16. Jahrhundert

1504	19. Dezember: Konrad Stein aus Jena, Domherr zu Erfurt, stiftet die Maria-Magdalenen-Kapelle vor der Tonnenmühle in der Nähe des Hospitals zur Beherbergung von Pilgern.
1506	Mit Abschluss der Wölbarbeiten am Langhaus sind die Bauarbeiten an der Stadtkirche St. Michael mit Ausnahme des Turmbaues im Wesentlichen beendet.
1509	30. Juli: Der Gasthof "vor dem Lobderthore", Vorgänger des "Roten Hirsches" („Zum Roten Hirsch“), wird erwähnt.
1511	Die Ordnung des Michaeliskloster nennt in der Kirche St. Michael insgesamt 16 Altäre.
1518	Ein auswärtiger Mönch repariert die Orgel in der Stadtkirche.
1521	15. Juni: Thomas Müntzer schreibt an den Jenaer Stadtrichter und Ratsmeister Michael Ganßau, was auf eine Beeinflussung der frühen Reformationsbewegung in Jena durch Müntzer hindeutet. 24./25. Dezember: Martin Reinhart, Prediger an der Stadtkirche, reicht zu Weihnachten drei Bürgern das Abendmahl in beiderlei Gestalt, was als erster Hinweis auf die in Gang gekommene Reformation zu werten ist.
1522	4./5. März: Martin Luther übernachtet als Junker Jörg auf seiner Reise von der Wartburg nach Wittenberg im Gasthof zum "Schwarzen Bären". August: Reinhart dringt mit seinen Anhängern in das Dominikanerkloster ein. Weitere gewalttätige Aktionen gegen die Jenaer Klöster folgen.
1523	Die Reformation in Jena wird durch die von dem als Pfarrer in Orlamünde tätigen Andreas Karlstadt vertretene radikale Richtung geprägt, vor allem durch seinen Schüler Reinhart. Der 1523/24 in Jena wirkende Michael Buchführer druckt unter Umgehung der Zensur Schriften Karlstadts und seiner Anhänger.
1524	20. August: Der Rat beschlagnahmt den Besitz der Karmelitermönche und lässt diesen aufs Rathaus überführen. 22. August: Luther predigt in St. Michael gegen Karlstadt und seine Anhänger und disputiert anschließend mit Karlstadt im "Schwarzen Bären". September/Oktober: Karlstadt und Reinhart werden des Landes verwiesen. Als neuberufener Prediger in Jena führt Anton Musa die Reformation in Lutherischem Sinne weiter.
1525	30. April: Aufständische Bauern und Städtebewohner plündern die Gutsherrschaften bei Drackendorf und Lobeda. 3. Mai: In Jena wird das Kloster der Karmeliten, wenige Tage später das der Dominikaner, gestürmt, ausgeraubt und teilweise zerstört. Beide Klöster bleiben nach Beendigung des Aufstandes geschlossen. Das von den Aufständischen verschonte Zisterzienserinnen-Kloster dient wenigen verbliebenen Nonnen bis zum Tod der letzten von ihnen 1564 als Refugium, darf aber keine neuen Nonnen mehr aufnehmen. 22. Juni: Beim Strafzug des Kurfürsten Johann gegen die aufständischen Bauern sollen auf dem Jenaer Markt zwanzig Aufrührer aus Jena und Umgebung durch das Schwert hingerichtet worden sein. Dezember: Stadtrat und Michaeliskloster schließen eine Vereinbarung ab, nach der Pfarrbestellung und die äußere Organisation der Seelsorge zur Sache der Stadt werden.
1526	Der Aufbau eines "Gemeinen Kastens" zur Besoldung der Geistlichen und zur allgemeinen Finanzierung des neuen Kirchen- und Schulwesens sowie der Armenfürsorge nimmt seinen Anfang. In der Folgezeit werden ihm Teile der bisherigen Klostereinkünfte bzw. von veräußertem Klosterbesitz zugeschlagen.
1527	Durch die vom Landesherrn angeordneten Visitationen des Kirchenwesens wird die Reformation auch in den Dörfern um Jena endgültig durchgesetzt. 17. August: Anton Musa wird offiziell zum Jenaer Stadtpfarrer bestellt, er hat das Amt bis 1536 inne. Gleichzeitig bekommt er die Funktion des Superintendenten für Jena, Bürgel und Eisenberg übertragen.
ab 1529	Das Schulwesen wird neu organisiert und das Schulhaus im ehemaligen Nonnenhaus hinter der Stadtkirche eingerichtet. Eine Mädchenschule, in der elementare Kenntnisse im Schreiben, in Religion und „weiblichen Handwerksarbeiten“ vermittelt werden, ist erstmals nachzuweisen.
1534	Der Bau des "Fürstenkeller" beginnt. Der entstehende riesige Gewölbekeller dient zunächst der Lagerung des der Landesherrschaft als Abgabe zustehenden Weines. 24. Mai: Auf der Landfeste findet das erste öffentliche Vogelschießen statt.
1535	25. Juli: Wegen der in Wittenberg wütenden Pest zieht die Wittenberger Universität für ein dreiviertel Jahr nach Jena um und nimmt im leerstehenden ehemaligen Dominikanerkloster Quartier.
1536	26. Januar: Drei Wiedertäufer aus der Gegend um Orlamünde werden auf der Landfeste hingerichtet. Mai: Zur Sicherung der städtischen Privilegien beim Bierbrauen und -ausschank werden im Dorfe Löbstedt Fässer mit widerrechtlich gebrautem Bier zerschlagen ("Bierkriege").
1540	Kurfürst Johann Friedrich erlässt eine neue Stadtordnung, die neben allgemeinen Bestimmungen zum Stadtregiment zahlreiche Verordnungen zivil-, polizei- und strafrechtlicher Natur enthält.
1542	Nach dem Türkensteuerregister hat Jena etwa 4.300 Einwohner.
1546	17. Dezember: Im Schmalkaldischen Krieg huldigt Jena aus Angst vor Angriffen dem albertinischen Herzog Moritz, einem der Gegner Kurfürsts Johann Friedrich.
1547	19. Mai: Aufgrund der Niederlage im Schmalkaldischen Krieg verliert Johann Friedrich in der „Wittenberger Kapitulation“ die Kurwürde und etwa zwei Drittel seines Territoriums, einschließlich der Universitätsstadt Wittenberg. 24. Juni: Auf dem Weg in die kaiserliche Gefangenschaft trifft Johann Friedrich bei Jena seinen ältesten Sohn, um die nächsten Schritte zur Sicherung der ernestinischen Herrschaft abzusprechen. Dazu gehört die Gründung einer neuen Universität für das verlorene Wittenberg. 10. Juli: Philipp Melanchthon verfasst im Auftrag der ernestinischen Landesherrschaft ein Gutachten für die Gründung einer neuen Landesuniversität. Er spricht sich für Jena als Standort aus.
um 1548	Der Burgkeller, ein städtisches Repräsentationsgebäude im Renaissancestil am östlichen Ende der Johannisstraße unmittelbar neben der Stadtkirche St. Michael, wird fertiggestellt. Das mitunter auch als „Ratskeller“ bezeichnete Gasthaus avanciert nach 1815 zu einem bevorzugten Kommershaus der Burschenschaft(en) und wird 1945 zerstört.
1548	19. März: In Jena wird im Gebäudekomplex des ehemaligen Dominikanerklosters ein „Akademisches Gymnasium“ als Vorstufe einer neuen Universität eröffnet. Erster Rektor wird der Rhetoriker und Poet Johann Stigel. Neben diesem lehrt der Theologe und Philosoph Victorin Strigel, wie Stigel Schüler Melanchthons, an der neuen Bildungseinrichtung. 19. Juni: Für das Akademische Gymnasium in Jena werden erste Statuten erlassen.
1549	September: Nach einer Zwischenlagerung in Weimar wird der größte Teil der Privatbibliothek der Ernestiner unter der Leitung des Bibliothekars Anton Heuglin nach Jena verbracht und bildet als "Bibliotheca electoralis" den Grundstein der Universitätsbibliothek. Zu ihren wertvollsten Titeln gehört die „Jenaer Liederhandschrift“, eine Sammlung mittelhochdeutscher Sangspruchdichtung, entstanden im ersten Drittel des 14. Jahrhunderts im nördlichen Mittel- oder in Norddeutschland.
1552	24. September: Der aus kaiserlicher Gefangenschaft entlassene ehemalige Kurfürst Johann Friedrich lässt sich in Jena huldigen. Die ernestinische Geschichtsschreibung verlegt den Ort des Zusammentreffens Johann Friedrichs mit den Vertretern der Jenaer Bürgerschaft sehr bald an die Quelle des Pennickenbaches („Fürstenbrunnen“) und kreiert so für Jahrhunderte einen dynastie- und reformationsgeschichtlichen Erinnerungsort.
1553	30. November: Nachdem die Ernestiner beschlossen haben, in Jena unter der Leitung des Luther-Vertrauten Georg Rörer in Konkurrenz zur Wittenberger Ausgabe die Werke des Reformators drucken zu lassen, wird im ehemaligen Karmeliten-Kloster eine Druckerei eingerichtet und Christian Rödinger das Druckerprivileg erteilt.
1554	22. Juli: Für ein städtisches Schlachthaus der Jenaer Fleischerinnung am Löbdergraben wird der Grundstein gelegt. 16. August: Ein landesherrliches Privileg zum Betreiben der Stadtapotheke ergeht. Herbst: Die Berufung von Basilius Monner (Rechtswissenschaften) und Johann Schröter (Medizin) legt den Grundstein für eine juristische und eine medizinische Fakultät an Jenas Hoher Schule.
1555	Der erste Band der Jenaer Lutherausgabe erscheint, bis 1558 liegen acht deutsche und vier lateinische Bände vor.
1556	27. August: Mit dem Aufsetzen des Turmknopfes findet der Bau des Turmes der Stadtkirche St. Michael seinen weitgehenden Abschluss.
1557	Der Drucker der Jenaer Luther-Ausgabe, Christian Rödinger, bringt mit dem „Magnifikat octo tonorum“ Johann Walters den ersten Notendruck in Jena heraus. Die Stadt bildet bis Ende des 17. Jahrhunderts einen der Hauptstandorte des Notendrucks im deutschsprachigen Raum. 27. April: Die Berufung des wegen seiner rüden Angriffe auf seine Gegner berüchtigten Matthias Flacius Illyricus zum Professor für Theologie an Jenas Hoher Schule festigt deren Ruf als Stätte des „strengen (reinen) Luthertums“. 15. (31.) August: Kaiser Ferdinand I. unterzeichnet die Privilegien für die Universität Jena.
1558	2. Februar: Die Jenaer Universität wird im Beisein der ernestinischen Herzöge mit einem feierlichen Akt eröffnet. Erster Rektor wird der Mediziner Johann Schröter. Schröter richtet in seinem Wohnhaus in der Löbdergasse („Schroetersburg“) eine zweite Apotheke ein.
1561	Die Universität erwirbt das "Rosenhainsche Anwesen" in der Johannisgasse. Es entsteht der "Rosen-Komplex" zwischen Johannisgasse und Fürstengraben als zweiter universitärer Standort neben dem zum „Collegium Jenense“ umgewidmeten ehemaligen Dominikanerkloster. Philipp von Herden, einer der vermögendsten Bürger Jenas, ist als Wirt des Gasthauses "Zur Sonne" am Markt belegt. 10. Dezember: Mit der Amtsenthebung von Matthias Flacius und seiner Anhänger und ihrer anschließenden Landesverweisung enden heftigste theologische Auseinandersetzungen an der Universität. Diese hatten 1559/60 mit der zeitweiligen Inhaftierung Victorin Strigels, des Hauptgegners Flacius‘, ihren Höhepunkt erreicht.
1564	Die Kapelle des Nikolai-Spitals wird als Studentenspital eingerichtet (1784 abgerissen). 14. April: Stadt und Universität vergleichen sich wegen des Geschosses. Danach sind nur die Häuser der Professoren steuerfrei, die sie selbst bewohnen. Insgesamt bleiben die meisten Privilegien der Akademischen Bürger unangetastet.
1565	Eine Musiziergemeinschaft von Bürgern und Studenten, die "Societas musicalis", ab 1595 unter der Bezeichnung „Collegium musicum", entsteht.
1566	1. September: Das Hofgericht als oberstes Gericht der Ernestiner bezieht seinen neuen Sitz in Jena und tritt hier erstmals zusammen. Daneben existiert der „Jenaer Schöppenstuhl“ als juristisches Gutachtergremium, der sich aus Angehörigen der Juristischen Fakultät der Universität rekrutiert. Das Privileg der gutachterlichen Spruchtätigkeit ihrer Juristischen Fakultät war der Universität in der kaiserlichen Stiftungsurkunde von 1558 verliehen worden.
1569	7. März: Das ernestinische Konsistorium als geistliche Oberbehörde des Landes wird nach Jena verlegt und hat hier ihren Sitz bis 1612.
1570	21. Mai: Es ergeht ein landesherrliches Privileg für das Universitätsschankhaus "Zur Rosen" zum steuerfreien Ausschank von Wein und Bier ("Rosenprivileg") an Universitätsangehörige.
1571	Die 1548/49 wahrscheinlich nach einem Entwurf Lukas Cranach d. Ä. gegossene Bronzegrabplatte für Martin Luther wird in der Stadtkirche St. Michael aufgestellt. Eine erste Stadtansicht Jenas, ein Kupferstich Johann Mellingers (seit 1569 Rektor der Lateinschule in Jena), wird publiziert.
1586	Es erfolgt die Einrichtung eines Botanischen Gartens im Collegium Jenense zur Unterweisung der Medizinstudenten (zweitältester wissenschaftlicher Botanischer Garten Deutschlands).
1587	Herbst: Mit der Berufung Wolfgang Heiders zum Professor Dialektik und Ethik (später für Moral und Politik) entwickelt sich die Philosophie an der Jenaer Universität zu einer eigenständigen Wissenschaftsdisziplin.
1590	27. August: Eine Innungsordnung der Bäcker ist überliefert, die an die Stelle nicht überlieferter Bestimmungen vom Beginn des 15. bzw. 16 Jahrhunderts tritt. Sie verzeichnet 23 Backhäuser in Jena.
1594	Die 1525 verwüstete Kirche des Dominikanerklosters ist als Collegienkirche (Universitätskirche) wiederhergestellt. Der aus Lobeda stammende Bildhauer und Baumeister Nikolaus Theiner (d. Ä.) gestaltet das Renaissance-Grabmal für Andreas und Katharina Schrot auf dem Johannisfriedhof.
1596	Das "Haus im Sack" entsteht als Wohn- und Handwerkshaus eines Gerbers in der Oberlauengasse.