Vor 1200

spätes 7. / frühes 8. Jahrhundert	Funde von menschlichen Knochen belegen die Nutzung des Areals um die heutige Stadtkirche St. Michael als Begräbnisplatz.
zwischen 780 und 802	Isserstedt findet als erste heute zur Stadt gehörende Siedlung in einem Verzeichnis von Schenkungen an das Kloster Fulda Erwähnung.
zwischen 896 und 899	In einem Zehntregister des Klosters Hersfeld ist der Ortsname „Iani“ genannt. Die aus indogermanisch/germanischer Wurzel herleitbare Ortsbezeichnung (etwa: „Gebiet am Flussübergang“) bezieht sich mit großer Wahrscheinlichkeit auf das an einer Saalefurt liegende, von Verkehrswegen aus dem Erfurter Raum berührte heutige Jena.
937	20. Dezember: Die königliche Burg „Chirihberg“ („Kirchberg“) auf dem Hausberg östlich von Jena wird erwähnt. Die namensgebende Kirche stellt die früheste Nennung eines Gotteshauses im Jenaer Raum dar.
974	20. Juni: Kaiser Otto II. weilt auf Kirchberg, was auf das Vorhandensein einer königlichen bzw. kaiserlichen Pfalz schließen lässt.
vor 1100	Ein erster Vorgängerbaus von St. Michael entsteht als kleine romanische Saalkirche.
um 1100	Der Bau einer zweiten Burg auf dem Hausberg (Kirchberg II), Besitz der wettinischen Markgrafen von Meißen, beginnt. Mit dem Bergfried zählt ein erhaltener baulicher Überrest als "Fuchsturm" zu den „sieben Wundern“ Jenas.
1145	15. August: Die Nennung eines Folmarus de Gene ("Volmar von Jena") als Zeuge in einer Urkunde des Mainzer Erzbischofs stellt eine zweite Erwähnung Jenas dar.
1149	30. November: Das Adelsgeschlecht der Burggrafen von Kirchberg wird als Verwalter des Reichsbesitzes auf Kirchberg erstmals genannt.
um 1150	Der Bau der in ihren ältesten Teilen romanischen Johanniskirche beginnt (in der späteren Vorstadt Leutra).
1156	Das 1257 erloschene Adelsgeschlecht der Greif(en)berger ist erstmals genannt. Eine Burg auf dem Hausberg an dessen westlicher Spitze bildet den Mittelpunkt ihres Herrschaftsbezirks. Der Ort Lobeda wird erstmals erwähnt (unsicher).
1158	1. Januar: In einer Urkunde Friedrich Barbarossas tauchen der Jenzig ("montem genzege") und der Gleissberg ("montem Glizberch") auf.
1166	Die urkundliche Erwähnung der Brüder Hartmann und Otto von Lobdeburg (Lofdeburch) weist auf das Bestehen der Lobdeburg als neuem Stammsitz des aus Franken an die mittlere Saale gekommenen Adelsgeschlechts (der „Lobdeburger“) hin. (Möglich ist auch eine frühere Nennung um 1150). Das Geschlecht prägt die Geschichte Jenas in den folgenden rund 150 Jahren maßgeblich.
zwischen 1175 und 1200	Fünf in Jena durch die Herren von Lobdeburg geprägte Brakteaten sind überliefert, damit sind die Lobdeburger als Herren über Jena ausgewiesen.
1182	16. September: Zwätzen (erste Ortsnennung) wird als zwischen Dornburg und Jena gelegener Ort genannt. Die Verwendung Jenas als Bezugsort deutet auf eine herausgehobene Stellung gegenüber anderen Siedlungen hin. Die Urkunde enthält den ersten sicheren Beleg auf den bei Jena betriebenen Weinanbau.
1185	Markgraf Otto von Meißen verleiht dem Kloster Altzelle u.a. den Zehnten von einem Weinberg am Jenzig.
um 1200	Nach einem Gründungsplan erfolgt eine (Neu-)Bebauung des Siedlungsgebietes von Jena. Es entsteht ein – innerstädtisch heute noch zum Teil nachvollziehbares – regelmäßiges System von Längs- und Quergassen. Treibende und organisierende Kraft sind die Herren von Lobdeburg. Ab Mitte des 13. Jahrhunderts wird die entstehende Stadt zwischen verschiedenen Teillinien der Lobdeburger aufgeteilt, zuletzt (1290) nach den vier Stadtvierteln.