13. Jahrhundert

nach 1200	Der zweite romanische Vorgängerbau von St. Michael entsteht, seine Fertigstellung ist auf das zweite Viertel des 13. Jahrhunderts zu datieren.
1216	Angehörige einer sich nach dem Dorf Wöllnitz nennenden Adelsfamilie werden erwähnt.
1218	Das Dorf Löbstedt wird erstmals urkundlich genannt.
1223	29. September: Das Dorf Lichtenhain findet seine erste sichere Erwähnung.
zwischen 1225 und 1240	In einer nicht datierten, durch spätere Abschrift überlieferten Urkunde ist von "cives" (Bürgern) Jenas die Rede, was die Erhebung zur Stadt belegt.
1227	Die Ersterwähnung von Kunitz liegt vor.
1228	28. November: Die Peterskirche in Lobeda wird als Pfarrkirche mit eigenem Pfarrbezirk genannt. Ihr sind Kapellen in Ammerbach (erste Nennung des Ortes), Jägersdorf, Schlöben und (Schön-)Gleina sowie auf Kirchberg als Filialen zugeordnet.
1235	Zwätzen ist als Sitz des Landkomturs des Deutschen Ordens der Ballei Thüringen und Sachsen ausgewiesen.
um 1237	Die Holzskulptur des Hl. Michael, des Kirchen- und Stadtpatrons von Jena, wird von einem Schnitzer der Bamberger Dombau-Werkstatt gefertigt.
1252	20. März: Die Nennung eines in Jena tätigen Vikars (Hilfsgeistlichen) ist Beleg für das Bestehen einer Jenaer Pfarrei.
1254	15. Juli: Ein städtischer Schulmeister ist urkundlich bezeugt. Die Schule befindet sich im Untergeschoss des West-Turmes der Stadtkirche. Sie wechselt in der Folgezeit ihren Standort mehrfach.
1255	13. Mai: Die erste urkundliche Erwähnung des Dorfes Münchenroda liegt vor.
1257	1. Juni: Wenigenjena („parvo geine“) wird erstmals in einer Urkunde genannt. 31. Oktober: Die erste sichere Erwähnung von Burgau (an der Saale) liegt vor.
1259	14. Juli: Das Dorf Maua taucht erstmals urkundlich auf. 24. Juli: Ziegenhain wird erstmals in einer Urkunde genannt. 24. Juli: Mit Albus und Martinus Pistor (Bäcker) werden zum ersten Male Jenaer Handwerker namentlich erwähnt.
vor 1274	Das Amt des Münzmeisters wird durch die Lobdeburger Stadtherren an einen Vertreter der Jenaer Bürgerschaft übertragen.
1275	24. September: Ein erster Hinweis auf das Vorhandensein eines Stadtrats, bestehend aus acht "consules Genenses", liegt vor.
1278	Ein urkundlich belegter Rechtsakt legt nahe, dass im Herrschaftsbereich der Lodeburger fränkisches Recht herrscht.
1279	Die Burg "Wind(t)berg" findet als Sitz der Burggrafen von Kirchberg urkundliche Erwähnung. Mit dieser, wahrscheinlich kurz nach 1200 entstandenen Burg, den beiden Burgen Kirchberg sowie Burg Greifberg trägt der Hausberg im 13. Jahrhundert vier Burgen.
1280	29. September: Das Dorf Drackendorf wird erstmals urkundlich erwähnt.
1282	31. Dezember: Zum ersten Mal wird ein Jenaer Pfarrer (Ridgerus = Rüdiger) namentlich genannt.
1284	25. Juli: Lobeda erscheint zum ersten Male urkundlich als Stadt ("civitas").
1286	Die Gründung des Dominikaner-Klosters – Standort an der Nordwestecke der Stadt – erfolgt.
1288	Das älteste überlieferte Exemplar des Stadtsiegels hängt an einer Urkunde aus diesem Jahr.
1298	Die Papiermühle am Eingang des Mühltales wird erwähnt (als "Nasenmühle").
zwischen 1290 und 1300	Die Wettiner erwerben durch Heirat ein Viertel Jenas aus den Händen der lobdeburgischen Linie Arnshaugk.