, która trwa do jego śmierci w 1692 r. i jest przerywana działalnością na rzecz sądów Ernestine - na przykład od 1680 do 1690 r. zarządza sprawami opiekuńczymi w Saksonii-Jenie - prowadzi do tego, że Wydział Prawa w Jenie dołącza do nowoczesnego rozwoju prawa w Niemczech.
1650	Po raz pierwszy udokumentowany zostaje "Teutscher Schreib- und Rechenmeister", który uczy uczniów elementarnego niemieckiego pisania i arytmetyki w klasie poprzedzającej Ratsschule. 6 lutego: Patent książęcy przyznaje umorzenie podatków wszystkim, którzy odkupią i odbudują swoje domy i gospodarstwa zniszczone lub opuszczone podczas wojny. 19/20 sierpnia: Koniec wojny trzydziestoletniej jest świętowany wielkim świętem pokoju po wycofaniu szwedzkiej okupacji z Erfurtu.
1653	16 lipca: Erhard Weigel, nowo mianowany profesor matematyki na macierzystej uczelni, wygłasza wykład inauguracyjny. Weigel - który wykłada w Jenie aż do swojej śmierci w 1699 roku - ma również znaczący wkład jako astronom, filozof i dydaktyk. Jako jeden z najpopularniejszych nauczycieli akademickich w Niemczech, odegrał decydującą rolę w szybkim wzroście liczby studentów w Jenie w kolejnych latach, z ponad 1000 studentów w niektórych okresach.
1655	13 października: Most na rzece Saale w pobliżu Camsdorf, który został kilkakrotnie poważnie uszkodzony podczas wojny trzydziestoletniej , zostaje całkowicie odbudowanypod kierunkiem weimarskiego mistrza budowlanego Johanna Moritza Richtera. Do tego czasu przeprawa przez Saale była możliwa tylko przy użyciu tymczasowych drewnianych mostów.
1656	5 stycznia: Johann Andreas Bose zostaje mianowany profesorem w Jenie, który po raz pierwszy zajmuje się wyłącznie historią.
1657	28 listopada: Papiernik Joachim Heinrich Schmidt otrzymuje przywilej prowadzenia papierni jako nowy właściciel "Nasenmühle" w Mühltal.
1659	31 stycznia: Na polecenie księcia Wilhelma IVz Weimaru rozpoczyna się przebudowa i dalsza rozbudowa zamku w Jenie . Zostaje ona w dużej mierze ukończona do 1661 r. pod kierownictwem Erharda Weigla.
1660	Sierpień: Uwięzienie trzech studentów za naruszenie mandatów przeciwko penalizmowi prowadzi do zamieszek, w których giną cztery osoby. Rząd w Weimarze wysyła wojsko do Jeny.
1662	17 maja: Po śmierci księcia Wilhelma IV z Weimaru jego czterej synowie dzielą między siebie dochody z ziemi i pewne prawa suwerenne. Najmłodszy książę, Bernhard (ur. 1638), otrzymuje między innymi zamek, miasto i urząd w Jenie wraz z Burgau i Lobeda. Bernhard, ożeniony z Marią de la Trémouille z wybitnej francuskiej kalwińskiej rodziny arystokratycznej , wprowadza się do zamku w Jenie w grudniu i zakłada własny dwór.
1663	10 czerwca: Przyszły polimata i jeden z najważniejszych pionierów Oświecenia, Gottfried Wilhelm Leibniz, rejestruje się jako 15-latek na Uniwersytecie w Jenie, aby studiować tam w następnym semestrze jesiennym.
1664	Na dworze w Jenie powstaje orkiestra dworska, której dyrygentem zostajeAdam Drese, przybyły do Jeny z Weimaru .
1665	Johann Bielcke rozpoczyna pracę jako wydawca w Jenie. On i jego syn Johann Felix Bielcke sprawiają, że Jena staje się drugim najważniejszym niemieckim ośrodkiem wydawniczym po Lipsku.
1666	3 lipca: Książę Bernhard zrzeka się jurysdykcji i konwoju (należących do miasta od 1480 r.) wbrew woli rady miejskiej. Sądy zostają zwrócone już w 1675 r., ponieważ dochody nie spełniają oczekiwań.
1668	Powstaje "gildia strażaków", składająca się z około 40 osób, do walki z pożarami.
1669	Na miejscu klasztoru karmelitów, który został ostatecznie zburzony w 1642 r. i szczegółowo opisanyprzez kronikarza miasta Adriana Beiera w jego "Architectus Jenensis" opublikowanym w 1672 r., zostaje otwarta gospoda "Zum Engel" (znana również jako "Zum goldenen (lub yellow) Engel"). Bartholomäus Paulßen - protoplasta późniejszej bardzo szanowanej rodziny kupieckiej Paulßen - jest po raz pierwszy udokumentowany jako nadworny malarz w Jenie. Na kościołach miejskich i kolegiackich pojawiają się pojemniki do przechowywania gaśnic.
1670	Naprzeciwko zamku (dziś: Fürstengraben) zostaje zbudowany "Ballhaus", do którego można dotrzeć przez most nad fosą. Na Leutragasse zostaje ukończony nowy browar miejski. Zaopatrzenie w wodę pitną poprawia się dzięki zwiększeniu liczby rur doprowadzających wodę do miasta i nowym studniom na Löbdergasse i Jenergasse. Ukończono budowę "Weigelsche Haus" przy Johannisgasse. Dom, prawdopodobnie zaprojektowanyprzez Weigla jako muzeum techniczne do prezentacji jego wynalazków, jest jednym z "siedmiu cudów" Jeny.
1672	25 lipca: Książęta Weimaru dzielą swoje terytorium między siebie. Jena staje się stolicą i rezydencją formalnie niezależnego księstwa Saksonii-Jeny pod rządami księcia Bernharda. Ustanawia on konsystorz w Jenie jako najwyższą władzę duchową dla swojego księstwa, poza tym ważne suwerenne prawa pozostają w Saksonii-Weimarze.
1674	W kościele miejskim zostaje ustawione "krzesło książęce" dla księcia i jego rodziny. 20 kwietnia: Książę Bernhard przyznaje wydawcy i księgarzowi Johannowi Ludwigowi Neuenhahnowi przywilej wydawania "Jenaische Wöchentliche Anzeigen", którego następcy (ostatnio: "Jenaische Zeitung") są wydawani do 1945 roku. Jesień: Udokumentowanokrótki pobyt w Jenieateistycznego krytyka religii Matthiasa Knutzena. Według jego własnych oświadczeń, założona przez niego sekta sprzeciwiających się sumieniu znalazła w mieście wielu zwolenników.
1675	Lipiec: "Nacjonalizm" - stowarzyszenia studenckie - pojawia się otwarcie na Uniwersytecie w Jenie i zostaje natychmiast zakazany (książęcy dekret zakazujący z dnia 22 lipca).
1678	23 kwietnia: Umieraarchidiakon, kronikarz miejski i historyk Adrian Beier (ur. 1600). Był autorem dzieł źródłowych "Syllabus rectorum et professorum Jenensium", "Geographus Jenensis" i "Architectus Jenensis", które do dziś są ważne w historii miasta i uniwersytetu. 3 maja: umiera książę Bernhard z Saksonii-Jeny. Jego nieletni syn i następca Johann Wilhelm jest na przemian pod opieką domów książęcych w Eisenach i Weimarze. Dwór w Jenie zostaje w dużej mierze rozwiązany.
1683	Caspar Sagittarius (jr.), profesor historii, zleca renowację "Róży" i zainstalowanie kamiennego krzewu róży (którego kopia istnieje do dziś) jako pomnika "jako ozdoby uniwersytetu".
1686	Prawnik Matthias Bieler otrzymuje przywilej książęcy jako "generalny poczmistrz" w Jenie. 18 sierpnia: Położono kamień węgielny pod nowy kościół cmentarny, zbudowanypod kierunkiem Johanna Mützela, który później pracował jako mistrz budowlany na wszystkich dworach Ernestynów.
1688	Erhard Weigel zakłada w swoim domu szkołę eksperymentalną i szkoleniową ("szkołę cnoty") w celu praktycznego testowania opracowanych przez siebie zasad pedagogicznych.
1689	Spis ludności wykazuje łącznie 1098 uczniów w mieście.
1690	Johann Nikolaus Bach (zm. 1753), członek rodziny Bachów , zostaje organistą w Jenie. Staje się również kompozytorem, liderem orkiestry i twórcą instrumentów. 4 listopada: książę Johann Wilhelm z Saksonii-Jeny umiera w wieku 15 lat z powodu krwotoku niemowlęcego. Wraz z nim wymiera rodzina książęca Jeny.
1691	12 lipca: Domy Saxe-Eisenach i Saxe-Weimar dzielą dziedzictwo księstwa Saksonii-Jeny. Miasto i urząd w Jenie przypadają Eisenach.
1693	16 lutego: Nowy kościół grzebalny na cmentarzu Johannis zostaje konsekrowany jako Johann-Georgs-Kirche (później Garnisonskirche lub Friedenskirche).
1697	7 czerwca: Poświęcenie nowego kościoła w Jakobsspital w Nollendorfer Vorstadt (Spittelkirche lub Juliane-Christiane-Kirche; zburzony w 1908 r.).